The Journal Of Muhammadiyah Medical Laboratory Technologist No.
2Vol.
8November2025
P-ISSN: 2597-3681
E-ISSN: 2614-2805
Perbandingan Konsentrasi RNA SARS CoV-2 dari Hasil Ekstraksi Menggunakan Metode Spin Column Manual dan Magnetic Beads Otomatis Puji Lestari .
Nisa Kamilia Elsandra2.
Eva Ayu Maharani1.
Dewi Astuti1.
Burhannudin1 .
Politeknik Kesehatan Kemenkes Jakarta i .
PT Genomik Solidaritas Indonesia (GSI La.
Email corresponding author: pujibiotech@gmail.
ABSTRACT
Recently.
Covid-19 cases have declined, however the demand for Covid-19 testing still remained in small numbers.
Many SARS CoV-2 RNA extraction methods have been developed, ranging from manual to automation.
Automated methods are faster and more efficient due to its high capacity in sample and time, but the operational cost of the equipment is quite expensive.
The small number of screening requests makes the automation method inefficient in terms of cost, so it is necessary to pursue alternative efforts using the manual method.
Differences in extraction methods can affect RNA concentration, so choosing the right RNA extraction method is important in order to obtain an accurate diagnosis.
This study aims to compare the SARS CoV-2 RNA concentration from extraction results using manual spin column and automatic magnetic beads methods.
This type of research is an unpaired numerical analytical conducted at GSI Lab from April to Juny 2024.
This study used 30 positive samples of Covid-19 which were extracted by manual spin column method and automatic magnetic beads.
The results of this study were tested with Mann Whitney.
The RNA concentrations in the manual spin column and automatic magnetic beads extraction methods were 3.
68 - 36.
ng/AAL and 7.
28 - 113.
ng/AAL, respectively.
The Mann Whitney test result was 0.
value <0.
, which means there is a significant difference between the results of RNA extraction with the manual spin column extraction method and the automatic magnetic beads extraction method.
However, it is recommended that the result be confirmed by real-time PCR.
Keywords : magnetic beads, automatic, spin column, manual.
SARS-CoV-2 RNA
ABSTRAK
Kasus Covid-19 telah menurun, namun tetap ada permintaan pemeriksaan Covid-19 dalam jumlah Metode ekstraksi RNA SARS CoV-2 telah banyak dikembangkan, mulai dari yang bersifat manual hingga otomatisasi.
Metode otomatisasi lebih cepat dan efisien karena dapat melakukan ekstraksi banyak sampel per sekali pemeriksaan, namun biaya operasional alat cukup mahal.
Jumlah permintaan pemeriksaan yang tidak banyak menyebabkan metode otomatisasi ini tidak efisien dalam hal biaya, sehingga perlu ditempuh usaha alternatif menggunakan metode manual.
Perbedaan metode ekstraksi dapat memengaruhi konsentrasi RNA, sehingga pemilihan metode ekstraksi RNA yang Nama keluarga, nama awal.
Tahun.
Judul Artikel.
Surabaya : The Journal of Muhamadiyah Medical Laboratory Technologist.
Vol: 6.
No.
The Journal Of Muhammadiyah Medical Laboratory Technologist No.
2Vol.
8November2025
P-ISSN: 2597-3681
E-ISSN: 2614-2805
tepat menjadi penting supaya didapatkan diagnosis yang akurat.
Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan konsentrasi RNA SARS CoV-2 dari hasil ekstraksi menggunakan metode spin column manual dan magnetic beads otomatis.
Jenis penelitian ini adalah analitis numerik tidak berpasangan yang dilaksanakan di GSI Lab pada bulan April sampai Juni 2024.
Penelitian ini menggunakan 30 sampel positif Covid-19 yang dilakukan ekstraksi dengan metode spin column manual dan magnetic beads otomatis.
Hasil penelitian ini diuji dengan Mann Whitney.
Konsentrasi RNA pada metode ekstraksi spin column manual dan magnetic beads otomatis berturut-turut adalah 3,9 .
,68 Ae 36,.
ng/AAL dan 7,96 .
,28 Ae 113,.
ng/AAL.
Hasil uji Mann Whitney adalah 0,00 .
ilai p< 0,.
, yang berarti terdapat perbedaan yang bermakna antara hasil ekstraksi RNA dengan metode spin column manual dan magnetic beads otomatis.
