Graha Medika Pharmacy Journal Vol.
No.
April 2025 https://journal.
id/index.
php/pharmacy STUDI IN-SILICO SAMBILOTO (Andrographis paniculata Ness.
TERHADAP TARGET AKSI XANTHIN OKSIDASE
Tarisya Pobela Program Studi Farmasi Fakultas Ilmu Kesehatan Institut Kesehatan dan Teknologi Graha Medika *Corresponding Author: tarisyapobela@gmail.
ABSTRAK
Tanaman sambiloto (Andrographis paniculata Ness.
) berpotensi dalam menurunkan kadar asam urat serta dapat menghambat pembentukan xanthin oksidase oleh kandungan metabolit sekunder yang terdapat pada tanaman tersebut.
Dimana penggunaan sambiloto lebih efektif karena minim efek samping dibandingkan dengan penggunaan obat sintetik seperti NSAID, kortikosteroid, kolkisin, dan inhibitor xanthin oksidase yang dapat menimbulkan efek samping dalam penggunaan jangka panjang seperti kemerahan pada kulit, necrosis hepatic, leukopenia, dan juga menimbulkan toksisitas pada Tujuan penelitian ini yaitu untuk mengetahui apakah senyawa aktif tanaman sambiloto berpotensi sebagai obat untuk menurunkan kadar asam urat dengan menghambat enzim xanthin oksidase, menggunakan metode studi In Silico secara penambatan moleculer dengan menggunakan aplikasi Autodock 4.
Aktivitas senyawa tanaman sambiloto terhadap enzim xanthin oksidase dapat dilihat melalui nilai energi ikatan .
G), konstanta inhibisi (K.
, interaksi hidrofobik dan ikatan hidrogen yang terbentuk serta residu asam amino yang terikat.
Ukuran pusat penambatan .
rid bo.
pada penelitian ini yaitu x = 29.
y = 12,538 dan z = 190,589 dengan volume x,y,z = 40.
Hasil simulasi docking moleculer diperoleh 4 senyawa uji terbaik yaitu Neoandrographolide yang memiliki nilai energi ikatan .
G) sebesar -10.
76 dengan konstanta inhibisi (K.
Deoxyandrographolide memiliki nilai iG -9,70 dan Ki 78.
Andrographolide dengan nilai iG -9.
61 dan Ki 90.
48, dan senyawa 14-Deoxy11,12-didehydroandrographolide dengan nilai iG -9.
55 dan Ki 100.
Kesimpulam dari penelitian ini ialah terdapat empat senyawa tersebut yang memiliki interaksi hidrofobik dan ikatan hidrogen yang sama dengan native ligan sehingga diduga mempunyai potensi terhadap xanthin oksidase.
Kata Kunci: Andrographis paniculata.
Docking Moleculer.
Xanthin Oksidase.
Graha Medika Pharmacy Journal Vol.
No.
April 2025 https://journal.
id/index.
php/pharmacy ABSTRACK The sambiloto plant (Andrographis paniculata Ness.
) has the potential to reduce uric acid levels and can inhibit the formation of xanthin oxidase by the content of secondary metabolites contained in the plant.
Where the use of sambiloto is more effective because it has minimal side effects compared to the use of synthetic drugs such as NSAIDs, corticosteroids, colchicine, and xanthin oxidase inhibitors which can cause side effects in long-term use such as skin redness, hepatic necrosis, leukopenia, and also cause gastrointestinal toxicity.
The purpose of this study is to determine whether the active compounds of the sambiloto plant have the potential as a drug to reduce uric acid levels by inhibiting the xanthin oxidase enzyme, using the In Silico study method by molecular tethering using the Autodock 0 application.
The activity of sambiloto plant compounds against xanthin oxidase enzyme can be seen through the value of binding energy .
G), inhibition constant (K.
, hydrophobic interactions and hydrogen bonds formed as well as bound amino acid residues.
The size of the tethering center .
rid bo.
in this study is x = 29,104.
y = 12,538 and z = 190,589 with a volume of x,y,z = 40.
The results of molecular docking simulations obtained 4 best test compounds, namely Neoandrographolide which has a bond energy value .
G) of -10.
76 with an inhibition constant (K.
Deoxyandrographolide has a iG value of -9.
70 and Ki 78.
Andrographolide with n -9.
70 and Ki 78.
The conclusion of this research is that there are four compounds that have the same hydrophobic interactions and hydrogen bonds with native ligands so that they are thought to have potential against xanthin oxidase.
