Jurnal AGRIFOR Volume 25.
No.
1 (Maret 2.
Pp.
https://doi.
org/10.
31293/agrifor.
https://doi.
org/10.
31293/agrifor.
ISSN P : 1412-6885
ISSN O : 2503-4960
BARKOD DNA TUMBUHAN PEGAGAN (Centella asiatica (L) Urba.
BERDASARKAN GEN rbcL DAN matK Bastian Nova1*.
Epi Supri Wardi2.
Irwandi3 dan Atika Aulia Sari4 Departemen Teknologi Pangan dan Hasil Pertanian.
Fakultas Teknologi Pertanian.
Kampus Limau Manis.
Universitas Andalas.
Sumatra Barat.
Indonesia
2,3,4
Program Studi Farmasi.
Fakultas Farmasi.
Universitas Perintis Indonesia.
Sumatra Barat.
Indonesia.
E-Mail: bastiannova@ae.
id (*Corresponding autho.
Submit: 28-01-2024
Revisi: 20-06-2024
Diterima: 01-12-2025
ABSTRAK
Barkod Dna Tumbuhan Pegagan (Centella asiatica (L) Urba.
Berdasarkan Gen rbcL Dan matK.
Pegagan (Centella asiatica (L.
) Urba.
adalah tanaman yang banyak digunakan dalam pengobatan tradisional untuk menyembuhkan berbagai penyakit.
Identifikasi tanaman pegagan diperlukan untuk memastikan Salah satu metode identifikasi tanaman adalah DNA barcoding.
Primer yang umum digunakan dalam DNA barcoding tanaman adalah primer rbcL dan matK.
Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui primer DNA barcoding terbaik yang digunakan dalam mengidentifikasi pegagan hijau, merah, embun, dan kapsul pegagan menggunakan gen matK dan rbcL.
Isolasi DNA dilakukan dengan menggunakan Thermo Scientific GeneJet Plant Genomic DNA Purification Mini Kit.
Berdasarkan pencarian pada sistem BOLD, primer matK untuk pegagan hijau menunjukkan identitas 100% dengan Centella asiatica, sementara pegagan merah menunjukkan kemiripan 99,13% dengan Hydrocotile ranunculoides, pegagan embun menunjukkan kemiripan 98,13% dengan Hydroccotyle hyrta, dan kapsul pegagan menunjukkan kemiripan 99,03% dengan Hydrocotyle hyrta.
Untuk primer rbcL, pegagan hijau menunjukkan kemiripan 99,81% dengan Hydrocotyle bowlesiodes, dan pegagan merah menunjukkan kemiripan 100% dengan Hydrocotyle vulgaris.
Dari penelitian ini dapat disimpulkan bahwa gen matK lebih baik digunakan dalam mengidentifikasi tanaman pegagan karena memiliki kemampuan untuk membedakan tanaman hingga tingkat spesies daripada gen rbcL.
Kata kunci : DNA barcoding, matK.
Pegagan.
Primer, rbcL.
ABSTRACT
DNA Barcode Of Gotu Gotu Plant (Centella asiatica (L) Urba.
Based On Rbcl And matK Genes.
Pegagan (Centella asiatica (L.
) Urba.
is a plant that is widely used as a traditional medicine to cure various diseases.
Identification of gotu kola plants is needed to ascertain the species.
One method of identifying plants is DNA Primers commonly used in plant barkod DNA are rbcL and matK primers.
This research was conducted to find out the best barkod DNA used in identifying green, red, dew gotu kola and gotu kola capsules using matK and rbcL genes.
DNA isolation was carried out using Thermo Scientific GeneJet Plant Genomic DNA Purifyication Mini Kit.
Based on the BOLD system search for green pegagan primer matK 100% identical to Centella asiatica, red pegagan 99.
13% similarity to Hydrocotile ranunculoides, pegagan embun 98.
similarity to Hydroccotyle hyrta and pegagan capsule 99.
03% similar to Hydrocotyle hyrta.
For the rbcL primers, the green pegagan similar 99.
81% with Hydrocotyle bowlesiodes and red pegagan similiar 100% with Hydrocotyle vulgaris.
From the research it can be concluded that the matK gene is better used in identifying pegagan plants because it has the ability to distinguish plants up to species leves rather than the rbcL gene.
Key words : Growmore fertilizer.
Hot chilli.
Petroganic fertilizer.
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.
