Jurnal Ilmiah Pharmacy.
Vol.
12 No.
Oktober 2025 ISSN P.
2406-8071 E.
STUDI MOLECULAR DOCKING SENYAWA QUERCETIN
SEBAGAI ANTIOKSIDAN
Eka Putri Wiyati1.
Ijazati Alfitroh2.
Tika Hardina3
1,2,3
Sekolah Tinggi KesehatanAl-Fatah Bengkulu ekaputriwiyati@gmail.
ABSTRAK
Antioksidan merupakan salah satu komponen senyawa bioaktif yang memegang peranan penting dalam melawan radikal bebas.
Buah raspberry (Rubus idaeu.
merupakan sumber antioksidan berperan dalam meningkatkan respon imun melalui mekanisme penghambatan patogen, senyawa flavonol paling sering dijumpai dalam buah berry diantaranya quercetin, myricetin serta kaemferol, sementara flavanol meliputi senyawa katekin, epikatekin, gallocatechin serta epigallocatechin.
Studi docking molekuler ini bertujuan untuk mengkaji quercetin yang terkandung pada buah raspberry (Rubus idaeu.
sebagai antioksidan dengan menggunakan reseptor uji kode 41QK, 5CGJ, 5FIW dan 1CXP menggunakan Biovia Discovery Studio dan AutoDock Vina memberikan hasil berupa nilai energi afinitas .
kal/mo.
yang mereprentasikan interaksi antara ligan dan reseptor.
Reseptor menunjukkan ikatan dengan nilai berkisar -8 hingga -11 yang dimana semakin negatif semakin kuat interaksi ligannya, nilat tersebut diperoleh pada reseptor 5CGJ.
Sehingga hasil yang diperoleh menunjukkan adanya potensi aktivitas antioksidan.
Kata Kunci : Antioksidan.
Buah Raspberry (Rubus idaeu.
Quercetin.
dapat memicu efek patologis.
Fungsi
PENDAHULUAN
Tanaman obat merupakan salah satu bagian dari komoditas hortikultura dalam memproduksi suatu senyawa Puspitasari Antioksidan merupakan salah satu memegang peranan penting dalam penyebab berbagai penyakit degeratif (Pamungkas et al.
, 2.
Antioksidan merupakan senyawa berkemampuan dalam menangkal molekul radikal bebas dalam jumlah berlebih yang dan mencegah terbentuknya reaksi berantai (Kausar et al.
, 2.
Kandungan antioksidan banyak terdapat juga pada buah raspberry (Rubus idaeu.
, merupakan tumbuhan dinikmati langsung dalam keadaan segar tanpa dilakukan pengolahan terlebih dahulu, buah tersebut termasuk ke dalam jenis buah beri yang memiliki memiliki ukuran kecil serta tersebar luas didaerah beriklim subtropis.
Buah raspberry (Rubus idaeu.
merupakan Sekolah Tinggi Kesehatan Al-Fatah Bengkulu menetralkan senyawa radikal bebas bioaktif salah satunya antioksidan (Maya Jurnal Ilmiah Pharmacy.
Vol.
12 No.
Oktober 2025 ISSN P.
2406-8071 E.
melawan patogen di dalam tubuh untuk Buah menjaga sistem kekebalan serta selain beragam senyawa bioaktif seperti asam berfungsi sebagai menangkal radikal bebas, kandungannya proantosianidin, stilbene dan tannin dalam jumlah tinggi.
Jenis tannin dapat yang termasuk dimanfaatkan sebagai pewarna terhidrolisis seperti ester asam galat pangan pada kondisi asam.
Flavonoid raspberry serta blackberry.
Flavonol paling sering dijumpai dalam buah sedangkan pigmen berry diantaranya quercetin, myricetin buah raspberry berkontribusi terhadap serta kaemferol, sementara flavanol variasi warna merah hingga biru pada meliputi senyawa katekin, epikatekin, bunga, daun dan buah (Fanshuri & Al, gallocatechin serta epigallocatechin.
