Vol.
3 No.
1 Tahun 2022 id/index.
php/MJNF : .
mjnffkk@umj.
id : .
e-ISSN 2722Ae2942 Artikel Penelitian Isolasi DNA pada Produk Otak-Otak Ikan Bandeng Sri Utaminingsih1.
Sofia Dyah Utami2.
Alfi Sophian3 1,2,3Pusat Pengembangan Pengujian Obat dan Makanan Nasional.
Badan Pengawas Obat dan Makanan.
Jakarta.
Indonesia *Corresponding author: sri.
utami@pom.
ABSTRACT
Background: Analysis of the quality of isolated DNA is an analytical technique used to determine the quality of isolated DNA to minimize the failure of the amplification process in molecular analysis.
Purposes: The purpose of this study was to see the quality of DNA isolated from processed fish food products in the form of milkfish brains.
Methods: The DNA extraction procedure followed the manual extraction kit protocol used.
Analysis of the quality of the isolated DNA was measured using a nanophotometer, where the quality analysis was based on the value of the concentration and purity of the isolated DNA.
Data analysis was carried out using the average test of concentration and purity values.
Results: Based on the results of the analysis of DNA quality, it was obtained that the concentration of DNA was in the range of 9.
Ae 18.
5 with the average value of isolated DNA at 13.
4 ng/AAL, while the purity value read at wavelength A260/A28 was in the range 1.
64 Ae 1.
87, with the average value, is at a value of Conclusion: The results of the study concluded that the DNA isolated from the processed food product samples of milkfish brains showed the concentration and purity values that were included in the category of good DNA isolation results.
Keywords: analysis.
DNA, extraction, concentration, food
ABSTRAK
Latar belakang: Analisis mutu DNA hasil isolasi merupakan teknik analisis yang digunakan untuk mengetahui kualitas DNA hasil isolasi sehingga meminimalkan kegagalan proses amplifikasi dalam analisis molekuler.
Tujuan: Tujuan dilakukan penelitian ini adalah untuk melihat mutu DNA hasil isolasi pada produk pangan olahan ikan berupa otak-otak ikan Prosedur ekstraksi DNA mengikuti protokol ekstraksi manual kit yang digunakan.
Analisis mutu DNA hasil isolasi diukur menggunakan nanophotometer, dimana analisis mutu berdasarkan nilai konsentrasi dan kemurnian DNA hasil isolasi.
Analisis data dilakukan menggunakan uji rata-rata nilai konsentrasi dan kemurnian.
Hasil: Berdasarkan hasil analisis mutu DNA diperoleh hasil konsentrasi DNA berada pada kisaran 9.
6 Ae 18.
5 dengan nilai ratarata DNA hasil isolasi berada pada nilai 13.
4 ng/AAL, sedangkan nilai kemurnian yang dibaca pada panjang gelombang A260/A28 berada pada kisaran 1.
64 Ae 1.
87, dengan nilai rata-rata berada pada nilai 1.
Simpulan: Sehingga dapat disimpulkan bahwa DNA hasil isolasi yang dilakukan pada sampel produk pangan olahan otak-otak ikan bandeng menunjukkan nilai konsentrasi dan kemurnian yang masuk dalam kategori hasil isolasi DNA yang baik.
Kata kunci: analisis.
DNA, ekstraksi, konsentrasi, makanan Disubmit: 29/09/2022 Diterima: 10/11/2022 Dipublikasi: 16/11/2022 DOI: 10.
24853/mjnf.
Vol.
3 No.
1 Tahun 2022 id/index.
php/MJNF : .
mjnffkk@umj.
id : .
e-ISSN 2722Ae2942
PENDAHULUAN
Analisis mutu DNA hasil isolasi merupakan teknik analisis yang digunakan untuk mengetahui kualitas DNA hasil isolasi sehingga meminimalkan kegagalan proses amplifikasi dalam analisis molekuler.
Beberapa penyebab kegagalan dalam melakukan analisis molekuler adalah adanya inhibitor pada DNA hasil isolasi atau nilai konsentrasi DNA yang diisolasi sangat sedikit sehingga mempengaruhi kinerja PCR dalam melakukan proses amplifikasi .
Pengujian biologi molekuler pada produk makanan berbasis spesies hewan merupakan teknik pengujian yang dapat berkembang dari penelitian DNA spesies pada bidang biologi molekuler .
Oleh sebab itu, penelitian ini dapat menjadi hal baru yang dapat berkembang untuk pengujian mutu produk dari ancaman pemalsuan klaim bahan baku.
Diperlukan banyak informasi pendahuluan yang akan digunakan sebagai sumber acuan untuk pengujian DNA spesies pada produk pangan dan hasil olahannya.