0 International License.
Barcod DNA Tumbuhan A PENDAHULUAN Tumbuhan pegagan merupakan tumbuhan obat yang sudah digunakan secara luas untuk mengobati berbagai macam penyakit, baik digunakan dalam bentuk ramuan maupun dalam bentuk bahan tunggal (Soerahso et al.
, 1.
Menurut penelitian yang telah dilakukan Januwati .
pegagan mengandung asiatikosida berupa glikosida dan banyak dipakai dalam ramuan obat tradisional atau jamu.
Beberapa khasiat tumbuhan pegagan lainnya adalah sebagai obat lemah syaraf, demam, bronkhitis, kencing manis, psikoneurosis, wasir, tekanan darah tinggi, penambah nafsu makan, dan penguat daya ingat (Soerahso et al.
, 1.
Banyaknya manfaat tumbuhan pegagan, maka perlu dilakukan pengembangan.
Dalam berbagai data pendukung, salah satunya yaitu identifikasi status genetik tumbuhan pegagan (Julianti et al.
, 2.
Selama ini orang melakukan identifikasi pada tumbuhan dengan konvesional yang diidentifikasi dari bentuk fisiknya seperti bunga, daun, batang, cabang dan biji (Kalangi et al.
Metode membutuhkan waktu yang lama, relatif mahal, dipengaruhi oleh lingkungan sehingga keragaman identifikasi yang mengidentifikasi tumbuhan jika sudah dalam bentuk sediaan dan tidak konsisten serta hanya bisa diterapkan pada tanaman Selain itu pengamatan morfologi membutuhkan seorang pakar taksonomi yang sampai saat ini jumlahnya sangat terbatas (Virgilio et al.
, 2.
Karena kelemahan tersebut perlu dikembangkan suatu metode terbaru yang lebih tepat, cepat dan efisien untuk mengidentifikasi.
Metode yang saat ini mulai dikembangkan untuk identifikasi genetik tumbuhan adalah barkod DNA (Kalangi et al.
, 2.
Nova et al.
Barkod DNA adalah suatu metode yang digunakan untuk identifikasi organisme secara genetik.
Barkod DNA menggunakan sekuens/potongan DNA pendek (Hebert et al.
, 2.
Barkod DNA memiliki fungsi-fungsi aplikatif misalnya untuk survey ekologi (Dick CW, 2.
, identifikasi takson-takson kriptik (Lahaye et al.
, 2.
dan konfirmasi sampelsampel tanaman obat (Xue CY, 2.
serta mengidentifikasi sampel yang sudah dalam bentuk sediaan.
Keuntungan dari barkod DNA ini yaitu stabil, cepat dan dapat dideteksi dalam semua jaringan tumbuhan, serta tidak dipengaruhi oleh Untuk mengidentifikasi tumbuhan dalam teknologi barkod DNA perlu menggunakan gen pengkode Gen yang biasa digunakan adalah gen rbcL dan matK karena eksistensi, efektifitas, dan kelestarian laju mutasi kedua gen tersebut yang ditemukan pada hampir semua tumbuhan.
Penggunaan dua direkomendasikan oleh The Consortium for the Barcode of Life (CBOL) sebagai barkod standar untuk tumbuhan (CBOL.
Sehingga pada saat ini, gen rbcL dan matK sudah dipergunakan sebagai penanda DNA untuk spesies tumbuhan (Hebert dkk.
Hajibabaei dk.
Berdasarkan penelusuran singkat dalam BOLD (Barcode of Life Databas.
sistem yang terhubung dengan database sequence dari beberapa negara, data sequence barkod DNA standar .
bcL dan matK) banyak spesies belum tersedia atau belum lengkap khususnya untuk kedua gen barcode tumbuhan pegagan, karena hal tersebut peneliti tertarik untuk melakukan penelitian tentang barkod DNA tumbuhan pegagan dengan primer gen rbcL dan matK sebagai data inventaris identitas molekuler tanaman ini.
METODA PENELITIAN
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.
0 International License.
Jurnal AGRIFOR Volume 25.
No.
1 (Maret 2.
Pp.
https://doi.
org/10.
31293/agrifor.
https://doi.
org/10.
31293/agrifor.
Pengambilan Sampel Sampel tumbuhan pegagan diambil di daerah Alahan Panjang.
Kecematan Lembah Gumanti.
Kabupaten Solok.
Padang.
Sumatera Barat.
Indonesia.
