Jurnal Ilmiah Ibnu Sina, 10.
Maret 2025, 30-40 p-ISSN: 2502-647X.
e-ISSN: 2503-1902
ANALISIS PREDIKSI EFEK ANTIINFLAMASI PADA PIPER
PORPHYROPHYLLUM SECARA IN SILICO
Tria Prayoga1*.
Deni Rahmat2.
Yesi Desmiaty3.
Ni Made Dwi Sandhiutami4 Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan IKIFA Program Doktor Ilmu Farmasi.
Fakultas Farmasi Universitas Pancasila.
Jakarta
2,3,4
Fakultas Farmasi Universitas Pancasila.
Jakarta *Email1: iyaaqil@gmail.
Email2: deni.
rahmat@ univpancasila.
Email3: yesi.
desmiaty@univpancasila.
Email4: dwisandhiutami@univpancasila.
Artikel diterima: 31 Desember 2024.
Disetujui: 22 Maret 2025 DOI: https://doi.
org/10.
36387/jiis.
ABSTRAK
Penelitian ini bertujuan untuk memprediksi efek antiinflamasi dari senyawa dalam Piper porphyrophyllum menggunakan metode in silico.
Senyawa-senyawa tersebut dianalisis menggunakan perangkat lunak AutoDock untuk mengevaluasi potensi pengikatan dengan target protein, serta aturan Lipinski untuk menilai kelayakan senyawa sebagai kandidat obat berdasarkan sifat farmakokinetiknya.
Hasil kualitatif menunjukkan bahwa senyawa seperti 4'-hydroxy-3',5,7trimethoxyflavone, 4',5-dihydroxy-3',7-dimethoxyflavone, dan 5-hydroxy-3',4',7trimethoxyflavone membentuk interaksi yang signifikan dengan residu kunci pada protein target.
Secara kuantitatif, senyawa-senyawa ini menunjukkan energi bebas pengikatan yang lebih negatif dibandingkan ligan alami (-7.
34 kcal/mo.
, dengan nilai masing-masing sebesar -8.
35 kcal/mol, -8.
13 kcal/mol, dan -8.
20 kcal/mol, mengindikasikan afinitas pengikatan yang lebih kuat.
Evaluasi menggunakan aturan Lipinski menunjukkan bahwa senyawa-senyawa ini memenuhi kriteria sebagai kandidat obat yang potensial.
Kesimpulannya, metode in silico ini dapat memprediksi potensi senyawa Piper porphyrophyllum sebagai agen antiinflamasi, mendukung penelitian lebih lanjut untuk validasi eksperimental.
Kata Kunci: Piper porphyrophyllum.
Antiinflamasi.
In silico
ABSTRACT
This study aims to predict the anti-inflammatory effects of compounds in Piper porphyrophyllum using in silico methods.
The compounds were analyzed using AutoDock software to evaluate their binding potential with the target protein and Lipinski's rule of five to assess their drug-likeness based on pharmacokinetic properties.
Qualitative results show that compounds such as 4'hydroxy-3',5,7-trimethoxyflavone, 4',5-dihydroxy-3',7-dimethoxyflavone, and 5hydroxy-3',4',7-trimethoxyflavone form significant interactions with key residues on the target protein.
Quantitatively, these compounds exhibit more negative Tria Prayoga, dkk | 30 Jurnal Ilmiah Ibnu Sina, 10.
Maret 2025, 30-40 p-ISSN: 2502-647X.
e-ISSN: 2503-1902 binding free energy compared to the natural ligand (-7.
34 kcal/mo.
, with values 35 kcal/mol, -8.
13 kcal/mol, and -8.
20 kcal/mol, respectively, indicating stronger binding affinity.
Evaluation using Lipinski's rule shows that these compounds meet the criteria as potential drug candidates.
In conclusion, this in silico method can predict the potential of Piper porphyrophyllum compounds as anti-inflammatory agents, supporting further research for experimental Keywords: Piper porphyrophyllum.
Anti-inflammatory.
In silico
PENDAHULUAN
Inflamasi dihydroxy-3',7-dimethoxyflavone, biologis kompleks terhadap cedera jaringan atau infeksi yang dapat menyebabkan kondisi kronis jika tidak ditangani.
Oleh karena itu, baru dari bahan alam, seperti genus Piper yang dikenal dengan senyawa bioaktifnya, menjadi penting.
Salah Piper mengandung flavonoid penting.
Penelitian sebelumnya juga telah flavonoid, alkaloid, dan tanin dalam (Prayoga, dkk.
, 2.
Dari ekstrak Piper hydroxy-7-methoxyflavanone, 3,4',5,7-tetramethoxyflavone (Ahmad.