Keywords: Andrographis paniculata.
Docking Moleculer.
Xanthin Oksidase.
PENDAHULUAN Hormon tesrebut berperan dalam membantu mengeluarkan asam urat melalui urin, pria tidak mempunyai hormon estrogen yang tinggi sehingga asam urat sulit diekskresikan melalui urin, dibandingkan perempuan sebesar 3-6 %, karena asam urat pada wanita meningkat ketika memasuki masa menopause karena kadar estrogen dalam tubuhnya juga sudah menurun.
Prevalensi dapat meningkat 10 % pada lakilaki dan 6 % pada perempuan dibeberapa negara dengan rentang usia Ou 80 tahun.
Insiden tahunan gout 2,68 per 1000 orang.
Berdasarkan data di Amerika Serikat didapatkan 5,7 juta orang mengalami asam Di indonesia, prevalensi penyakit asam urat berkisar pada 45 % pada usia 55-64 tahun dan 65-74 tahun, menurut data dari world health organization dalam noncommunicable dissease country profil berkisar pada 51,9 %, serta usia >75 tahun berkisar pada 54,8 %.
Prevalensi hiperurisemia di indonesia menduduki Hiperurisemia keadaan dimana terjadi peningkatan kadar asam urat serum di atas batas normal.
Kadar asam urat pada pria normalnya di bawah 7 mg/dl, sebelum masa pubertas sekitar 3,5 mg/dl, dan setelah pubertas biasanya meningkat hingga 5,2 mg/dl.
Sedangkan kadar asam urat pada perempuan berkisar antara 2,0-6,6 mg/dl (Wulandari & Sumarmin, 2.
Asam urat (Gou.
terjadi karena adanya pengkristalan atau deposisi kristal monosodium urat pada jaringan sebagai akibat gangguan metabolisme berupa hiperurisemia.
Hiperurisemia sudah lama ditetapkan sebagai faktor etiologi utama dalam gout.
Faktor usia diatas 40 tahun dapat mempengaruhi asam urat, hal ini disebabkan oleh kadar asam urat pada lakilaki bertambahnya usia (Handayani,2.
Prevalensi penderita asam urat di negara barat lebih tinggi pada laki-laki, peristiwa tersebut berhubungan dengan hormon urutan kedua setelah osteoarthritis (Yasin et , 2.
Penumpukan kadar asam urat dapat monosodiun urat dalam tubuh yang menyebabkan gangguan peradangan pada area persendian.
Akibatnya persendian mengalami pembengkakan, nyeri, panas dan Sendi-sendi yang diserang terutama ialah jari-jari kaki, tumit, pergelangan tangan, jari tangan dan siku.
Penyakit asam .
ketidakmampuan ginjal untuk mengeluarkan asam urat dari tubuh sepenuhnya melalui Sebagian kecil lainnya ialah karena tubuh memproduksi asam urat secara Asam urat merupakan hasil akhir dari metabolisme purin pada tubuh manusia.
Purin merupakan senyawa amina bagian protein yang menyusun tubuh.
Asam urat ialah senyawa yang sulit larut dalam air dan akan menumpuk diberbagai tempat seperti ginjal dan sendi.
Asam urat masuk ke plasma darah, cairan sinovial, hati, dan beberapa organ lainnya.
Selanjutnya(Sayekti, 2.
Pada proses pencernaan purin ada zat kimia yang dikenal sebagai enzim Hypoxantine Guanine Phosphoribosyl Transferase (HGPRT).
Enzim ini berperan dalam mengubah purin menjadi nukleotida purin untuk digunakan kembali sebagai kpmponen DNA.
Ktika enzim HGPRT mengalami defisiensi, maka purin akan dimetabolisme oleh enzim xantin oksidase menjadi asam urat (Hermansyah et al.
,2.
Xanthin oksidase mampu mengkatalisis oksidasi hipoxanthin menjadi xanthin dan mengkatalisis xanthin menjadi asam urat.
Asam urat tersebut terjadi akibat peningkatan produksi asam urat melalui mekanisme ini (Rohmat & Herdyastuti.
Banyak obat-obat yang telah ditemukan untuk menghambat pembentukan asam urat.
Terdapat beberapa golongan obat yang sering digunakan untuk terapi oral pada penyakit hiperurisemia yaitu NSAID.
Kortikosteroid, kolkisin, dan Inhibitor Xanthin Oxidase.