Sampel sedian pegagan .
apsul X) dibeli dari salah satu toko obat herbal yang ada di Padang.
Identifikasi Sampel Identifikasi sampel dilakukan di Herbarium Universitas Andalas (ANDA) Jurusan Biologi Fakultas MIPA.
Universitas Andalas Padang.
Isolasi DNA Isolasi sampel pegagan menggunakan Protocol Thermo Scientific GeneJET Plant Genomic DNA Purification Mini Kit #K0792.
Sampel daun pegagan segar tanpa tulang daun pegagan kemudian ditimbang 0.
3 g didalam 5 ml ditambahkan 350 AAl Lysis Buffer A, kemudian divortex selama 10-20 detik.
Tambahkan 50 AAl Lysis Buffer B dan 20 AAl RNase A, divortex selama 1 menit.
Inkubasi sampel selama 10 menit pada suhu 65AC di waterbath.
Tambahkan 130 AAl Precipitation Solution dan dibolakbalik 2-3 kali, kemudian diinkubasi dalam es selama 5 menit dan selama 5 menit pada 14.
000 rpm sehingga terbentuk 2 lapisan, supernatant dan pellet.
Ambil supernatant .
-500 AA.
dan pindahkan ke mikrotube baru, tambahkan 400 AAl Plant gDNA Binding Solution dan 400 AAl etanol 96% kemudian kocok.
Pindahkan .
-700 AA.
larutan yang sudah dikocok kedalam spin colum, disentrifugasi selama 1 menit pada 8000 rpm, kemudian buang larutan yang terdapat pada collection tube.
Tambahkan sisa larutan yang sudah dikocok sebelumnya kedalam spin
ISSN P : 1412-6885
ISSN O : 2503-4960
colum kemudian sentrifugasi selama 1 menit pada 8000 rpm dan buang kembali larutan yang terdapat pada collection tube.
Tambahkan 500 AAl Wash Buffer I, sentrifugasi selama 1 menit pada 10.
000 rpm, buang larutan yang terdapat pada coleection tube.
Tambahkan 500 AAl Wash Buffer II, sentrifugasi selama 1 menit pada 000 rpm.
Ganti collction tube dengan collection tube steril yang baru kemudian tambahkan 100 AAl elution buffer, diinkubasi selama 5 menit pada suhu ruang dan sentrifugasi selama 1 menit pada 10.
000 rpm.
Pindahkan template DNA kedalam mikrotube Kemudian elektroforesis dengan 1 AAl a DNA ditambah 2 AAl template DNA dan 7 AAl TE 1 X lalu dirunning pada 100 volt selama 30 menit dan diamati dibawah sinar UV 250a.
DNA di simpan pada 20AC.
Amplifikasi DNA Untuk sampel tumbuhan pegagan DNA menggunakan 3 AAl DNA template, 13 AAl Dream Tag Green PCR, 7 AAl Free Water Nuclease.
Untuk primer digunakan primer universal yaitu 1 AAl rbcLaF .
Ao-ATG TCA CCA CAA ACA GAG ACT a GC-3A.
dan 1AAl rbcLaR .
Ao-GTA a TCA AGT CCA CCR CG-3A.
untuk amplifikasi gen rbcL (Kress dan Erickson, 2.
serta untuk gen matK digunakan 1AAl matK-3F .
Ao-CGT ACA GTA CTT TTG TGT TTA CGA G-3A.
dan 1 AAl matK-1R .
Ao-ACC CAG TCC ATC TGG a TCT TGG TTC-3A.
Untuk sampel kapsul pegagan amplifikasi DNA menggunakan 2 AAl DNA template, 25 AAl KOD, 21 AAl Free Water Nuclease.
Untuk primer masing-masing 1,5 AAl untuk forward dan reverse.
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.
0 International License.
Barcod DNA Tumbuhan A Nova et al.
Pengaturan suhu thermocycler untuk denaturasi awal pada 95AC selama 2 menit kemudian dilanjutkan 35 siklus .
AC 30 detik, 55AC 30 detik, 70AC 30 detik dan 72AC 1 meni.
Untuk primer matK dimulai dengan denaturasi awal pada 95AC selama 2 menit, kemudian dilanjutkan 35 siklus .
AC 30 detik, 55AC 30 detik, dan 72AC 1 meni.
dengan 5 AAl DNA Ladder 1 kb.
Setelah lubang-lubang pada gel selesai diisi, tangki elektroforesis diberi aliran listrik.