Senyawa- senyawa ini diidentifikasi sebagai komponen bioaktif yang berpotensi, tetapi studi lebih lanjut diperlukan farmakologisnya, khususnya dalam konteks antiinflamasi.
Sebelumnya, berbagai spesies Piper telah menunjukkan kemampuan untuk menghambat proses inflamasi Salah satu spesiesnya.
Piper Misalnya, minyak esensial dari Piper vicosanum dilaporkan memiliki efek mengurangi peradangan (Brait, dkk.
, sementara ekstrak dari Piper menstabilkan membran sel darah merah (Yesmin, dkk.
, 2.
Selain itu, senyawa dari Piper nigrum dan Piperlongumine menunjukkan potensi dalam memodulasi jalur inflamasi melalui mekanisme molekuler yang 4',5- Tria Prayoga, dkk | 31 Jurnal Ilmiah Ibnu Sina, 10.
Maret 2025, 30-40 p-ISSN: 2502-647X.
e-ISSN: 2503-1902 berbeda (Zaidi, 2023.
Sun, dkk.
METODE PENELITIAN
Penelitian yang telah dilakukan pada spesies potensi antiinflamasi Piper dari senyawa-senyawa bioaktif yang mengenai Piper porphyrophyllum dan dilaporkan dalam literatur sebagai potensinya dalam terapi antiinflamasi masih terbatas.
Oleh karena itu.
Alat dan Bahan Meskipun potensi antiinflamasi Piper Alat yang digunakan mencakup dari senyawa yang diisolasi dari Piper prosesor Intel(R) Core(TM) Ultra 7 Acer Penelitian 155H berkecepatan 1.
40 GHz dan RAM sebesar 32 GB, serta sistem bahwa metode in silico efektif dalam operasi Windows 11 Home Single memprediksi aktivitas biologis dan Language 23H2.
Beberapa toksisitas senyawa, seperti dalam studi potensi sitotoksik dan toksisitas Discovery N-(Benzoi.
-N'-feniltiourea 0.
AutoDockTools versi 1.
dan Chem3D versi 22.
Studio (Kesuma, dkk.
, 2.
Metode ini Bahan yang digunakan dalam akan digunakan untuk menganalisis penelitian ini terdiri dari senyawa- interaksi molekuler antara senyawa senyawa bioaktif yang diidentifikasi dari literatur sebagai komponen Piper Senyawa-senyawa kelayakan farmakokinetik senyawa 5-hydroxy-7- 4',5-dihydroxy- Dengan Lipinski.
3',7-dimethoxyflavanone, 3,4',5,7-tetramethoxyflavanone.
wawasan baru dalam pengembangan Selain itu, struktur protein target yang agen antiinflamasi dari bahan alam.
digunakan dalam analisis ini adalah Tria Prayoga, dkk | 32 Jurnal Ilmiah Ibnu Sina, 10.
Maret 2025, 30-40 p-ISSN: 2502-647X.
e-ISSN: 2503-1902 Lipoxygenase-3 (Soybea.
Complex Optimasi Senyawa with Epigallocatechin (EGC), yang Selanjutnya, diakses dari Protein Data Bank (PDB) dengan kode 1JNQ (Zhou & Jankun, lunak Chem3D.
Proses optimasi ini Teknik Sampling bertujuan untuk memastikan stabilitas Senyawa struktur senyawa sebelum digunakan berdasarkan hasil penelitian (Ahmad dalam simulasi lebih lanjut, sehingga , 2.
, serta informasi struktur data yang diperoleh lebih akurat.
Persiapan Ligan dan Protein PubChem.
Senyawa-senyawa ini di Struktur senyawa uji yang telah di optimasi kemudian dipersiapkan menggunakan Chem3D.
untuk simulasi Cara Analisis Data protein target, yaitu Lipoxygenase-3 Aturan Lima Lipinski dengan kode PDB 1JNQ, diambil dari Pertama-tama.
Protein Data Bank (PDB).
Persiapan Piper ini dilakukan menggunakan perangkat Struktur Discovery Studio menggunakan aturan Lipinski untuk AutoDockTools, menilai kelayakan mereka sebagai penambahan muatan, atom hidrogen, kandidat obat.
Analisis ini dilakukan serta pengaturan torsion tree untuk Persiapan http://w.
in/software/drugdesign/lipinsk molekul air, dan pemisahan reseptor jsp, dengan tujuan mengevaluasi dari ligan.
sifat farmakokinetik seperti massa Simulasi Docking molekul, logP, jumlah donor dan Simulasi menggunakan AutoDockTools untuk menentukan energi bebas pengikatan antara senyawa dan protein target.
