Original Research Paper
KOMPOSISI NUKLEOTIDA GEN MITOKONDRIA D-LOOP IKAN GLODOK
(Periophthalmus argentilineatus Valenciennes, 1.
DARI PANTAI BAROS BANTUL.
YOGYAKARTA
COMPOSITION OF MITOCHONDRIAL D-LOOP NUCLEOTIDE OF BARRED
MUDSKIPPER (Periophthalmus argentilineatus Valenciennes, 1.
FROM BAROS
BEACH.
BANTUL.
SPECIAL REGION OF YOGYAKARTA
Sofia Juniananta Susan Maiseka1.
Dra.
Tuty Arisuryanti.
Sc.
Ph.
Faculty of Biology.
Universitas Gadjah Mada.
Jl.
Tehnika Selatan.
Sekip Utara.
Yogyakarta, 55281.
Indonesia.
*Corresponding Author: tuty-arisuryanti@ugm.
Abstrak Indonesia merupakan negara yang memiliki luas wilayah perairan lebih luas daripada wilayah daratannya, namun demikian data keragaman genetik ikan, khususnya ikan glodok spesies Periophthalmus argentilineatus masih sangat terbatas.
Ikan glodok spesies P.
argentilineatus umumnya hidup di habitat hutan mangrove, salah satunya di hutan mangrove Pantai Baros.
Bantul.
Yogyakarta.
Berdasarkan hal tersebut, maka penelitian ini bertujuan untuk menganalisis komposisi nukleotida sekuen gen D-loop mitokondria ikan P.
argentilineatus yang disampling dari hutan mangrove Pantai Baros.
Gen D-loop bersifat hypervariable sehingga sering digunakan untuk deteksi keragaman genetik suatu spesies pada suatu habitat dan analisis komposisi nukleotida merupakan data awal ada tidaknya indikasi variasi genetik P.
argentilineatus di hutan mangrove Pantai Baros.
Pada penelitian ini tujuh sampel ikan P.
argentilineatus diisolasi dan diamplifikasi menggunakan primer L15995 dan H16498.
Data yang diperoleh selanjutnya dianalisis menggunakan program GeneStudio.
Mesquite dan MEGA11.
Hasil penelitian menunjukkan adanya variasi komposisi nukleotida T.
C, dan G dari ketujuh sampel ikan glodok yang diteliti.
Perbedaan komposisi nukleotida A.
C, dan G antar sampel ikan P.
argentilineatus yang diteliti yaitu berkisar 01,64%, sedangkan perbedaan komposisi nukleotida T cukup tinggi yaitu 0-2,04%.
Adanya perbedaan komposisi nukleotida antar sampel mengindikasikan adanya keragaman genetik intrapopulasi P.
argentilineatus di hutan mangrove Pantai Baros.
Bantul.
Yogyakarta.
Kata kunci: gen D-loop.
komposisi nukleotida.
Periophthalmus argentilineatus Abstract Indonesia is a country with a larger area of water than land.
However, genetic variation of fish, especially barred mudskipper (Periophthalmus argentilineatu.
is limited.
Barred mudskipper is commonly inhabited in mangrove forest including mangrove forest in Baros Beach.
Bantul.
Special Region of Yogyakarta.
Therefore, the aim of this research was to analyse composition of mtDNA D-loop nucleotide of barred mudskipper collected from mangrove forest in Baros Beach.
D-loop gene is hypervariable and commonly used to determine genetic variation of species in their habitat.
In addition, composition of mtDNA D-loop nucleotide can be used as a preliminary data to demonstrate intrapopulation genetic variation of barred mudskipper in mangrove forest in Baros Beach.
The DNA of seven barred mudskippers were isolated and amplified using universal primers.
L15995 dan H16498.
Data gained in this study was then analysed using GeneStudio.
Mesquite and MEGA11.
The results revealed the difference in the mtDNA D-loop nucleotide among the seven barred mudskipper samples was similar between A.
C, and G composition .
64%) whereas the T composition was high .
04%).
This result revealed the indication of intrapopulation genetic variation among seven barred mudskipper samples examined in this study based on composition of mtDNA D-loop nucleotide.
Keywords: D-loop gene.
nucleotide composition.
Periophthalmus argentilineatus A 2024 Maiseka & Arisuryanti.
This article is open access Maiseka & Arisuryanti, .