Sisi yang berisi hasil amplifikasi diberi arus negatif.
Proses elektroforesis dijalankan selama 30 menit pada voltase 100 Setelah proses running selesai, gel diamati di atas UV transilluminator dan di amati pada Elektroforesis Hasil dielektroforesis dengan gel agarosa Gel dibuat dengan melarutkan 0,4 gram bubuk agarosa dalam 50 ml TBE untuk kemudian dihomogenkan dan dipanaskan dengan microwave hingga mendidih.
Setelah agarose larut, ke dalam botol Scott ditambahkan 1 tetes ETBr, kemudian Selanjutnya dituangkan pada cetakan gel yang sebelumnya telah ditempatkan comb .
untuk membuat lubang/sumur dan didiamkan hingga gel mengeras.
Gel agarose yang sudah beku direndam dalam running buffer TBE.
Setiap sumur diisi 5 AAl DNA hasil PCR dan penanda .
berat molekul di satu sumur lainnya diisi Sequencing DNA Sequencing sampel dikirim ke 1stbase Asia di Singapura.
HASIL
PENELITIAN
PEMBAHASAN
DAN
Sampel yang digunakan diambil dari daerah kabupaten Solok.
Dari hasil identifikasi yang dilakukan di Herbarium ANDA sampel yang telah diambil berupa Centella asiatica (L) Urb.
Untuk sampel pegagan hijau dan pegagan merah, dan 1 sampel berupa Hydrcotyle sibthorpioides Setalah sampel diidentifikasi kumudian baru dilakukan isolasi DNA.
Organ tumbuhan yang diambil untuk isolasi DNA adalah daun.
Bagian daun dipilih untuk digunakan dalam isolasi Analisis Barkod DNA Kromatogram DNA hasil sequensing divisualisasi dengan menggunakan program Geneious v5.
6 dan disunting menggunakan aplikasi Bioedit.
Bagian awal DNA dihapus beberapa bp dan pembacaan nukleotida yang keliru keakuratan terbaca.
Untuk keakuratan amplifikasi gen target yang diuji menggunakan primer rbcL dan matK, dilakukan identifikasi melalui BOLD (Barcode of Life Databas.
DNA karena di dalam DNA pada daun terdapat kloroplas yang mengandung gen (Ribulose-bisphosphate carboxylas.
dan matK (Maturase-K).
Daun diambil tanpa tulang daun untuk memudahkan proses penggerusan.
Untuk sampel pegagan kapsul langsung dilakukan isolasi DNA tanpa melalui proses penggerusan terlebih dahulu.
Ini karena sampel yang dalam kapsul sudah berbentuk serbuk halus.
Isolasi DNA sampel pegagan dilakukan untuk mengamplifikasi gen target dari primer rbcL dan matK yang terdapat didalam kloroplas.
Proses isolasi DNA menggunakan GeneJET Plant This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.
0 International License.
Jurnal AGRIFOR Volume 25.
No.
1 (Maret 2.
Pp.
https://doi.
org/10.
31293/agrifor.
https://doi.
org/10.
31293/agrifor.
Genomic DNA purification Mini Kit #K0971 dimana prinsipnya adalah Sampel dilisis dalam buffer lisis A dan B yang RNase A dan pengotor-pengotor lainnya yang kemudian dihilangkan dengan larutan presipitasi sehingga terbentuk lisat kemudian dicampur dengan larutan pengikat gDNA tanaman, etanol dan dimuat pada kolom pemurnian tempat DNA akan berikatan dengan membran kotoran secara efektif dihilangkan dengan mencuci kolom dengan wash buffer I dan II.
DNA genom kemudian dielusi dengan elution buffer.
Proses utama isolasi DNA yaitu perusakan atau penghancuran membran dan dinding sel.
Pemecahan sel .
bertujuan untuk mengeluarkan isi sel.
Tahap penghancuran sel atau jaringan dilakukan dengan cara menggerus sampel pegagan menggunakan mortar.
Fungsi penambahan lysis buffer adalah untuk menjaga struktur DNA selama proses penghancuran dan purifikasi sehingga memudahkan dalam menghilangkan protein dan RNA serta mencegah aktivitas enzim pendegradasi DNA dan mencegah DNA.
ISSN P : 1412-6885
ISSN O : 2503-4960
Penambahan precipitation solution untuk memecahkan dan mengkoagolasi protein dan pengotor-pengotor yang kemudian dilakukan pemisahan dengan cara DNA kemudian akan diikat dengan gDNA binding solution dan etanol sehingga akan melekat pada silikagel yang terdapat pada spin column.