Pada Jenis berry dengan kandungan flavonoid utama terkandung dalam pada tanaman tersebut buah berry (Lavefve et al.
, 2.
tercatat empat kali lipat lebih besar Potensi quercetin sebagai antioksidan daripada buah non-berry, sepuluh kali lipat lebih besar dibandingkan sayuran molekuler, yang dimana merupakan dan empat puluh kali lipat lebih besar metode komputasi dalam memprediksi daripada sereal.
Tanaman ini juga apakah senyawa tersebut mempunyai memiliki kelebihan berupa periode panen yang singkat.
Teknik budidaya kesehatan manusia (Chigurupati et al.
yang sederhana, serta produktivitas yang Percobaan docking molekuler berlangsung sepanjang tahun (Lebedev ini untuk melihat potensi quercetin et al.
, 2.
Antosianin termasuk sebagai antioksidan dengan 41QK, kedalam pigmen alami yang tergolong 5CGJ, 5FIW dan 1CXP.
memberikan warna merah hingga biru yang banyak ditemukan pada jenis buah seperti dari berry (Tensiska et al.
Sekolah Tinggi Kesehatan Al-Fatah Bengkulu
METODE PENELITIAN
Alat Perangkat keras pada penelitian ini menggunakan notebook dengan Jurnal Ilmiah Pharmacy.
Vol.
12 No.
Oktober 2025 ISSN P.
2406-8071 E.
perosesor Intel Inside dan system operasi Windows 10, yang dimana Discovery programnya meliputi AutoDock Vina, dipreparasi simpan dalam bentuk file AutoDock Protein Data Bank (PDB).
Selanjutnya Tools.
Biovia Studio.
Biovia Discovery Studio digunakan dalam proses docking untuk mempersiapkan aplikasi AutoDock Vina dan disimpan protein serta ligan pada system operasi dalam bentuk file pdbqt sebagaimana tersaji pada gambar 2.
Pada reseptor yang direncanakan Bahan Pada penelitian ini senyawa yang untuk digunakan yaitu dengan target diaplikasikan yaitu metabolit skunder berupa kode 41QK, 5CGJ, 5FIW dan flavonoid quercetin download disitus 1CXP yang dapat diakses dari situs PubChemhttps://pubchem.
https://w.
org/ file disimpan gov yang memiliki nama IUPAC 2- format Protein Data Bank (PDB), target .
, 4- dihydroxypheny.
-3, 5, 7- yang digunakan merupakan human trihydroxychromen -4 -one.
Untuk Keap 1 Kelch domain dengan kode target reseptor struktur 3D kristal yang 4IQK, sedangkan untuk meningkatkan digunakan analisis molecular docking ekspresi gen antioksidan dengan kode diperoleh dari Protein Data Bank (PDB) 5CGJ.
Myeloperoxidase (MPO) enzim disitus https://w.
org dengan pro oksidatif neutrofil manusia dengan kode 41QK, 5CGJ, 5FIW dan 1CXP kode 1CXP dan 5FIW yang dimana dapat dilihat pada gambar 1.
diuji sebagai Cara Kerja inhibitor MPO untuk mengurangi Preparasi Ligan dan Reseptor pembentukan ROS.
struktur MPO Pada studi ini untuk struktur .
enghilangkan ikatan ligan serta (Rubus cocok untuk modelling pengikatan Selanjutnya Biovia https://pubchem.
Discovery Studio dan simpan dalam download senyawa 3D conformer, bentuk file Protein Data Bank (PDB), kemudian file disimpan dalam bentuk selanjutnya dipreparasi kembali pada SDF.
Lalu Sekolah Tinggi Kesehatan Al-Fatah Bengkulu AutoDock Vina.
Jurnal Ilmiah Pharmacy.
Vol.
12 No.
Oktober 2025 ISSN P.
2406-8071 E.
selesai preparasi file simpan dalam pencernaan dan berpotensi mencegah bentuk pdbqt dapat dilihat pada gambar kerusakan oksidatif.
Sedangkan pada penelitian Ciric et al.