Keterbatasan penelitian ini adalah tidak mengkonfirmasi hasilnya dengan real time PCR.
Kata kunci : Magnetic Beads.
Otomatis.
Spin Column.
Manual.
RNA SARS CoV-2
PENDAHULUAN
Pandemi Covid-19 yang terjadi pada serta antigen SARS CoV-2 (Pusparini, 2.
rentang tahun 2020 hingga 2022 telah menelan molekuler, real time PCR.
Namun selanjutnya berkembang tes berbasis banyak korban jiwa.
Bahkan ada pendapat Pemeriksaan menggunakan metode real yang menyatakan bahwa jumlah kematian time PCR menjadi standar baku emas dalam akibat Covid-19 yang dilaporkan di Indonesia penegakan diagnosis Covid-19 (Artika et al.
lebih sedikit dari kondisi yang sebenarnya Tingginya jumlah kasus Covid-19 (Collaborators, 2.
Penanganan Covid-19 menyebabkan banyaknya jumlah permintaan salah satunya dilakukan dengan pelacakan pemeriksaan menggunakan real time PCR.
ontact tracin.
dan pemeriksaan Namun, secara masif.
membutuhkan waktu yang cukup lama.
Pelacakan kontak dilakukan untuk mengendalikan penyebaran penyakit menular menggunakan alat ekstraksi RNA otomatis.
, 2.
Ekstraksi RNA otomatis mampu memproses sedangkan pemeriksaan digunakan untuk sampel dalam jumlah banyak dalam waktu penegakan diagnosis.
Awalnya penegakan yang relatif singkat (Klein et al.
, 2.
, namun biayanya cukup mahal jika dibandingkan serologis dengan target antibodi IgM dan IgG, dengan metode manual, sehingga tidak cocok (Hossain et Nama keluarga, nama awal.
Tahun.
Judul Artikel.
Surabaya : The Journal of Muhamadiyah Medical Laboratory Technologist.
Vol: 6.
No.
The Journal Of Muhammadiyah Medical Laboratory Technologist No.
2Vol.
8November2025
P-ISSN: 2597-3681
E-ISSN: 2614-2805
untuk laboratorium dengan jumlah sampel sedikit (Dhibika et al.
, 2.
Seiring dengan penurunan jumlah kasus baru Covid-19, tanggal 5 Mei 2023 WHO Public Health Emergency of International Concern (PHEIC) (Torner, 2.
Hal ini berdampak pada penurunan permintaan pemeriksaan Covid-19, sehingga penggunaan alat ekstraksi RNA Metode ekstraksi RNA manual dapat menjadi alternatif pilihan.
Meskipun, metode manual melelahkan, memerlukan lebih banyak waktu, berisiko terjadi kontaminasi silang, serta kemungkinan terjadi kesalahan teknis (Dave & Roat, 2.
, namun biaya yang diperlukan relatif lebih rendah atau lebih Terutama jika jumlah sampel sedikit atau pemeriksaan skala kecil (Dhibika et al.
Sampel yang digunakan berjumlah 30 VTM inactivated tersimpan yang sebelumnya Covid-19 berdasarkan hasil pemeriksaan real time PCR.
Seluruh RNA-nya Metode magnetic beads menggunakan alat ekstraksi asam nukleat otomatis merek Vazyme (Lot no.
VNP-32P,
Nanjing.
Chin.
ekstraksi VAMNE Virus DNA/RNA Extraction Vazyme Kit 3.
0 (Lot No.
RM501.
Nanjing.
Chin.
, sedangkan metode spin column Quick-RNATM Miniprep Plus Kit (Zymo Research.
Lot No.
R1057T.
Irvine.
Californi.
Konsentrasi RNA ditentukan berdasarkan hasil pengukuran pada alat Implen Nano Photometer dengan satuan Perbedaan observasional analitik dengan desain potong otomatis menjadi tidak efektif.
METODE PENELITIAN / METHODS
Penelitian ini merupakan penelitian berpengaruh terhadap konsentrasi RNA yang dihasilkan (Ambrosi et al.
, 2021.
Jeffries et , 2.
Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan konsentrasi RNA SARS CoV-2 yang dihasilkan dari metode magnetic beads otomatis dengan spin column manual.
Perbedaan konsentrasi RNA mungkin dapat ng/AAl.
Analisis numerik tidak berpasangan konsentrasi RNA dari kedua metode dengan SPSS 17 dengan uji Mann Whitney.