Template DNA dicuci dengan wash buffer 1 dan II yang kemudian DNA yang terikat pada silica dilepaskan dengan elution buffer.
Hasil isolasi DNA yang terbentuk berupa larutan jernih tidak berwarna yang menunjukkan bahwa tidak adanya klorofil daun yang larut dalam larutan buffer yang digunakan selama proses isolasi DNA.
Untuk melihat adanya DNA yang terbawa selama proses isolasi DNA dilakukan TE 1X bertindak sebagai larutan penyangga yang berguna untuk menambah densitas DNA sehingga DNA tetap berada dibagian bawah dari sumur untuk dapat bergerak kearah muatan Setelah proses running selesai maka untuk melihat hasil elektroforesis media agar ditempatkan dibawah lampu UVtrans-illuminator 250a dan dilihat dengan menggunakan computer (Gambar .
Gambar 1.
Hasil elektroforesis isolasi DNA.
Sampel pegagan embun (PE) L: a DNA, 1: PE, .
Sampel pegagan hijau (PH) L: a DNA, 2: PH, .
sampel pegagan merah (PM) L: a DNA, 3: PM, .
sampel pegagan kapsul (PK) L: a DNA, 4: PK This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.
0 International License.
Barcod DNA Tumbuhan A Terbentuknya DNA menunjukkan adanya DNA (Gambar .
Garis smear yang terlihat pada DNA sampel pegagan embun, pegagan merah dan pegagan kapsul (Gambar 1 .
, .
) menunjukkan bahwa masih terdapat pengotor didalam template DNA.
Pita DNA tunggal pada sampel pegagan hijau (Gambar 1.
artinya DNA yang diperoleh tersebut utuh atau tidak ada smear ketika DNA dielektroforesis.
DNA yang berkualitas baik dicirikan oleh pita DNA yang terlihat tebal dan bersih bila divisualisasikan foto gel elektroforesis (Ardiana 2.
Ini terlihat pada sampel pegagan hijau dimana pita yang dihasilkan konsentrasi DNA yang terdapat dalam templete DNA tinggi.
Sedangkan untuk sampel pegagan embun, pegagan merah dan pegagan kapsul pita yang dihasilkan tipis, ini menandakan bahwa konsentrasi DNA dalam template DNA rendah.
Hal ini menjadi penting karena pada proses sekuensing DNA yang masih utuh akan memberikan hasil yang lebih akurat.
Setelah dilihat adanya DNA pada proses elektroforesis kemudian dilanjutkan dengan proses PCR untuk menggandakan DNA yang terbentuk.
Prinsip kerja dari PCR adalah proses yang diulang-ulang antara 20-40 kali siklus (Muladno, 2.
Menurut Newton dan Graham .
tahap-tahap proses PCR meliputi: .
denaturasi DNA, pembukaan utas ganda DNA menjadi utas tunggal .
iasanya pada suhu 92-95AC), .
tahap annealing, penempelan primer pada DNA cetakan biasanya tergantung pada Melting Temperatur primer yang digunaka.
, serta .
tahap extension, pemanjangan primer dengan melakukan reaksi polimerisasi nukleotida untuk membentuk rantai DNA .
iasanya pada suhu 72AC).
Ketiga Nova et al.
tahapan tersebut akan dilakukan secara Pada PCR sampel tumbuhan pegagan menggunakan 35 kali siklus berulang, dimana dimulai pada tahap peleburan yang dilakukan pada suhu tinggi untuk memutus ikatan hidrogen DNA dari untui ganda menjadi untai tunggal yang dilakukan dalam waktu 1 menit untuk siklus awal dan 30 detik untuk siklus berikutnya.
Ini untuk memastikan semua berkas DNA terpisah dan menyebakan DNA tidak stabil dan siap menjadi template bagi primer (Muladno.
Pada menggunakan suhu 95A selama 1 menit.
Untuk tahap penempelan suhu diturunkan sehingga primer yang spesifik akan berikatan dengan DNA target.
rbcL dan matK menggunakan suhu 55A, yang merupakan suhu yang optimum untuk penempelan kedua primer ini.
Untuk tahap elongasi suhu dinaikkan kembali karena pada tahap ini DNA polimerase dapat memanjangkan primer dengan cara menambah nukleotida pada untai DNA.