Penggunaan beberapa golongan obat ini bertujuan untuk menurunkan sintesis asam urat dan dapat mencegah oksidasi hipoxanthin pada xanthin oksidase sehingga produksi asam urat dapat menurun (Muthiah et al.
, 2.
Akan tetapi penggunaan obat tersebut dalam jangka waktu yang panjang akan menyebabkan beberapa efek samping seperti kemerahan pada kulit, necrosis hepatic, leukopenia, dan kadang-kadang terjadi toksisitas pada gastrointestinal (Wulandari dan Sumarmin, 2.
Berkaitan dengan efek samping yang sering muncul dari obat-obatan sintetik sebagai inhibitor enzim xantin oksidase pada asam urat, maka beberapa penelitian dengan menggunakan bahan alam juga telah dilakukan untuk menghentikan aktivitas enzim xanthin oksidase.
Bahan alam sampingnya cenderung lebih sedikit meskipun digunakan dalam waktu yang lama, sehingga lebih aman digunakan dibandingkan dengan obat sintetik.
Bahan alam yang dapat digunakan yaitu tanaman yang mengandung senyawa kimia dimana dapat berpotensi sebagai inhibitor aktivitas enzim xantin oksidase (Hermansyah et al.
Salah satu tanaman yang digunakan adalah Sambiloto (Andrographis paniculata Ness.
Sambiloto merupakan salah satu tanaman yang mudah didapatkan dan secara luas dikenal baik dikalangan pengguna tanaman obat, pengelolah jamu, pengobatan tradisional dan peneliti tanaman obat maupun dalam kalangan masyarakat umum.
Andrographolide merupakan senyawa yang sangat umum dan banyak terkandung dalam tanaman sambiloto yaitu sekitar 4 %.
Selain itu, terdapat sejumlah senyawa lain seperti -Sitosterol, 14-deoxy-11,12 didehydrographolid, 5-hydroxy-7, asam oleonat-8-dimetoksiflavon, neoandrographolide (Bahi et al.
, 2.
Graha Medika Pharmacy Journal Vol.
No.
April 2025 https://journal.
id/index.
php/pharmacy Selain itu terdapat senyawa yang berpotensi untuk mengurangi kadar asam urat dalam darah dan juga menghentikan aktivitas xanthin yaitu senyawa flavonoid golongan flavon atau flavonol yang berasal dari ekstrak etanol dalam akar dan daun sambiloto (Wulandari dan Sumarmin, 2.
Ekstrak tanaman sambiloto efektif dalam menghambat dan menurunkan kadar asam urat, dimana kemampuan terhadap oksidase dipengaruhi oleh kandungan metabolit sekunder yang terdapat pada tanaman sambiloto.
Menurut penelitian Rahmi et al .
berdasarkan pengujian in-vitro ekstrak etanol sambiloto .
%) dan andrografolida secara signifikan dapat menghambat xantin oksidase dan memiliki aktivitas antiinflamasi yang diuji dengan Human Fibrolast-like Synoviocyte (HFLS), ekstrak etanol dan andrografolida efektif menurunkan produksi empat sitokin IL-1.
IL-1.
IL-6, dan TNF-, serta menghambat sintesis MyD88.
NLRP3.
NF-Kb p65, dan caspase-1 pada tikus yang diisolasi.
Selain itu, pengujian secara in-vivo menunjukkan bahwa ekstrak etanol .
mg/k.
kadar asam urat sebesar 01A0.
64 mg/dl menjadi 2.
39A0.
59 mg/dl .
mg/k.
79A0.
61mg/dl menjadi 2.
31A0.
51mg/dl yang diberikan secara oral pada tikus yang telah diinduksi monosodium urate (MSU) mengalami penurunan kadar asam urat (Rahmi et al.
, 2.
Penelitian-penelitian menunjukkan bahwa tanaman sambiloto mempunyai kandungan senyawa yang dapat digunakan untuk mengurangi kadar asam urat pada kondisi hiperurisemia.
Sambiloto terdapat beberapa senyawa yang memiliki daya hambat pada xantin oksidase yang dapat dijadikan sebagai senyawa penuntun dalam pengembangan suatu obat.
Tetapi zat aktif yang bertanggung jawab dalam penghambatan terhadap xantin oksidase pada penyakit diketahui dengan pasti.
Pengembangan sambiloto pada penyakit hiperurisemia membutuhkan waktu yang cukup lama dan biaya yang cukup besar, sehingga dengan adanya teknologi informasi maka digunakan metode molecular docking berbasis struktur in silico untuk mencari calon obat baru dengan menggunakan komputer.