Berkala Ilmiah Biologi, 15 .
: 177-182 DOI: 10.
22146/bib.
Dikumpulkan: 24 Juni 2024 Direvisi: 4 Desember 2024 Pendahuluan Indonesia memiliki keragaman hayati pada wilayah perairan yang cukup tinggi dikarenakan kondisi geografis Indonesia yang memiliki luas wilayah perairan yang lebih luas dari wilayah daratan.
Wilayah perairan yang luas ini menjadikan Indonesia sebagai negara dengan keragaman spesies ikan yang tinggi.
Keragaman spesies ikan laut sebanyak 3.
476 spesies dan keragaman spesies ikan air tawar sebanyak 1.
(Widjaja et al.
Salah satu ikan air tawar yang banyak ditemukan di perairan Indonesia adalah ikan glodok.
Ikan glodok masuk ke dalam famili Oxudercidae (McCraney et al.
, 2.
yang terdiri dari 86 genus dan 596 spesies (Nelson et , 2.
Genus yang paling luas distribusinya di wilayah Indo-Pasifik adalah Periophthalmus (Nelson et al.
, 2.
Selain itu.
Periophthalmus adalah genus dengan spesies paling beragam dalam famili Oxudercidae, dengan 20 spesies yang dianggap valid (McCraney et al.
, 2.
Periophthalmus Ikan glodok spesies Periophthalmus argentilineatus umumnya hidup di habitat hutan Pada ekosistem ini ikan glodok dihadapkan dengan pasang surutnya air laut dan juga lingkungan yang berlumpur (Rake and Sullivan, 2.
Ikan glodok P.
beradaptasi dengan lingkungan tempatnya tinggal secara morfologi seperti bernafas melalui kulit tubuh, lapisan lendir di mulut dan kerongkongannya serta mampu mempertahankan kelembaban insangnya dengan menyimpan air di rongga insangnya pada saat air surut (Sunarni dan Maturbongs, 2.
Mata menonjol pada ikan glodok memungkinkannya melihat ke segala arah.
Di bawah mata terdapat kantung air yang membasahi mata saat berkedip untuk mencegah kekeringan saat mengintai mangsa.
Mulutnya, yang terletak di bawah kepala, memudahkan ikan glodok mengambil makanan dari lumpur, sesuai dengan habitatnya.
Sirip pektoralnya memiliki sendi siku yang memungkinkannya bergerak di atas lumpur dan melompat hingga 60 cm ke udara (Al-Behbehani dan Ebrahim, 2010.
Piper, 2.
Toleransi ikan glodok terhadap cekaman lingkungan dan polutan organik maupun anorgaik yang ektrem Diterima: 20 Desember 2024 Dipublikasi: 31 Desember 2024 membuat ikan ini masuk dalam kategori spesies bioindikator (Ansari et al.
, 2.
Ikan glodok tersebar hampir di seluruh kawasan pesisir pantai yang memiliki hutan Salah satu kawasan pesisir pantai yang memiliki hutan mangrove di Pulau Jawa adalah Pantai Baros.
Bantul.
Daerah Istimewa Yogyakarta.
Hasil penelitian sebelumnya menggunakan gen mitokondria COI sebagai DNA barcoding yang dilakukan oleh Aji dan Arisuryanti .
menunjukkan bahwa di Pantai Baros ditemukan tiga spesies yang termasuk dalam genus Periophthalmus yaitu P.
kalolo, dan P.
Namun demikian belum ada data informasi komposisi nukleotida gen mitokondria D-loop spesies P.
argentilineatus dari Hutan Mangrove di Pantai Baros.
Bantul.
Yogyakarta.
Data komposis nukleotida suatu gen dapat memberikan gambaran indikasi adanya variasi genetik intra maupun interpopulasi suatu spesies, seperti pada ikan gabus (Kombong dan Arisuryanti, 2.
, ikan kotes (Ilmi dan Arisuryanti, 2.
, dan ikan bilih (Oktavia dan Arisuryanti, 2.
Berdasarkan latar belakang tersebut, maka penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi komposisi nukleotida sekuen gen Dloop mitokondria spesies P.
argentilineatus dari Pantai Baros.
Bantul.
Yogyakarta.
Bahan dan Metode Pengambilan sampel dan penyimpanan sampel ikan glodok Penelitian ini menggunakan sampel ikan glodok yang disampling dari Hutan Mangrove di Pantai Baros dengan koordinat 8A00'28.