Ini dilakukan pada suhu 72AC selama 1 menit untuk mensintesis fragmen PCR.
Setelah selesai tahap elongasi kemudian diulang kembali tahap awal sebanyak 35 siklus.
Dalam proses amplifikasi gen rbcL lebih mudah menempel dari pada gen matK, tetapi matK memberikan resolusi yang lebih tinggi dalam membandingkan spesies tumbuhan, sedangkan gen rbcL lebih mudah diamplifikasi, akan tetapi resolusinya rendah untuk dapat membedakan beberapa spesies yang berkerabat dekat.
Konfirmasi keberhasilan amplifikasi fragmen gen dilakukan dengan visualisasi melalui elektroforesis.
Fragmen gen yang berhasil diamplifikasi akan dianalisis untuk sequencing DNA (Hollingsworth et al.
Proses elektroforesis dilakukan untuk melihat ukuran dari product PCR.
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.
0 International License.
Jurnal AGRIFOR Volume 25.
No.
1 (Maret 2.
Pp.
https://doi.
org/10.
31293/agrifor.
https://doi.
org/10.
31293/agrifor.
Untuk melihat ukuran DNA menggunakan Marker adalah segmen DNA spesifik yang sudah diketahui ukurannya.
Pada penelitian ini menggunakan ledder 1 Kb.
Hasil amplifikasi fragmen DNA target dapat disajikan pada Gambar 2.
ISSN P : 1412-6885
ISSN O : 2503-4960
menggunakan gel agar rose 0.
Gen rbcL tervisualisasi dalam gel agar rose pada 600 bp dan gen matK A 800 bp dengan berpatokan pada marker leader.
Gambar 2.
Hasil elektroforesis PCR.
1: sampel pegagan hijau rbcL.
2: sampel pegagan merah rbcL.
3: sampel pegagan embun rbcL.
4: sampel pegagan hijau matK.
5: sampel pegagan merah matK.
sampel pegagan embun matK.
M: marker DNA ledder 1 kb.
7: sampel pegagan kapsul matk.
sampel pegagan kapsul rbcL.
Hasil elektroforesis PCR menunjukkan untuk primer rbcL pegagan hijau, pegagan merah, dan pegagan embun berada pada rentang antara 500-750 bp.
Sedangkan untuk primer matK pegagan hijau, pegagan merah, pegagan embun dan pegagan kapsul berada pada rentang 7501000 bp.
Untuk pegagan kapsul yang menggunakan primer rbcL proses amplifikasi tidak berhasil dilakukan.
Ini terlihat dari tidak adanya pita DNA yang Ini dapat terjadi karena tidak adanya sequens target untuk primer rbcL pada template DNA sampel pegagan kapsul, dan karena kualitas dan kemurnian dari template DNA itu sendiri.
Hasil PCR kemudian dilanjutkan dengan proses sequencing.
Produk PCR dikirim ke 1stbase Asia untuk dilakukan Tujuan sequencing adalah untuk menentukan urutan basa DNA dalam seqmen molekul DNA yang relatif pendek sehingga memungkinkan untuk mengetahui kode genetik dari molekul DNA.
Amplikon yang berhasil diurutkan di laboratorium First Base Singapura diperoleh urutan basa nukleutida dari masing-masing sampel, merupakan hasil yang baik, hal ini menyatakan bahwa proses sequencing ini Hasil sequencing dari produk PCR primer rbcL dan matK menghasilkan kromatogram yang berkualitas tinggi This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.
0 International License.
Barcod DNA Tumbuhan A untuk sampel pegagan merah rcbL, pegagan embun rbcL, pegagan hijau matK, pegagan merah matk dan pegagan embun matK.
Ini dilihat dari HQ% kromatogram yang terbaca dalam geneious v5.
6 menunjukkan nilai >93.
untuk sampel gen rbcL pegagan merah dan embun serta >94.
0% untuk sampel Nova et al.
gen matK pegagan hijau, merah dan embun (Table.
5% untuk sampel pegagan kapsul.
Sedangkan untuk pegagan hijau rcbL menunjukkan nilai HQ% kromatogram 0.
0% (Table.
menyatakan bahwa kromatogram yang dihasilkan memiliki kualitas buruk.
Table.
Nilai HQ% Kromatogram Yang Terbaca Dalam Geneious v5.