Penelitian tentang analisis mutu isolasi DNA pernah dilakukan oleh .
, dalam penelitiannya untuk uji penelusuran beberapa varian produk tomat.
Berdasarkan latar belakang tersebut diatas, maka penelitian ini dilakukan untuk melihat mutu DNA hasil isolasi pada produk pangan olahan ikan yaitu otak-otak ikan bandeng, sehingga hasil penelitian ini perkembangan pengujian bidang molekuler untuk uji identifikasi DNA spesies atau uji autentifikasi produk berbasis uji biologi Disubmit: 29/09/2022 Diterima: 10/11/2022 METODE Material Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah produk pangan olahan ikan berupa otak-otak ikan bandeng, kit ekstraksi DNeasy Mericon Food [Qiage.
Prosedur Ekstraksi DNA Timbang sampel seberat 200 mg dalam tabung mikrosentrifus 2 ml, kemudian ditambahkan 700 AAL lysis buffer dan 30 AAL Proteinase K, kemudian diinkubasi pada suhu 70 oC selama 30 menit.
Keluarkan sampel dari inkubasi kemudian lanjutkan dengan centrifuge selama 5 menit dengan kecepatan putaran centrifuge 14.
000 rpm.
Dalam tabung sentrifus akan terbentuk 2 lapis pelet dan supernatan, ambil supernatan dengan cara dipipet dan pindahkan ke tabung sentrifus 2 mL kemudian buang pelet dalam tabung.
Pada supernatan dalam tabung sentrifus 2 mL ditambahkan 350 AAL kloroform kemudian disentrifus selama 10 menit dengan 000 rpm, kemudian dipipet larutan yang berada di lapisan atas ke dalam tabung sentrifus 2 mL yang baru dan ditambahkan 750 AAL binding buffer PB dan diinkubasi selama 2 menit pada suhu Vortex kemudian memasukkan semua cairan ke dalam tabung centrifuge 2 ml secara bertahap sampai habis ke dalam spin column dan centrifuge.
Setelah semua cairan habis, masukkan dan centrifuge, lalu tambahkan 500 AAL wash buffer AW2 dan centrifuge lagi selama 1 menit dengan kecepatan putaran 14.
000 rpm.
Pindahkan spin column ke dalam tabung sentrifus baru 1,5 mL kemudian tambahkan 70 AAL elution buffer (EB) kemudian sentrifus dengan Dipublikasi: 16/11/2022 DOI: 10.
24853/mjnf.
Vol.
3 No.
1 Tahun 2022 id/index.
php/MJNF : .
mjnffkk@umj.
id : .
e-ISSN 2722Ae2942 kecepatan putaran 14.
000 rpm selama 1 Buang spin column dan sisa cairan dalam tabung centrifuge 1,5 mL merupakan DNA hasil isolasi yang akan diukur kemurnian dan konsentrasinya sebelum Analisis Mutu DNA Analisis mutu DNA hasil isolasi diukur menggunakan nanophotometer, dimana analisis mutu berdasarkan nilai konsentrasi dan kemurnian DNA hasil isolasi .
,5,.
Konsentrasi DNA yang menunjukkan hasil isolasi DNA yang baik jika nilai konsentrasi lebih besar dari 20 ng/AAL, sedangkan nilai kemurnian diukur pada panjang gelombang A260/A280 berada pada rentang nilai 1.
Ae.
Analisis Data Analisis data dilakukan menggunakan uji rata-rata nilai konsentrasi dan kemurnian, menggunakan nanophotometer .
,5,10,.
HASIL
Berdasarkan hasil analisis mutu DNA yang dibaca menggunakan nanophotometer, diperoleh hasil konsentrasi DNA berada pada kisaran 9.
6 Ae 18.
5 dengan nilai ratarata DNA hasil isolasi berada pada nilai 4 ng/AAL, sedangkan nilai kemurnian yang dibaca pada panjang gelombang A260/A28 berada pada kisaran 1.
64 Ae 1.
dengan nilai rata-rata berada pada nilai Data lengkap, seperti disajikan pada tabel 1 dibawah ini.
Disubmit: 29/09/2022 Diterima: 10/11/2022 Tabel 1.
Hasil isolasi DNA No.
Konsentrasi .
g/AAL) Kemurnian (A260/A.
Average PEMBAHASAN Berdasarkan dilakukan diperoleh nilai konsentrasi dengan rata-rata 13,4 ng/AAL dan nilai kemurnian yang dibaca pada panjang gelombang A260/A80 berada pada nilai 1,79.
Hasil ini merupakan hasil isolasi DNA yang masuk dalam kategori hasil isolasi DNA yang baik.
Hal ini sejalan dengan penelitian yang dilakukan oleh .