Studi In silico merupakan suatu metode dengan menggunakan program tertentu untuk menggabungkan kondisi keadaan nyata ke dalam simulasi komputer untuk merancang obat baru.
In silico ialah Metode yang sangat menjanjikan untuk mengetahui senyawa-senyawa baru karena lebih cepat dan lebih hemat biaya.
Uji in silico dapat dilakukan dengan molecular dockig.
Molekular doking dalam penemuan obat kedudukan molekul kecil yang inovatif dan untuk menunjukkan afinitas pengikatan yang tinggi serta selektivitas pada ligan uji (Amanda,2.
Metode menggunakan aplikasi Autodock.
Gold.
PyRx, dan OEDocking.
Dalam penelitian ini dilakukan molecular docking berbasis struktur in silico dengan menggunakan aplikasi Autodock.
Autodock bekerja dengan cara mengevaluasi energi bebas, torsional bebas dari konformasi ikatan yag terbentuk antara enzim dan ligan berdasarkan energi forcefield pada algoritma, serta kekuatan kompleks ligan-protein yang terbentuk.
Aplikasi Autodock ini dapat dengan mudah memisahkan senyawa dengan konstanta pengikatan mikromolar dengan mudah.
Selain itu, aplikasi Autodock mempunyai kelebihan yaitu akurat, hemat biaya dan sangat cepat.
Dibandingkan denganbeberapa aplikasi lainnya ialah memerlukan biaya mahal (Noviardi dan Fachrurrazie, 2.
METODE
Pada penambatan menggunakan makromolekul xanthin oksidase dengan kode PDB 2E1Q Graha Medika Pharmacy Journal Vol.
No.
April 2025 https://journal.
id/index.
php/pharmacy Validasi Metode Dan Docking Moleculer .
ttps://w.
org/structure/2E1Q).
senyawa uji .
igan uj.
yang digunakan diperoleh dari data senyawa kimia yang terkandung pada tanaman sambiloto (Andrographis Ness.
Rancangan penelitian ini berupa eksploratif dengan menggunakan perangkat keras personal computer Axio MyPC One Pro K524.
dengan spesifikasi Processor IntelA i5-1135G7 (Cache 6 MB, 3 GHz up to 10 GH.
RAM 8 GB DDR4 Memory.
Tipe Grafis (Intel UHD Graphic.
dan OS (Microsoft Windows 10 Pr.
dan perangkat lunak Autodock 4.
Pymol.
Discovery Studio Visualizer serta aplikasi VegaZZ.
Bahan-bahan yang digunakan adalah nama IUPAC dari ligan uji yang diperoleh PubChem makromolekul xanthin oksidase dengan kode PDB 2E1Q yang diunduh dari Protein Data Bank (PDB).
Persiapan Senyawa Uji Senyawa tanaman sambiloto yang akan dijadikan ligan uji diperoleh dari situs website Pubchem dengan memperoleh nama SMILES kandungan senyawa sambiloto dan dibuat struktur 3D-nya menggunakan aplikasi VegaZZ.
Preparasi Reseptor Reseptor yang digunakan ialah xanthin oksidase yang di unduh di database Protein Data Bank dengan kode PDB 2E1Q, yang berada dalam bentuk makromolekul protein yang dipisahkan dari molekul lain yang tidak diinginkan dan dioptimasi menggunakan Autodock Tools untuk penambahan compute gastiger dan atom hidrogen.
Validasi dilakukan dengan cara redocking ligan alami dengan reseptor oksidaseyang sudah dipreparasi Saat validasi metode docking moleculer yang harus diperhatikan ialah nilai RMSD (Root Mean Square Deviatio.
yang dianggap valid jika nilai RMSD tersebut O2,5yI.
Preparasi Ligan Uji Ligan yang digunakan yaitu senyawa aktif tanaman sambiloto sebagai ligan uji dalam bentuk struktur 3D.
Dilakukan menggunakan Autodock Tools untuk menambahkan muatan atom hidrogen dan muatan pada ligan.
Analisa dan Visualisasi Docking moleculer dilakukan dengan menggunakan Autodock 4.
0 dan hasil menggunakan aplikasi Discovery Studio Visualizer untuk melihat ikatan hidrogen dan ikatan dengan residu asam amino yang Parameter yang diamati ialah energi ikatan (OIy.
, konstanta inhibisi (K.
, interaksi hidrofobik dan ikatan hidrogen, sekesamaan residu asam amino yang terbentuk antara ligan dengan reseptor pada ligan alami sebagi ligan pembanding.