110A16'59.
6"E (Gambar .
Ikan glodok diambil dengan menggunakan jaring/net.
Ikan glodok yang ditangkap kemudian didokumentasikan (Gambar .
Selanjutnya, sampel ikan glodok dimasukkan ke dalam vial dengan diberikan etanol 99% dan diberi label.
Sampel kemudian dibawa ke Laboratorium Genetika dan Pemuliaan.
Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada dan disimpan pada suhu 4AC untuk dilakukan proses selanjutnya.
A 2024 Maiseka & Arisuryanti.
This article is open access Maiseka & Arisuryanti, .
Berkala Ilmiah Biologi, 15 .
: 177-182 DOI: 10.
22146/bib.
masing-masing primer dan 3 AAL sampel DNA.
Semua bahan tersebut kemudian dicampurkan dicampurkan dalam sebuah tube dan dimasukkan ke mesin Thermal Cycle (Biorad T-.
dengan pengaturan siklus sebagai berikut : satu siklus pre-denaturasi pada suhu 95 AC selama 5 menit yang diikuti dengan 35 siklus yang terdiri dari tahap denaturasi pada suhu 95 AC selama 35 detik, annealing pada suhu 50 AC selama 30 detik, dan extension pada suhu 72 AC selama 30 detik dan bagian akhir dilakukan satu siklus dengan suhu 72 AC selama 7 menit yang diikuti dengan hold pada suhu 4 AC selama 4 menit.
Gambar 1.
Peta lokasi pengambilan sampel ikan glodok di Pantai Baros.
Bantul.
Yogyakarta Gambar 2.
Ikan glodok Periophthalmus argentilineatus yang dikoleksi dari Pantai Baros.
Bantul.
Yogyakarta (Garis bar = 1 c.
Isolasi DNA dan Amlifikasi DNA Ikan Glodok Isolasi DNA, amplifikasi DNA serta elektroforesis ikan glodok dilakukan di Laboratorium Genetika dan Pemuliaan.
Fakultas Biologi UGM.
Isolasi DNA filet ikan glodok yang dikoleksi dari Pantai Baros.
Bantul.
Yogyakarta menggunakan Qiagen DNeasy blood and tissue kit (QIAGEN).
Selanjutnya hasil isolasi DNA dari tiap sampel ikan glodok diamplifikasi dengan menggunakan primer L15995 .
A-CTCCACTATCAGCAcaG3A) (Taberlet dan Bouvet, 1.
, primer H16498 .
A-CCT GAAGTAAGAACCAGATG-3A) untuk sekuensing gen D-loop mitokondria (Fumagalli et al.
, 1.
Selanjutnya untuk amplifikasi DNA pada penelitian ini digunakan MyTaq HS Red Mix PCR kit (Biolin.
Amplifikasi dilakukan dengan reaksi 25 AAl yang terdiri dari 12,5 AAl PCR Mix.
1 mM MgCl2.
5,5 AAl ddH2O.
0,6 AAM untuk Visualisasi Hasil Amplifikasi Selanjutnya produk PCR sebanyak 2 AAL dielektroforesis pada gel agarose 1% menggunakan buffer TAE 1x yang ditambahkan dengan FloroSafe untuk staining.
Adapun DNA ladder (Biolin.
digunakan sebagai marker untuk mendeteksi panjang fragmen PCR produk.
Selanjutnya elektroforesis dilakukan pada tegangan 100 V dengan arus 400 mA selama 12 Visualisasi fragmen DNA dilakukan dengan menggunakan UV lamp transilluminator (Daihan.
Kore.
dan pita-pita yang terlihat didokumentasi dengan GelDoc camera.
Sampel selanjutnya dikirim ke LPPT UGM untuk dipurifikasi dan disekuensing secara bi-direction menggunakan alat Genetic Analyzer 3500 (Illumin.
Analisis Data Data yang diperoleh dari sekuensing DNA menggunakan perangkat lunak GeneStudio dan divalidasi dengan SeqMan dan EditSeq pada program DNASTAR (DNASTAR Inc.
Madison.
USA).
Selanjutnya, data sekuen gen D-loop sampel ikan glodok yang diteliti disimpan dalam file notepad dengan format txt.
Data sekuen ini FASTA menggunakan software MESQUITE v.