Kriteria bioavailabilitas oral dari senyawa.
Grid Box Tria Prayoga, dkk | 33 Jurnal Ilmiah Ibnu Sina, 10.
Maret 2025, 30-40 p-ISSN: 2502-647X.
e-ISSN: 2503-1902 parameter yang ditentukan untuk Tujuan dari simulasi ini adalah HASIL DAN PEMBAHASAN untuk menilai afinitas pengikatan Aturan Lima Lipinski ligan pada situs aktif protein dan Berdasarkan menentukan potensi inhibisi senyawa terhadap protein target.
Visualisasi dan Analisis Interaksi Lipinski.
Aturan ini digunakan untuk Molekuler memprediksi apakah suatu senyawa Setelah Aturan Lima memiliki sifat yang memadai untuk hasilnya dianalisis melalui visualisasi menjadi obat yang efektif jika diambil Discovery Studio.
secara oral.
Parameter-parameter ini penting untuk menilai bioavailabilitas oral dari senyawa, yang merupakan interaksi molekuler antara senyawa prediktor penting dalam penemuan uji dan residu protein target, termasuk obat (Jayaram, dkk.
, 2012.
Lipinski, interaksi ikatan hidrogen, interaksi Visualisasi Tabel 1.
Analisis Aturan Lima dari Lipinski Molekul 4'-hydroxy-3',5,7trimethoxyflavone 4',5-dihydroxy-3',7dimethoxyflavone 5-hydroxy-3',4',7-trimethoxyflavone .
/mo.
HDonor HAcceptor LogP Molar Refractivity Optimasi Senyawa Tabel 2.
Energi Total dari Senyawa Flavonoid yang Dioptimasi Molekul Total Energi .
cal/mo.
4'-hydroxy-3',5,7-trimethoxyflavone 304,1936 4',5-dihydroxy-3',7-dimethoxyflavone 292,6791 5-hydroxy-3',4',7-tri-methoxyflavone 300,8192 Tria Prayoga, dkk | 34 Jurnal Ilmiah Ibnu Sina, 10.
Maret 2025, 30-40 p-ISSN: 2502-647X.
e-ISSN: 2503-1902 Pada Tabel 2 menampilkan mendapatkan gambaran yang lebih energi total dari ketiga senyawa flavonoid yang di optimasi.
Energi antiinflamasi dari senyawa-senyawa ini (Pamungkas & Manalu, 2.
kestabilan geometri molekul setelah Stabilitas Persiapan Ligan dan Protein Gambar pertama menunjukkan 1JNQ dengan target protein dalam simulasi penghapusan ligan dan molekul air, docking, di mana molekul dengan energi total lebih rendah cenderung molekul-molekul air berwarna merah memiliki stabilitas yang lebih tinggi yang tersebar di sekitar struktur Molekul berinteraksi dengan target protein.
mempengaruhi hasil simulasi docking Namun, penting untuk dicatat bahwa jika tidak dihapus, karena dapat nilai energi total ini bukan satu- berinteraksi dengan ligan selama yang menentukan proses docking.
Selain itu, gambar ini efektivitas senyawa sebagai inhibitor juga menunjukkan bahwa ligan masih Oleh karena itu, hasil ini berada di dalam kantong pengikatan perlu didukung dengan analisis lebih protein, yang dapat menyebabkan lanjut seperti simulasi docking dan data tidak akurat dalam analisis lebih analisis interaksi molekuler untuk Gambar 1.
Struktur Reseptor Lipoxygenase-3 .
JNQ) Sebelum Penghapusan Ligan dan Molekul Air Tria Prayoga, dkk | 35 Jurnal Ilmiah Ibnu Sina, 10.
Maret 2025, 30-40 p-ISSN: 2502-647X.
e-ISSN: 2503-1902 Gambar kedua menunjukkan 1JNQ penghapusan ligan dan molekul air.
Dalam kondisi ini, semua molekul air dan ligan telah dihilangkan dari struktur protein.
Gambar 2.
Struktur Reseptor Lipoxygenase-3 .
JNQ) Setelah Penghapusan Ligan dan Molekul Air Simulasi Docking Lipoxygenase-3 .
JNQ).
Grid Box Tabel 3 menunjukkan parameter Grid adalah area ruang yang mencakup Box yang digunakan untuk simulasi potensi situs pengikatan ligan pada protein target selama proses docking.
Tabel 3.
Koordinat Pusat dan Dimensi Grid Box untuk Lipoxygenase-3 .
JNQ) Koordinat Pusat Dimensi box .
I) Center Box dimension Genetik dinyatakan valid.