HASIL
Validasi Metode Docking Validasi metode docking molecular dilakukan dengan menggunakan aplikasi Autodock Tools (Autodock4 ).
Dalam proses validasi diperlukan penentuan gridbox atau koordinat pusat tempat interaksi ligan dan protein.
Pusat dimensi gridbox dari makromolekul yang digunakan pada penelitian ini dapat dilihat pada tabel Graha Medika Pharmacy Journal Vol.
No.
April 2025 https://journal.
id/index.
php/pharmacy Tabel 5.
1 Parameter Gridbox
Gridbox
RMSD
Center
Makromolekul
2E1Q
Dimensi .
I) 102 yI Penambatan ligan dan makromolekul Pada penelitian ini 8 kandungan kimia senyawa aktif dalam sambiloto ditambatkan pada target aksi xanthin oksidase.
Penambatan ligan dan makromolekul dilakukan secara insilico dengan menggunakan aplikasi Autodock Penambatan molekul bertujuan untuk memprediksi nilai mengenai hubungan pengikatan yang akan dimiliki antara ligan dan reseptor (Asnawi et al.
, 2.
Hasil dari penambatan ligan dan makromolekul dapat dilihat pada tabel 5.
Hasil validasi diperoleh nilai RMSD 102 yI yang dilakukan dengan metode redocking antara native ligan dan protein xanthin oksidase dimana menunjukkan posisi atau konformasi dari ligan hasil validasi tidak berbeda jauh dengan posisi ligan hasil Hal tersebut dikarenakan nilai nilai RMSD < 2.
5 yI, sehingga terlihat adanya tumpang tindih antara ligan hasil validasi dan ligan hasil kristalografi.
Gambar 5.
menunjukkan visualisasi ligan alami hasil validasi dan hasil kristalografi menggunakan 2E1Q Gambar 5.
1 Hasil overlay ligan alami .
dan ligan redocked .
Graha Medika Pharmacy Journal Vol.
No.
April 2025 https://journal.
id/index.
php/pharmacy Tabel 5.
2 Nilai scoring senyawa uji dari sambiloto pada reseptor xanthin oksidase Ligan Energi Ikatan .
Kal/mo.
Konstanta Inhibisi (AAM) Ligan Alami Andrographin Alkane Neoandrographolide Deoxyandrographolide Andrographolid 14-Deoxy-11,12didehydroandrographolide Aldehid Panikulin Cetak tebal : 4 senyawa uji terbaik Berdasarkan tabel diatas hasil energi ikatan .
G) yang diperoleh sangat bervariasi, dari 8 senyawa ligan uji yang berhasil ditambatkan didapatkan 4 senyawa uji yang terbaik yang memiliki energi ikatan lebih besar dari native ligan yaitu neoandrographolid dan senyawa uji yang memiliki nilai terendah dari native ligan-nya yaitu 14 - Deoxy - 11,12 Ae didehydroandrographolide, andrographolid, dan deoxyandrographolid, dimana 4 senyawa tersebut mampu berinteraksi dengan protein Xanthin Oksidase.
Visualisasi dari interaksi docking dilakukan dengan menggunakan aplikasi Biova Discovery Studio Visualization untuk mengetahui hasil dari penambatan antara native ligand dengan ligan uji yang Hasil visualisasi berupa residu asam amino, jika terdapat interaksi antara native ligand dengan ligan uji dapat dikatakan bahwa ligan uji tersebut memiliki Tabel menunjukkan hasil visualisasi 4 senyawa terbaik sambiloto dengan native ligan.
Graha Medika Pharmacy Journal Vol.
No.
April 2025 https://journal.
id/index.
php/pharmacy Tabel 5.
3 Hasil visualisasi residu asam amino pada protein xanthin oksidase Residu asam amino yang terlibat dalam interaksi Ligan Ikatan Hidrogen Selain Ikatan Hidrogen Ligan alami .
Ala (A:.
Ile (A:.
Asp (A:.
Asn (A:.
Thr (A:.
Val (A:.
Gly (A:.
Asn (A:.
Leu (A:.
Ala (A:.
Glu (A:.
Ile (A:.
Leu (A:.
Ala (A:.
Ser (A:.
Leu (A:.
Ile (A:.
Thr (A:.
Val (A:.
Ala (A:.
Ala (A:.
Ile (A:.
Leu (A:.
Ile (A:.
Gly (A:.
Ser (A:1.
Glu (A:.