, yang menyatakan bahwa isolasi DNA yang baik jika konsentrasi DNA hasil isolasi lebih besar dari 10 ng/AAL dan nilai kemurnian berada pada rentang 1,7-2.
Dipublikasi: 16/11/2022 DOI: 10.
24853/mjnf.
Vol.
3 No.
1 Tahun 2022 id/index.
php/MJNF : .
mjnffkk@umj.
id : .
e-ISSN 2722Ae2942 Proses ekstraksi pada sampel produk olahan pangan memiliki poin penting yang harus diperhatikan yaitu pada sampel produk makanan, kemungkinan DNA yang ada pada sampel akan terfragmentasi oleh proses pemanasan, disamping itu pula, pada matrik produk makanan perlu diperhatikan adanya komposisi bahan yang digunakan.
Adanya inhibitor dalam proses ekstraksi DNA akan sangat berpengaruh terhadap kualitas mutu DNA yang dihasilkan.
Hasil isolasi DNA menunjukkan semua sampel menunjukkan nilai kemurnian dan konsentrasi DNA yang masuk dalam kategori DNA yang baik.
Menurut Gryson .
, proses pemasakan pada sebuah produk tidak mempengaruhi mutu DNA hasil isolasi sebuah produk.
Oleh sebab itu, pada pengujian DNA spesies yang menggunakan teknik biologi molekuler berbasis RealTime PCR, isolasi DNA merupakan tahapan paling penting.
Keberhasilan sebuah proses isolasi akan mendukung keberhasilan proses selanjutnya.
Pada proses ekstraksi DNA, enzim proteinase K memiliki peran yang cukup penting, dimana enzim ini bekerja dengan cara menghancurkan protein kemudian Penggunaan teknik ini dianggap lebih efektif jika dibandingkan dengan metode yang menggunakan bahan kimia, hal ini karena enzim bekerja cukup efektif langsung menargetkan ikatan asam amino dalam melisis protein.
Enzim proteinase K aktif bekerja pada suhu 6570oC, sehingga pada beberapa penelitian yang menggunakan metode ini terkadang perlu melakukan optimasi metode sebelum menggunakannya .
Tujuan dari Disubmit: 29/09/2022 Diterima: 10/11/2022 proses pemanasan ini adalah mengaktivasi enzim proteinase K agar dapat aktif bekerja untuk melakukan lisis .
Dalam melakukan ekstraksi DNA dengan menggunakan kloroform, fungsi pelarut ini berperan dalam meningkatkan densitas fase organik, mencegah fenol dari inverting ke dalam fase air, yang mungkin terjadi tanpa menggunakan kloroform karena kepadatannya yang dekat air.
Oleh karena itu, fungsi kloroform dapat digunakan untuk menjaga DNA dari proses terdegradasi oleh fenol .
Sistem ekstraksi yang umumnya menggunakan Phenol-Chloroform bekerja dengan cara menggunakan fenol sebagai pengikat protein, lemak dan karbohidrat, yang selanjutkan akan dipisahkan dengan makromolekul lainnya.
Pada saat dilakukan sentrifugasi, makromolekul seperti protein dan polisakarida yang diikat oleh Phenol dan Chloroform Isoamil Alkohol akan mengendap di dasar tabung, sedangkan DNA dan air berada di lapisan atas .
Cara yang dapat dilakukan untuk memisahkan memurnikan DNA tersebut adalah dengan centrifuge colom, dimana pada akhir setelah proses pencucian dengan menggunakan alkohol sehingga sisa garam dan fenol yang terdapat pada sampel akan keluar dan meninggalkan pelet DNA.
Elusi untuk proses penarikan pelet DNA dari spin kolom ini dapat menggunakan aquades steril atau nukleotida free water .
SIMPULAN
Berdasarkan hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa DNA hasil isolasi yang dilakukan pada sampel produk pangan otak-otak Dipublikasi: 16/11/2022 DOI: 10.
24853/mjnf.
Vol.
3 No.
1 Tahun 2022 id/index.
php/MJNF : .
mjnffkk@umj.
id : .
e-ISSN 2722Ae2942 menunjukkan nilai konsentrasi dan kemurnian yang masuk dalam kategori hasil isolasi DNA yang baik.
UCAPAN TERIMA KASIH
Penulis mengucapkan terima kasih kepada Kepala Pusat Pengembangan Pengujian Obat dan Makanan atas dukungan laboratorium pengujian yang digunakan dalam penelitian ini.
KONFLIK KEPENTINGAN
Penulis menyatakan tidak memiliki konflik kepentingan, dan tidak ada afiliasi atau hubungan dengan atau dengan entitas atau organisasi mana pun, yang dapat menimbulkan pertanyaan bias dalam diskusi dan kesimpulan dari naskah.
REFERENSI