NamA HQ% Sequence length P_hijau_rbcL P_merah_rbcL P_embun_rbcL P_hijau_matK P_Merah_matK P_Embun_matK P_kapsul_matK Hasil sequencing kemudian diedit dengan menggunakan aplikasi bioedit.
tujuan dari proses pengeditan sekuen adalah untuk membuang sekuen yang tidak jelas dan dilakukan penghapusan pita DNA yang tidak terbaca sequensnya dan tidak memiliki puncak kromatogram yang Sampel pegagan hijau memiliki 316 bp sequence rbcL.
pita DNA teramplifikasi telah dihapus 5 bp untuk bagian awal dan 4 bp untuk bagian akhir.
Sehingga ukuran pita DNA menjadi 307
Sampel pegagan merah memiliki 574
Pita
DNA
teramplifikasi telah dihapus 8 bp untuk bagian awal dan 12 bp untuk bagian akhir, sehingga ukuran pita DNA menjadi 554 Sampel pegagan embun memiliki 574 bp sequence rbcl.
Pita DNA yang teramplifikasi telah dihapus 3 bp pada bagian awal dan 1 bp untuk bagian akhir, sehingga ukuran pita DNA menjadi 553 Sampel pegagan hijau memiliki 854 bp sequence matK.
Pita DNA teramplifikasi telah dihapus 13 pada bagian awal dan 5 bp pada bagian akhir sehingga ukuran pita menjadi 836 bp.
Sampel pegagan merah memiliki 910 bp sequens matK.
Pita DNA teramplifikasi telah dihapus 30 bp pada bagian awal dan 27 bp pada bagian akhir, sehingga ukuran pita menjadi 853 bp.
Sampel pegagan embun memiliki 900 bp sequence matK.
Pita DNA teramplifikasi telah dihapus 13 bp pada bagian awal dan 42 bp pada bagian akhir, sehingga ukuran pita menjadi 845 bp.
Sampel pegagan kapsul memiliki 837 bp sequence matK.
Pita DNA teramplifikasi telah dihapus 27 bp pada bagian awal dan 488 bp pada bagian akhir, sehingga ukuran pita menjadi 322 This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.
0 International License.
Jurnal AGRIFOR Volume 25.
No.
1 (Maret 2.
Pp.
https://doi.
org/10.
31293/agrifor.
https://doi.
org/10.
31293/agrifor.
Data hasil sequencing yang sudah di analisis kemudian dimasukkan ke Genbank seperti BOLD.
Output dari proses ini adalah informasi lengkap mengenai spesies .
ata morfologi, taksonomi, dan pendukun.
yang kita masukkan bila spesies yang kita input sudah terdapat datanya di sistem.
Penelusuran dalam BOLD system untuk sequence rbcL sampel pegagan hijau tidak ditemukan dalam BOLD system ini berarti bahwa data tentang pegagan hijau yang menggunakan gen rbcL belum ada pada BOLD system.
sedangkan pencocokan sequence matK sampel pegagan hijau menghasilkan tingkat kemiripan 100% .
dengan Centella asiatica.
Penelusuran dalam BOLD system untuk sequens rbcL sampel pegagan merah menghasilkan tingkat 81% dengan Hydrocotile pencocokan sequence matK sampel pegagan merah menghasilkan tingkat kemiripan 99.
13% dengan Hydocotyle ranunculoides.
Penelusuran dalam BOLD system untuk sequence rbcL sampel pegagan embun menghasilkan tingkat kemiripan 100% dengan Hydrocotile vulgaris.
Pencocokan sequence matK sampel pegagan embun menghasilkan tingkat kemiripan 98.
dengan Hydocotyle hirta.
Pencocokan sequence matK sampel pegagan kapsul menghasilkan tingkat kemiripan 99.
dengan Hydocotyle hirta Sinonim merupakan istilah atau nama lain yang digunakan untuk menyebut jenis suatu spesies.
merupakan tumbuhan yang memiliki ISSN P : 1412-6885
ISSN O : 2503-4960
sinonim yaitu Hydrokotil asiatica (Hyne ,1.
Apabila sinonim pada pegagan tersebut tidak dipublikasikan, maka cenderung membedakan spesies pegagan yang memiliki sinonim menjadi spesies yang berbeda.
Sehingga penting sekali adanya publikasi mengenai sinonim dan nama yang telah diterima secara luas pada suatu spesies (Rohimah et al.
, 2.