Gly (A:.
Gly (A:.
Val (A:.
Gly .
Lys (A:.
Phe (A:.
Ile (A:.
dan Leu (A:.
Andrographolid Glu (A:.
Ile (A:.
Thr (A:.
Gly (A:.
Ser (A:.
Arg (A:.
Ala (A:.
Val (A:.
Glu (A:.
Gly (A:.
Asn (A:.
Ala (A:.
Thr (A:.
Asn (A:.
Lys (A:.
Ile (A:.
Leu (A:.
Val (A:.
Deoxyandrographolid Glu (A:.
Ile (A:.
Ser (A:.
Gly (A:.
Ala (A:.
Thr (A:.
Asn (A:.
Gly (A:.
Thr (A:.
Lys (A:.
Gly (A:.
Leu (A:.
Gly (A:.
Ala (A:.
Val (A:.
Val (A:.
Leu (A:.
Pro (A:.
Ile (A:.
14-deoxy-11,12didehydroandrographolid Thr (A:.
Gly (A:.
Ser (A:.
Val (A:.
Val (A:.
Leu (A:.
Asn (A:.
Ile (A:.
Glu (A:.
Thr (A:.
Asn (A:.
Gly (A:.
Ala (A:.
Phe (A:.
Ala (A:.
Val (A:.
Ile (A:.
Neoandrographolid Val (A:.
Gly (A:.
Ser (A:.
Glu (A:.
Arg (A:.
Val (A:.
Asp (A:.
Asn (A:.
Ser (A:.
Thr (A:.
Ile (A:.
Val (A:.
Asn (A:.
Gly (A:.
Thr (A:.
Ser (A:.
Ile (A:.
Leu (A:.
Ala (A:.
Ile (A:.
Phe (A:.
Cetak tebal : Kesamaan asam amino yang berinteraksi dengan native ligan.
Berdasarkan tabel di atas, dapat dilihat terdapat empat senyawa terbaik yang mempunyai interaksi hidrofobik dan kesamaan residu asam amino pada ikatan hidrogen yang sama dengan native ligan yaitu andrographolid, deoxyandrographolid, 14- deoxy-11,12-didehydroandrographolid serta senyawa neoandrographolid yang dapat sebagai inhibitor alami enzim xanthin oksidase sudah cukup baik.
Graha Medika Pharmacy Journal Vol.
No.
April 2025 https://journal.
id/index.
php/pharmacy Native Ligan Andrographolide Deoxyandrographolide 14-Deoxy-11,12-didehydroandrographolide Neoandrographolide Graha Medika Pharmacy Journal Vol.
No.
April 2025 https://journal.
id/index.
php/pharmacy Gambar 5.
2 Interaksi ikatan antara 4 senyawa uji terbaik dengan ligan X-Ray 6 yI yang memiliki empat ligan yaitu flavin adenin dinukleotida (FAD), dan kofaktor molibdopterin (MTE).
molibdenum (MOM), serta salisilat (SAL) Enzim ini berperan sebagai kofaktor redoks dalam proses memungkinkan xanthin oksidase untuk asam urat, yang kemudian dapat di keluarkan dari tubuh (Rohmat dan Herdyastuti,2.
Makromolekul dari PDB akan dipreparasi, pada terhadap molekul air, native ligan igan alam.
dan terbebas dari residu
yang bertujuan untuk menghindari tergangunya proses docking antara Berdasarkan hasil penelusuran terkait native ligan yang berperan aktif
sisi aktif protein xanthin
FAD
MTE,
MOM
SAL.
Kemudian terhadap native ligan yaitu dengan cara memisahkan ligan tersebut dari protein dan molekul-molekul yang melekat pada strukturnya.
Selanjutnya PEMBAHASAN Pada penelitian ini dilakukan Terdapat digunakan untuk mengetahui efektivitas terhadap penyakit hiperurisemia yaitu dengan visualisasi secara in silico.
In silico merupakan metode yang senyawa dari suatu obat menggunakan metode docking molekuler.
Molecular docking adalah suatu teknik kimia menemukan kandidat senyawa baru sebagai pengobatan yang didasarkan pada interaksi antara reseptor, dapat berupa protein.
DNA, atau RNA, berperan sebagai ligan (Izzaturahmi et , 2.
Tahap makromolekul dilakukan menggunakan Autodock Tools menggunakan struktur tiga dimensi yang diperoleh dari RCSB Protein Data Bank (RCSB PDB) dengan kode PDB .