, .
meneliti Docking dan Analisa Data beberapa buah berry yang dimana salah Pada hasil reseptor dan ligan satu sampelnya yaitu buah raspberry yang telah dipreparasi yang disimpan (Rubus idaeu.
dengan hasil memiliki dalam bentuk file pdbqt, selanjutnya kandungan flavonoid dan antosianin.
Molekuler dengan meenggunakan metode RP- menggunakan aplikasi AutoDock Vina HPLC pemisahan flavonoid dengan dengan pengaturan parameter GridBox hasil yang terdiri dari quersetin, rutin, .
ambar luteolin-7-0-glukosa, kaemferol dan GridBox menyesuaikan koordinat ko- juga hasil evaluasi aktivitas antioksidan kristal ligand dan reseptor saling dengan hasil menunjukkan aktivitas Hasil dari ikatan GridBox dengan nilai X.
Y dan Z disimpan ABTS.
Docking Penentuan DPPH selanjutnya dilakukan running pada Senyawa metabolit sekunder dari Commad Prompt.
Pada hasil Commad flavonoid yaitu salah satunya quercetin Prompt yang dimana senyawa berasal dari aplikasi Biovia Discovery Studio.
HASIL DAN PEMBAHASAN
Pada penelitian ini menggunakan merupakan kandungan (Rubus pada buah penelitian dari Gylyin et al.
, .
bahwa buah buah raspberry (Rubus idaeu.
terdapat kandungan quercetin, penelitian Wu et al.
, .
ekstrak raspberry (Rubus idaeu.
menunjukkan aktivitas antioksidan yang kuat serta Sekolah Tinggi Kesehatan Al-Fatah Bengkulu buah-buahan.
Senyawa digunakan banyak peneliti berupaya membuktikan potensi tersebut melalui menggunkan target reseptor dan ligan dengan metode docking molekuler (Amin et al.
, 2.
Pada Docking Molekul kali ini persiapan untuk reseptor 41QK, 5CGJ, 5FIW dan 1CXP https://w.
simpan dalam format PDB, sedangkan pada ligan quercetin dapat diakses Jurnal Ilmiah Pharmacy.
Vol.
12 No.
Oktober 2025 ISSN P.
2406-8071 E.
https://pubchem.
simpan dalam format 3D conformer SDF terilustrasi pada gambar 1 .
dan 1CXP Gambar 1.
41QK, b.
5CGJ, c.
5FIW, d.
1CXP) PDB (Protein Bank Dat.
, .
quercetin Pubchem 3D Confomer Preparasi Ligan dan Reseptor Pada proses preparasi ligan dan residu-residu Pemisahan beserta ligan alaminya digunakan untuk 5CGJ menyediakan lokasi memungkinkan ligan uji berinteraksi dengan reseptor protein (Rastini, et.
Proses preparasi reseptor 41QK, 5CGJ, 5FIW dan 1CXP serta ligan quercetin pada aplikasi perangkat lunak Biovia Discovery Studio .
Secara umum struktur protein dalam format (Protein Bank Dat.
PDB
5FIW
Sekolah Tinggi Kesehatan Al-Fatah Bengkulu mencangkup molekul pelarut air serta Jurnal Ilmiah Pharmacy.
Vol.
12 No.
Oktober 2025 ISSN P.
2406-8071 E.
tersebut perlu penghapusan agar tidak menimbulkan gangguan pada proses docking serta memastikan interaksi yang diamati terbatas pada ligan dan reseptor (Wiyati et al.
, 2.
Hasil preparasi
reseptor dan ligan pada aplikasi data
Biovia
Discovery Studio disimpan sebagai file
PDB yang dimana hasil preparasi
5FIW
menggunakan AutoDock Vina.
1CXP
Gambar 2.
41QK, b.
5CGJ, c.
5FIW, d.
1CXP) PDB (Protein Bank Dat.
Docking dan Analisa Data Pada proses docking molekul yang akan digunakan yaitu hasil reparasi dari aplikasi Biovia Discovery Studio yang di simpan dalam format PDB, begitu juga dengan reseptor yang 5CGJ akan digunakan, hasil reparasi dapat dilihat pada gambar 2.