Dari penelusuran tersebut ternyata sampel pegagan dari daerah alahan panjang memiliki kekerabatan dekat dalam tingkat spesies dengan Hydrocotyle hirta.
Hydrokotyl Hydocotyle ranunculoides.
Hydrocotile bowlesioides.
Untuk sampel sediaan pegagan .
apsul X) berdasarkan hasil penelusuran dari BOLD system yang terkandung didalam kapsul X 03% adalah Hydrokotil hyrta bukan Centella asiatica.
Berdasarkan penelitian ini tingkat keberhasilan amplifikasi PCR untuk primer rbcL adalah 58,33% untuk pegagan hijau, 72,72% untuk pegagan merah, 66,67% untuk pegagan embun dan 0% untuk pegagan Sedangkan untuk primer matK 50% untuk pegagan hijau, 54,54% untuk pegagan merah, 66.
67% untuk pegagan embun dan 23.
07% untuk pegagan kapsul (Table Tingkat identifikasi pada penelitian ini dihitung berdasarkan nilai HQ% yang >90% terhadap jumlah seluruh sampel yang dikirim untuk proses sequencing sehingga didapatkan pesentase tingkat keberhasilan identifikasi rbcL dan matK adalah 66.
dan 75%.
Tingkat keberhasilan matK lebih tinggi bila dibandingkan dengan This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.
0 International License.
Barcod DNA Tumbuhan A Nova et al.
Tabel 2.
Penelusuran hasil BOLD System.
Penelusuran BOLD system Sampel MatK Pegagan hijau Centella asiatica Pegagan merah Hydrocotile bowlesioides Hydocotyle ranunculoides Pegagan embun Hydrokotyle vulgaris Hydrocotyle hirta Tabel 3.
Persentase keberhasilan amplifikasi PCR Sampel Pegagan hijau Pegagan merah Pegagan embun Pegagan kapsul Primer Total PCR amplifikasi Amplifikasi PCR sukses % amplifikasi PCR sukses 58,33% 72,72% 54,54% 66,67% 66,67% 23,07% Dari data ini, ternyata kemampuan diskriminasi .
iscrimination powe.
barkod oleh gen rbcL lemah, hal ini telah diperkirakan oleh beberapa publikasi ilmiah yang menggunakan gen ini untuk barkod (Lahaye et al.
, 2.
merupakan penanda molekuler yang universalitasnya tinggi namun resolusinya rendah, sedangkan matK memberikan universalitas rendah namun memiliki resolusi tinggi diantara jenis-jenis yang berbeda hasil yang didapatkan adalah gen rbcL hanya dapat membedakan pada tingkatan genus saja, sedangkan gen matK dapat membedakan pada tingkat spesies secara akurat.
Hal ini sesuai dengan pernyataan Kolondam .
yang menyatakan gen matK memiliki tingkat evolusi yang tinggi dan urutan sekuen yang lebih bervariasi sehingga gen matK dianggap lebih baik dan lebih akurat dalam membedakan dan mengidentifikasi suatu jenis.
Karena tingkat keakuratannya yang lebih baik dalam mengidentifikasi jenis tanaman, sehingga gen matK lebih banyak digunakan dalam penelitian dibandingkan dengan gen rbcL.
Hal senada juga dikemukakan Barthet .
bahwa gen matK lebih banyak digunakan dalam penelitian dibandingkan dengan gen rbcL karena gen matK dapat membedakan sampai tingkat spesies.
KESIMPULAN
Berdasarkan penelusuran BOLD System yaitu pegagan hijau dari daerah Alahan Panjang identik .
%) dengan Centella asiatica yang ada pada Genebank berdasarkan gen matK, sedangkan pada gen rbcL semua jenis tumbuhan pegagan memiliki tingkat kemiripan >95% This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.
0 International License.
Jurnal AGRIFOR Volume 25.
No.
1 (Maret 2.
Pp.
https://doi.
org/10.
31293/agrifor.
https://doi.
org/10.
31293/agrifor.
terhadap jenis Hydrocotyle sp.
yang ada di system BOLD.
Untuk sediaan pegagan tumbuhan yang terkandung didalam kapsul X berdasarkan gen matK adalah Hydrokotyle Dari penelitian ini dapat disimpulkan bahwa gen matK lebih baik digunakan dalam mengidentifikasi tumbuhan pegagan karena memiliki kemampuan dalam membedakan tumbuhan sampai ke leves jenis daripada gen rbcL.
DAFTAR PUSTAKA