Untuk nilai energi dengan penambatan sebanyak 100 bebas sebesar -7.
34 kcal/mol.
Daerah Nilai RMSD yang diperoleh penambatan senyawa uji diatur sesuai 875 yI, yang berada di dengan tabel 3.
Nilai energi bebas bawah 2 yI, sehingga validasi metode dari ketiga senyawa bisa dilihat pada Tria Prayoga, dkk | 36 Jurnal Ilmiah Ibnu Sina, 10.
Maret 2025, 30-40 p-ISSN: 2502-647X.
e-ISSN: 2503-1902 Tabel 4.
Tabel 4.
Energi Bebas Pengikatan Senyawa Uji dengan Target Protein Senyawa Uji 4'-hydroxy-3',5,7trimethoxyflavone 4',5-dihydroxy-3',7dimethoxyflavone 5-hydroxy-3',4',7-trimethoxyflavone Energi bebas .
cal/mol.
Gambar 3.
Visualisasi 2D Interaksi Molekuler antara Senyawa Uji A) 4'-hydroxy-3',5,7trimethoxyflavone.
B) 4',5-dihydroxy-3',7-dimethoxyflavone.
dan C) 5-hydroxy-3',4',7trimethoxyflavone dengan Protein Lipoxygenase-3 .
JNQ) Gambar 4.
Visualisasi 3D Interaksi Molekuler antara Senyawa Uji A) 4'-hydroxy-3',5,7trimethoxyflavone.
B) 4',5-dihydroxy-3',7-dimethoxyflavone.
dan C) 5-hydroxy-3',4',7trimethoxyflavone dengan Protein Lipoxygenase-3 .
JNQ) Semua menunjukkan nilai energi bebas yang lebih negatif dibandingkan dengan ligan alami, mengindikasikan ikatan lebih kuat dan stabil dengan protein target dan memiliki interaksi yang lebih stabil dengan target protein (Hamzah, dkk.
, 2022.
Najih, dkk.
Tria Prayoga, dkk | 37 Jurnal Ilmiah Ibnu Sina, 10.
Maret 2025, 30-40 p-ISSN: 2502-647X.
e-ISSN: 2503-1902 Secara keseluruhan, hasil ini menyoroti potensi ketiga senyawa interaksi hidrogen yang kuat dengan tersebut sebagai agen antiinflamasi, residu Asp338, baik pada visualisasi dengan kemampuan pengikatan yang 2D maupun 3D.
Selain itu, visualisasi lebih unggul dibandingkan dengan 3D juga mengungkapkan interaksi ligan alami.
hidrofobik yang signifikan di sekitar Visualisasi dan Analisis Interaksi kantong pengikatan protein, yang Molekuler Berdasarkan hasil visualisasi senyawa ini.
4'-hydroxy-3',5,7- KESIMPULAN interaksi hidrogen yang signifikan Hasil dengan residu Asp338.
Visualisasi 2D antiinflamasi dari senyawa Piper porphyrophyllum secara in silico.
menunjukkan ikatan hidrogen antara Senyawa senyawa uji dan residu Asp338.
Interaksi ini penting dalam stabilisasi 3',7-dimethoxyflavone, kompleks ligand-protein.
hydroxy-3',4',7-trimethoxyflavone Untuk senyawa 4',5-dihydroxy- 4'-hydroxy-3',5,7- 4',5-dihydroxy- 3',7-dimethoxyflavone, visualisasi 3D yang kuat dengan Lipoxygenase-3 .
JNQ) dan energi pengikatan yang hidrogen dengan residu Asp766 dan beberapa interaksi pi-alkyl dengan alami, menunjukkan potensi sebagai residu seperti His518 dan Leu565.
inhibitor efektif.
Visualisasi 2D menunjukkan lokasi spesifik dari interaksi ini, termasuk UCAPAN TERIMA KASIH interaksi Van der Waals dengan Penulis mengucapkan terima residu Ile572 dan Gln716.
Interaksi kasih yang sebesar-besarnya kepada kompleks ini menunjukkan potensi Prof.
Dr.
Siswandono.
Apt.
pengikatan yang kuat dari senyawa Dr.
Esti Mumpuni.
Si.
, dosen Program Doktor Farmasi Universitas Senyawa 5-hydroxy-3',4',7- Tria Prayoga, dkk | 38 Jurnal Ilmiah Ibnu Sina, 10.
Maret 2025, 30-40 p-ISSN: 2502-647X.
e-ISSN: 2503-1902
Pancasila, yang telah memberikan berterima kasih atas semua dorongan, bimbingan dan ilmu berharga dalam arahan, dan dukungan yang diberikan Penulis DAFTAR PUSTAKA