Hasil dari pengujian ligan uji quercetin dengan Sekolah Tinggi Kesehatan Al-Fatah Bengkulu Jurnal Ilmiah Pharmacy.
Vol.
12 No.
Oktober 2025 ISSN P.
2406-8071 E.
reseptor 41QK, 5CGJ, 5FIW dan 1CXP berasa dalam rentan -8.
0 hingga -11.
kcal/mol.
AutoDock Vina, pengaturan GridBox pada masingmasing reseptor.
Gridbox mendefinisikan daerah reseptor untuk proses docking melalui acuan koordinat X.
Y dan Z senyawa pembanding.
GridBox 41QK konformasi energi ligan (Sari et al.
GridBox akan menghasilakn nilai X.
Y dan Z yang dimana telah mencangkup seluruh bagian dapat dilihat pada gambar 3.
Hasil docking dari aplikasi AutoDock Vina dihasilkan berkas config.
txt, yang dimana dimensi GridBox.
Senyawa quercetin dengan reseptor GridBox 5CGJ 41QK tercatat memiliki energi bebas ikatan pada kisaran -9,2 hingga -10,7 kcal/mol, pada reseptor 5CGJ dengan 4 hingga -10.
8 kcal/mol, reseptor 5FIW dengan ikatan energi 8.
9 sampai -9.
8 kcal/mol, dan reseptor 1CXP memiliki nilai -8.
7 sampai -9.
kcal/mol.
Penelitian Ivanova Karelson, 2022 yang dimana nilai GridBox 5FIW semakin kuat interaksi ligan dengan reseptor pada nilai -10 kcal/mol sangat kompetitif, energi ikatan ligan terbaik Sekolah Tinggi Kesehatan Al-Fatah Bengkulu Jurnal Ilmiah Pharmacy.
Vol.
12 No.
Oktober 2025 ISSN P.
2406-8071 E.
GridBox 1CXP Gambar 3.
GridBox Ligan Quercetin dan Reseptor .
,b,c,.
Hasil Ikatan Reseptor 41QK dan quercetin Commad Prompt dalam bentuk file txt yang kemudian dapat Biovia Discovery Studio untuk melihat ikatan ataupun interaksi senyawa.
Interaksi antar analisis ligan-reseptor dilakukan sebagaimana ditujukkan oleh energi binding affinity, hasil ikatan dapat dilihat pada gambar 4.
Ikatan Reseptor 5CGJ dan quercetin Sekolah Tinggi Kesehatan Al-Fatah Bengkulu Jurnal Ilmiah Pharmacy.
Vol.
12 No.
Oktober 2025 ISSN P.
2406-8071 E.
ketika protein berikatan dengan ligan, hal ini dapat memengaruhi struktur konformasi dan fungsi protein.
Situs pengikatan menampilkan residu-residu penting yang mungkin terbentuknya interaksi dengan ligan, interaksi non-polar, maupun interaksi (Chigurupati et al.
, 2.
Hasil
Docking Molekul
reseptor 4IQK, adanya ikatan Ikatan Reseptor 5FIW dan quercetin
VAL
A:418 bisa disebut valine yang dimana residu hidrofobik dengan ikatan van der waals dengan cincin aromatik dan ikatan GLY A:417 disebut dengan glycine yang dimana menjadi donor untuk interaksi hidrogen dengan gugus hidroksil atau karbonil ligan.
LEU
A:557 dengan nama lain leucine merupakan hidrofobik kurang lebihnya sama dengan VAL A:418, dan terakhir THR
A:560
mengandung gugus -OH sebagai donor atau akseptor H-bond.
Dari hasil ikatan Ikatan Reseptor 1CXP dan quercetin Gambar 4.
Ikatan Reseptor Dan Ligan .
,b,c,.
Visualisasi interaksi dari hasil docking dilakukan untuk melihat ikatan atau antara ligan dan reseptor.