(Maddison dan Maddison, 2.
Data sekuen .
menggunakan Opal pada program MESQUITE 5 (Madison dan Madison, 2.
dan ClustalW dengan program MEGA11 (Tamura et , 2.
Selanjutnya, komposisi nukleotida dari data sekuen gen D-loop masing-masing sampel dihitung menggunakan program MEGA 11 (Tamura et al.
, 2.
A 2024 Maiseka & Arisuryanti.
This article is open access Maiseka & Arisuryanti, .
Berkala Ilmiah Biologi, 15 .
: 177-182 DOI: 10.
22146/bib.
Hasil dan Pembahasan Hasil amplifikasi pada ketujuh sampel iakn glodok yang diteliti menghasilkan panjang fragmen sekitar 300 bp (Gambar .
Gambar 3.
Hasil Amplifikasi gen D-loop (P.
dari Pantai Baros.
Bantul.
Yogyakarta (Kode MBR) M adalah marker yang menggunakan DNA ladder (Biolin.
Setelah .
dan pemotongan pada bagian ujungnya diperoleh panjang fragmen 245 bp.
Selanjutnya data tersebut dinalisis menggunakan MEGA11 dan diperoleh data komposis nukleotida yang dapat dilihat pada Tabel 1.
Tabel 1.
Persentase (%) komposisi nukleotida intrapopulasi P.
argentilineatus dari Pantai Baros.
Bantul.
Yogyakarta berdasarkan mitokondria D-loop
Sampel
T(U)
A T
G C
MBR-01
25,31
27,76
21,22
25,71
46,53
53,47
MBR-15
25,31
27,76
21,22
25,71
46,53
53,47
MBR-16
25,31
27,76
21,22
25,71
46,53
53,47
MBR-17
25,31
27,76
21,22
25,71
46,53
53,47
MBR-18
25,31
27,76
21,22
25,71
46,53
53,47
MBR-19
26,53
26,53
22,86
24,08
49,39
50,61
MBR-20
Rata-rata 27,35 25,77 26,12 27,35 21,22 21,46 25,31 25,42 48,57 47,23 51,43 52,77 Rata-rata komposisi nukleotida hasil analisis ketujuh sampel menunjukan bahwa rata-rata komposisi nukleotida T.
C, dan G dari ketujuh sampel ikan glodok dari Pantai Baros.
Bantul.
Yogyakarta berturut-turut adalah 25,77%, 27,35%, 21,46%, dan 25,42%.
Rata-rata komposisi nukleotida A T yaitu 47,2% sedangkan G C yaitu 52,77% (Tabel .
Pada sampel MBR-01.
MBR-15.
MBR-16.
MBR-17, dan MBR-18 memiliki hasil analisis komposisi nukleotida yang sama yakni T=25,31%.
C=27,76%.
A=21,22%, dan G=25,71%.
Adapun sampel lainnya yakni MBR-19 dan MBR-20 memiliki perbedaan pada hasil analisis komposisi nukleotidanya.
Perbedaan komposisi nukleotida A.
C, dan G antar sampel ikan argentilineatus yang diteliti yaitu berkisar 01,64%, sedangkan perbedaan komposisi nukleotida T cukup tinggi yaitu 0-2,04%.
Perbedaan tersebut mengindikasikan adanya variasi genetik intrapopulasi P.
dari hutan mangrove Pantai Baros.
Bantul.
Yogyakarta.
Kesimpulan Analisis komposisi nukleotida gen D-loop mitokondria ketujuh sampel ikan glodok spesies argentilineatus yang diteliti dari panjang fragmen 245 bp yang disampling dari Pantai Baros.
Bantul.
Yogyakarta menunjukkan Perbedaan mengindikasikan adanya variasi genetic argentilineatus yang diteliti Ucapan Terima Kasih Penulis mengucapkan terima kasih kepada A 2024 Maiseka & Arisuryanti.
This article is open access Maiseka & Arisuryanti, .
Berkala Ilmiah Biologi, 15 .
: 177-182 DOI: 10.
22146/bib.
Kepala Laboratorium Genetika dan Pemuliaan yang telah menyediakan fasilitas bagi berlangsungnya penelitian ini.
Ucapan terima kasih kepada Katon Waskito Aji.
Pd.
Sc.
yang membantu dan mendampingi dalam melakukan penelitian di Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Fakultas Biologi UGM.
Referensi