E1Q) yang menunjukkan Graha Medika Pharmacy Journal Vol.
No.
April 2025 https://journal.
id/index.
php/pharmacy visualisasi dan validasi menggunakan kristalografi dan hasil redocking serta untuk melihat nilai RMSDnya.
Dalam RMSD diperlukan pengaturan grid box yang sesuai berdasarkan letak posisi ligan dengan situs aktif reseptor pada proses docking dengan titik pusat x,y,z.
Hasil penentuan koordinat native ligan dengan ukuran grid box x,y,z .
104, 12.
538, 190.
seperti yang di tunjukkan pada tabel 5.
Parameter RMSD <2.
5 yI, karena niali RMSD mengetahui perubahan interaksi antara melihat nilai penyimpangan pada saat sebelum dan sesudah di docking- kan (Sari et al.
, 2.
Hasil validasi menunjukkan nilai RMSD 2.
102 yI.
Dengan demikian metode simulasi digunakan untuk penambatan terhadap ligan uji.
Gambar 5.
1 menunjukkan konformasi ligan terbaik hasil simulasi dengan jarak dan konformasi ligan Sebelum penambatan dengan protein xanthin oksidase, terlebih dahulu dilakukan preparasi terhadap struktur senyawa aktif sambiloto yang berperan sebagai ligan uji melalui inhibisinya terhadap Delapan digunakan dalam penelitian ini yaitu andrographolide, andrographin, aldehid, neoandrographolid, panikulin dan 14- deoxy-11,12-didehydroandrographolid.
Struktur tersebut dibuat menggunakan aplikasi VegaZZ berdasarkan SMILES dari kandungan senyawa sambiloto yang Pubchem.
Preparasi ligan uji ditambahkan atom hydrogen dan muatan gasteiger menggunakan Autodock Tools.
Penambahan .
yaitu agar suasana saat melakukan docking antara ligan dan makromolekul mendekati suasana pH sitoplasma sel .
H .
seperti pH yang ada didalam tubuh sedangkan bertujuan untuk menghitung distribusi mempengaruhi interaksi elektrostatik antara ligan dan reseptor .
malia et , 2.
Penambatan molekuler pada 8 senyawa aktif sebagai ligan protein xanthin oksidase dengan 100 jumlah konformasi berdasarkan genetik (GA).
Hasil didapatkan pada penelitian ini dari proses penambatan dari 8 senyawa uji yang telah ditambatkan dengan protein xanthin oksidase diperoleh 1 senyawa dengan nilai iG tertinggi dari native ligan-nya, dan 3 senyawa terendah dari native ligan-nya dimana iG menunjukkan kekuatan ikatan antara semakin rendah nilai energi ikatan, maka ikatan yang terbentuk semakin kuat dan stabil (Rastini et al.
Senyawa yang memiliki nilai iG tertinggi dan terendah dari native ligan dapat di lihat pada tabel 5.
Senyawa afinitas tertinggi dari native ligan Graha Medika Pharmacy Journal Vol.
No.
April 2025 https://journal.
id/index.
php/pharmacy Neoandrographolid menunjukkan nilai dibandingkan native ligan-nya dari hasil docking yang ditunjukkan pada Neoandrographolid mempunyai nilai afinitas .
G) -10.
kKal/mol (K.
AAM memiliki nilai afinitas .
G) -10.
kKal/mol (K.
Senyawa neoandrographolid mampu berinteraksi dengan membentuk ikatan hidrogen Val259.
Gly260,Glu263 dan terjadi interaksi hidrofobik melalui ikatan van der Val342.
Ser359.
Thr262, iLe266.
Val258.
Gly350 dan ikatan pi-alkyl Phe337.
Ala346.
Semakin yang terjadi maka semakin banyak pengikatan protein ligan stabil, karena stabilitas struktur protein dipengaruhi oleh ikatan hidrogen dan interaksi senyawa neoandrographolid memiliki xanthin oksidase.
Energi ikatan terendah dari neoandrographolid dan ligan alami pada hasil penelitian ini ditunjukkan oleh 3 senyawa yaitu andrographolid, 14-deoxy-11,12didehydroandrographolid.
Penambatan antara senyawa andrographolid dengan protein xanthin oksidase menunjukkan bahwa pengikatan senyawa ini sangat baik pada situs aktif protein dengan afinitas .
G) -9.
61 kKal/mol dan (K.
AAM.
Andrographolid berinteraksi dengan protein xanthin oksidase melalui ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik sehingga dapat menginduksi protein xanthin oksidase pada binding pocket yang lebih luas.