Area ikatan .
inding sit.
adalah daerah di mana Sekolah Tinggi Kesehatan Al-Fatah Bengkulu yang ada sehingga dapat dinyatakan menghambat interaksi KEAP1-NRF2, aktivitas antioksidan pada quercetin dan reseptor 4IQK memiliki energi bebas ikatan seberar -9.
2 hingga -10.
kcal/mol dapat dilihat pada gambar 4.
Jurnal Ilmiah Pharmacy.
Vol.
12 No.
Oktober 2025 ISSN P.
2406-8071 E.
Menggunakan reseptor 5CGJ yang memperlihatkan interaksi kuat dengan dimana pada penelitian Jiang et al.
Pemilihan reseptor 4IQK yang Keap1AeNRF2AeARE dimana reseptor tersebut merupakan melindungi sel dari stres oksidatif, faktor transkripsi NRF2 .
uklir eritroid yang berkontribusi terhadap berbagai 2-related factor .
dan regulator negatif
utamanya KEAP1, salah satu protein
ditemukan hingga saat ini dan mungkin yang dikenal sebagai ECH-associated bermanfaat dalam banyak indikasi
rythroid cell-derived protein
CNC
Reseptor 5FIW menghasilkan sistem antioksidan yang diatur secara ikatan GLU D:242 .
sebagai ketat, dengan peran kunci dalam akseptor H-bond.
HIS D:336 .
respons terhadap OS dan pemeliharaan dan GLN B:91 .
merupakan homeostasis redoks.
KEAP1 bertindak donor atau akseptor H-bond serta sebagai sensor OS untuk mengatur memiliki cincin aromatic.
GLY B:90
pergantian NRF2 dalam sel atau tubuh, .
memiliki backbone N-H atau C=O yang menjadi donor ataupun NRF2 menyebabkan produksi zat antioksidan dan detoksifikasi yang menurunkan OS .
yang memiliki cincin (Bono et al.
, 2.
aromatik serta kontak hidrofobik .
an Pada H-bond.
PHE
D:332
5CGJ
der waal.
pada bagian non polar.
Pada menghasilkan ikatan GLY A:367.
GLY penelitian Annapurna et al.
, 2013
A:464.
GLY A:605 merupakan glycine aktivitas penghambatan Que terhadap backbone yang dimana menyediakan MPO juga tampaknya memperbaiki donor .
ackbone N-H atau C=O), sedangkan VAL A:512.
VAL A:606 reperfusi otak iskemik pada tikus.
ialah residu hidrofobik untuk kontak Cedera reperfusi dikaitkan dengan atau ikatan dengan non-polar yang ketidakseimbangan stres oksidatif dan memiliki cincin aromatik serta alkil.
sistem pertahanan antioksidan.
Que Ikatan CYS A:513 memberikan kontak memperbaiki perkembangan penyakit van-der-waals.
THR A:560 mampu dengan mengurangi ROS terkait MPO.
mendonorkan atau akseptor H-bond.
Yang Sekolah Tinggi Kesehatan Al-Fatah Bengkulu Jurnal Ilmiah Pharmacy.
Vol.
12 No.
Oktober 2025 ISSN P.
2406-8071 E.
merupakan salah satu yang bisa berkaitan dengan manusia.
Reseptor
1CPX dengan quercetin menghasilkan PHE
A:332
GLY A:90 .
yang dimana menjadi donor dan akseptor Hbond.
GLN A:91 .
dan HIS C:336 .
menjadi donor ataupun H-bond.
GLU
C:242
sebagai akseptor H-bond.
Pada reseptor ini memiliki ikatan dengan ligan.
KESIMPULAN
Hasil
41QK,
5CGJ, 5FIW dan 1CXP menunjukkan adanya pembentukan ikatan.
Hal ini sebagai antioksidan, yang dimana nilai semakin kuat interaksi ligan dengan reseptor, energi ikatan ligan terbaik berada dalam rentan -8.
0 hingga -11.
kcal/mol.
Hasil berkisar -8 hinga -10.
DAFTAR PUSTAKA