Penelitian ini telah mendapatkan ijin etik nomor KEPK/UMP/279/i/2024 dari Komisi Etik Universitas Muhammadiyah Purwokerto.
Penelitian dilaksanakan pada April-Juni 2024 memengaruhi hasil diagnosis.
Laboratorium Genomik Solidaritas Indonesia (GSI La.
Nama keluarga, nama awal.
Tahun.
Judul Artikel.
Surabaya : The Journal of Muhamadiyah Medical Laboratory Technologist.
Vol: 6.
No.
The Journal Of Muhammadiyah Medical Laboratory Technologist No.
2Vol.
8November2025
P-ISSN: 2597-3681
E-ISSN: 2614-2805
HASIL PENELITIAN
Hasil analisis univariat pada kedua data konsentrasi RNA adalah sebagai berikut.
Tabel 1.
Analisis deskriptif konsentrasi RNA dari kedua Metode Med Min Max Magnetic 30 7,96 2,28 113,59 Kons.
RNA
g/AA.
Spin
30 3,9
1,68 36,17
Tabel 1 menunjukkan bahwa konsentrasi RNA dari metode spin column manual lebih rendah Rentang nilai konsentrasi RNA juga Tabel 2.
Hasil uji normalitas data konsentrasi RNA dari kedua metode Variabel Nilai P Konsentrasi RNA dari 0,000 metode ekstraksi magnetic beads Konsentrasi RNA dari 0,000 metode ekstraksi spin column manual Tabel 2 menunjukkan bahwa distribusi data tidak normal, sehingga dilakukan uji beda rata-rata non parametrik Mann Whitney.
Tabel 3.
Hasil uji Mann Whitney
Variabel
Median Nilai P
Konsentrasi RNA
7,96
dari metode .
,28-113,.
ekstraksi magnetic beads otomatis 0,000 Konsentrasi RNA dari metode .
,68-36,.
ekstraksi spin column manual cukup jauh, yaitu 2,28-113,59 ng/AAl pada Tabel magnetic beads otomatis dan 1,68-36,17 ng/AAl perbedaan yang signifikan pada konsentrasi pada spin column manual.
RNA
Hasil uji normalitas data numerik magnetic beads otomatis dan spin column dengan Shapiro Wilk disajikan pada Tabel 2.
PEMBAHASAN
SARS CoV-2 yang diekstraksi menggunakan metode spin column manual lebih rendah jika dibandingkan dengan metode magnetic beads konsentrasi RNA (Ambrosi et al.
, 2021.
Hasil ini sesuai dengan penelitian Jeffries Dhibika
Perbedaan Tabel
RNA
menyimpulkan bahwa yield RNA dari metode Nama keluarga, nama awal.
Tahun.
Judul Artikel.
Surabaya : The Journal of Muhamadiyah Medical Laboratory Technologist.
Vol: 6.
No.
The Journal Of Muhammadiyah Medical Laboratory Technologist No.
2Vol.
8November2025
P-ISSN: 2597-3681
E-ISSN: 2614-2805
magnetic beads otomatis lebih tinggi otomatis TaqPathTM COVID-19 Combo Kit (Thermo Fisher Scientifi.
dan kit manual column manual (Dhibika et al.
, 2.
menggunakan QIAamp Viral RNA Mini Kit Konsentrasi RNA yang diekstraksi (Qiage.
, sedangkan Sahu et al.
, .
dengan spin column manual lebih menggunakan instrumen otomatis MAG Pure Corona Virus (SARS-CoV) Nucleic Acid sumbatan .
pada membran Purification Kit (APS LABS) dan kit manual silika yang terdapat pada column MAGSPIN-73 PLUS (APS LABS).
Penelitian sehingga RNA yang terekstraksi tidak Joseph et al.
, .
mengevaluasi kit ekstraksi maksimal (Samant et al.
, 2.
otomatis dan manual, temuan penelitian ini Analisis bivariat Mann Whitney menunjukkan bahwa memang ada perbedaan, memperoleh nilai p 0,000 .
<0,.
yang baik dalam konsentrasi maupun kemurnian, berarti terdapat perbedaan signifikan antar kit ekstraksi RNA yang tersedia secara pada hasil konsentrasi RNA dari kedua Oleh sebab itu, pemilihan metode Ekstraksi RNA dengan metode maupun kit ekstraksi harus diperhitungkan magnetic beads otomatis menghasilkan dengan baik, yaitu disesuaikan dengan proses, yield dan kemurnian yang lebih tinggi dibandingkan metode spin column .
ownstream analysi.
manual (Dave & Roat, 2.