Interaksi terbentuknya ikatan hidrogen pada Thr354 Gly260 sedangkan interaksi hidrofobik andrographolid melalui ikatan van der waals pada residu Val258.
Gly350.
Ala346,Thr262 dan ikatan Alkyl pada residu Lys256, kesamaan residu asam amino tersebut dapat dilihat pada Senyawa 14-deoxy-11,12didehydroandrographolid memiliki afinitas yang baik .
G) -9.
55 kKal/mol dan (K.
AAM dengan reseptor xanthin oksidase dan membentuk ikatan hidrogen pada asam amino Gly260 dan Val259 serta terjadi interaksi hidrofobik melalui ikatan van der waals pada asam amino Val342, iLe266.
Gly350 Alkyl Ala338.
Ala346,Val258 ikatan pi-alkyl .
uU Oe yaycoycoycyc.
pada asam amino Phe337.
Hal ini menunjukkan sisi aktif tempat berikatan antara native 14-deoxy-11,12didehydroandrographolid xanthin oksidase sudah sama, sehingga akan menghasilkan afinitas yang sama pula dengan native ligannya dalam menghambat protein xanthin oksidase.
Senyawa mempunyai afinitas yang baik .
G) 9.
70 kKal/mol dan (K.
04 AAM
berinteraksi dengan reseptor Glu263,iLe264.
Gly260 interaksi hidrofobik melalui ikatan van der waals Ala346.
Thr262.
Gly265.
Lys256.
Gly350.
Gly349 serta ikatan Alkyl Val258, dan iLe353 seperti yang ditunjukkan pada gambar 5.
2, dapat dilihat dari residu asam amino senyawa Graha Medika Pharmacy Journal Vol.
No.
April 2025 https://journal.
id/index.
php/pharmacy deoxyandrographolid yang sama dengan native ligan maka senyawa tersebut xanthin oksidase.
Penambatan berbagai ligan uji menunjukkan 4 ligan yang potensial 14-deoxy-11,12didehydroandrographolid dengan ligan uji lainnya dengan jumlah ikatan residu asam amino yang lebih banyak kemiripannya pada native ligan.
Demikian residu asam amino xanthin oksidase pada gambar 5.
2 maka 4 senyawa hidrogen pada residua asam amino Gly260 dan Val259.
KESIMPULAN
Berdasarkan senyawa uji sambiloto (Andrographis paniculata Ness.
) terhadap enzim xanthin oksidase, maka dapat disimpulkan bahwa dari 8 senyawa aktif sambiloto terdapat 4 senyawa uji terbaik yang memiliki andrographolid, deoxyandrographolide, 14deoxy-11,12-didehydroandrographolid, dan SARAN Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut atau uji lanjutan pada 4 senyawa uji yang berpotensi dalam menghambat senyawa tersebut bisa dijadikan sebagai obat pada penyakit hiperuricemia.
Straphylococcus aureu.
[SKRIPSI].
Fakultas Universitas islam negeri alauddin.
Makassar.
Bahi r.
Herowati R.
Harmastuti Studi biokemoinformatika (Andrographis (Burm.
Nes.
sebagai Antihiperglikemia serta prediksi parameter farmakokinetik dan Jurnal farmasi indonesia.
Vol 17 .
: 466-477.
Handayani Faktor dominan pengikatan kadar asam urat Jurnal (JRKN).
Vol 1.
: 95-100.
Hermansyah Salsabila Pertiwi R.
Versita.
Ikhsan.
Studi in silico senyawa tumbuhan famili asteraceae sebagai penghambat enzim xantin oksidase.
Jurnal sains dan ilmu farmasi.
Vol 7 .
:7077.
Muthiah D.
Illahi KD.
Pramestutie RH.
Sidharta B.
Pengaruh konseling apoteker terhadap tingkat penggunaan allopurinol dan analgesik di apotek wilayah kota malang.
Pharmaceutical journal of indonesia.
Vol 5 .
: 123-130.
Noviardi.
H dan Fachrurrazie.
Potensi inhibitor protein leukotrien A4 hidrolase pada kanker kolon secara In Silico.
Jouranl of fitofarmaka.
Vol 5 .
: 65-73.
Rahmi P.
Kumolosasi E.
Jalil .
Buang F.
Jamal A.
Extracts of Andrographis paniculata (Burm.
) Ness leaves exert antigout effects by lowering uric acid
levels and reducing monosodium
DAFTAR PUSTAKA