Namun.
Sabat et al.
, .
menyebutkan bahwa hasil sebaliknya disebutkan dalam hasil kualitas RNA .
tuh, murni, dan bebas penelitian Sahu et al.
, .
, bahwa yield dan kemurnian RNA dari metode konsentrasi .
(Sabat et al.
, 2.
Oleh spin column manual lebih tinggi (Sahu sebab itu, pertimbangan dalam pemilihan et al.
, 2.
Hasil penelitian tersebut metode maupun kit ekstraksi RNA sebaiknya memberikan gambaran bahwa baik tidaknya yield maupun kemurnian dari menghasilkan RNA yang berkualitas.
Kualitas RNA akan sangat tergantung dari kit RNA ini sangat menetukan keberhasilan yang digunakan.
Penelitian Dave & Roat, .
menggunakan instrumen analysi.
(Carvalhaisa et al.
, 2.
ownstream Nama keluarga, nama awal.
Tahun.
Judul Artikel.
Surabaya : The Journal of Muhamadiyah Medical Laboratory Technologist.
Vol: 6.
No.
The Journal Of Muhammadiyah Medical Laboratory Technologist No.
2Vol.
8November2025
P-ISSN: 2597-3681
E-ISSN: 2614-2805
Penelitian Dhibika et al.
, .
otomatis dan spin column manual sama-sama membandingkan antara metode ekstraksi dapat digunakan dalam analisis lanjutan RNA SARS CoV-2 secara otomatis dan menggunakan real time PCR (Akutsu et al.
manual, hasilnya tidak ada variasi dalam Kelemahan metode spin column manual interpretasi hasil menggunakan real time PCR adalah memerlukan tenaga laboratorium yang .
idak ada perbedaan hasil diagnosi.
(Dhibika telah terlatih dalam jumlah yang lebih banyak, et al.
, 2.
Hal ini diperkuat oleh hasil waktu pengerjaan lebih lama, dan biasanya penelitian Campos et al.
, .
yang menghasilkan RNA dengan konsentrasi tidak menyatakan bahwa metode spin column konsisten untuk setiap sampel.
Di sisi lain, manual dan magnetic beads otomatis dapat metode spin column manual biayanya lebih digunakan untuk ekstraksi RNA SARS CoV-2 murah, sedangkan metode magnetic beads karena dari kedua metode ekstraksi tersebut otomatis membutuhkan biaya 3,5 kali lebih menghasilkan interpretasi real time PCR yang banyak untuk bahan habis pakai (Dhibika et sama (Campos et al.
, 2.
, 2.
Pemilihan RNA
KESIMPULAN
Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa didasarkan pada kebutuhan dan kondisi.
Beberapa reagen ekstraksi dapat memproses terdapat perbedaan konsentrasi RNA SARS sampel dengan cepat dan banyak, namun CoV-2 antara sampel yang diekstraksi dengan Ada juga yang pemrosesan lebih lama metode magnetic beads otomatis dan spin dan sedikit, namun lebih murah.
Saat kondisi down manual.
Penggantian metode magnetic pandemi, jumlah permintaan pemeriksaan beads otomatis dengan spin column manual sangat banyak, sehingga metode otomatis adalah pilihan yang tepat karena lebih efisien dalam tenaga dan waktu.
Namun, saat jumlah Saran untuk penelitian selanjutnya manual dapat menjadi alternatif solusi karena adalah melakukan konfirmasi dengan real time lebih rendah biaya operasionalnya.
permintaan pemeriksaan oleh pelanggan.
permintaan pemeriksaan sedikit, maka metode Hasil PCR pada RNA yang diekstraksi dengan kedua RNA metode tersebut, serta mengukur konsentrasi menggunakan metode magnetic beads dan menilai kemurnian RNA hasil ekstraksi.
Nama keluarga, nama awal.
Tahun.
Judul Artikel.
Surabaya : The Journal of Muhamadiyah Medical Laboratory Technologist.
Vol: 6.
No.
The Journal Of Muhammadiyah Medical Laboratory Technologist No.
2Vol.
8November2025
P-ISSN: 2597-3681
E-ISSN: 2614-2805
DAFTAR
PUSTAKA
BIBLIOGRAPHY