Original Research Paper Polimorfisme Gen Mitokondria 16S Kepiting Biola.
Gelasimus borealis (Crane, 1.
, dari Kulon Progo.
Daerah Istimewa Yogyakarta Mitochondrial 16S Gene Polymorphism of Fiddler Crab.
Gelasimus borealis (Crane, 1.
from Kulon Progo.
Special Region of Yogyakarta Laura Silka Karawina Rokhmat1.
Tuty Arisuryanti1, * Laboratorium Genetika dan Pemuliaan.
Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada.
Jl.
Teknika Selatan Sekip Utara.
Sleman 55281.
Yogyakarta.
Indonesia *Corresponding Author: tuty-arisuryanti@ugm.
Abstrak: Kepiting biola (Gelasimus borealis (Crane, 1.
) hidup pada zona intertidal berlumpur atau berpasir di muara sungai atau hutan mangrove yang banyak ditemukan di Indonesia.
Namun, penelitian mengenai kelimpahan dan keragaman genetik G.
borealis di Indonesia, terutama terkait gen mitokondria 16S, masih Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetik G.
borealis dari Kulon Progo berdasarkan gen mitokondria 16S.
Metode yang digunakan adalah metode PCR dengan primer 16Sar dan 16Sbr, melalui tahapan isolasi, amplifikasi, elektroforesis, dan sekuensing.
Analisis data dilakukan untuk memperoleh data komposisi nukleotida, jarak genetik, variasi genetik, dan jejaring haplotype serta menganalisis rekonstruksi pohon filogenetik dengan menggunakan program GeneStudio.
BLAST.
MESQUITE.
MEGA.
DnaSP.
BEAST.
NETWORK, dan GenAIEx.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa analisis intrapopulasi tidak menunjukkan keragaman genetik, sedangkan analisis interpopulasi dengan populasi Hong Kong dan Taiwan dari database GenBank menunjukkan adanya keragaman genetik berupa lima haplotype dan lima situs polimorfik dengan dua parsimony informative sites.
Nilai keragaman haplotype dan nukleotida secara berurutan adalah 0,857 A 0,108 dan 0,00368 A 0,00055.
Analisis filogenetik menunjukkan bahwa G.
borealis dari Kulon Progo membentuk clade tersendiri, terpisah dari Hong Kong dan Taiwan dengan jarak genetik 0,45% namun masih berada dalam satu spesies yang sama dan didukung tidak adanya sharing haplotype antarpopulasi tersebut berdasarkan analisis jejaring haplotype dan Principal Coordinate Analysis (PCoA).
Penelitian ini diharapkan dapat digunakan untuk menyusun pustaka gen 16S kepiting biola spesies G.
borealis dari Kulon Progo yang berguna dalam proses identifikasi sehingga dapat dimanfaatkan untuk program konservasi spesies kepiting biola tersebut.
Kata kunci: Gelasimus borealis.
gen mitokondria 16S.
keragaman genetik Abstract: The fiddler crab (Gelasimus borealis (Crane, 1.
) inhabits muddy or sandy intertidal zones in river estuaries or mangrove forests and is commonly found throughout Indonesia.
However, studies on the abundance and genetic diversity of G.
borealis in Indonesia, particularly regarding the mitochondrial 16S gene, remain This study aims to analyze the genetic diversity of G.
borealis from Kulon Progo based on the mitochondrial 16S gene.
This study used a PCR method using 16Sar and 16Sbr primers, with stages comprising DNA isolation, amplification, electrophoresis, and sequencing.
Data analysis was conducted to obtain nucleotide composition, genetic distance, genetic variation, haplotype network, and phylogenetic tree reconstruction using software programs such as GeneStudio.
BLAST.
MESQUITE.
MEGA.
DnaSP.
BEAST.
NETWORK, and GenAIEx.
The results showed no genetic variation within the Kulon Progo population .
ntrapopulation analysi.
However, interpopulation analysis using 16S sequence data of G.
borealis from Hong Kong and Taiwan available in the GenBank database revealed genetic diversity, consisting of five haplotypes and five polymorphic sites, including two parsimony-informative sites.
The haplotype and nucleotide diversity values were 0.
857 A 0.
108 and 00368 A 0.
00055, respectively.
Phylogenetic analysis indicated that the G.
borealis population from Kulon Progo formed a distinct clade, separate from the Hong Kong and Taiwan populations, with a genetic distance of 45% but all are still conspecifics.
This separation was also supported by the absence of haplotype sharing among the populations, as demonstrated by haplotype network and Principal Coordinate Analysis (PCoA).
This study is A 2025 Rokhmat dkk.
This article is open access Rokhmat, dkk.
Berkala Ilmiah Biologi, 16 .
: 148 Ae 158 DOI: 10.
22146/bib.
expected to contribute to the development of a 16S gene reference library for the fiddler crab species G.
from Kulon Progo, which will be useful for species identification and conservation programs of this crab species.
Copyright: A 2025.
Berkala Ilmiah Biologi (CC BY 4.
Keywords: Gelasimus borealis.
mitochondrial 16S gene.
genetic variation Dikumpulkan: 4 Maret 2025 Direvisi: 15 Juli 2025 Diterima: 8 Desember 2025 Dipublikasi: 31 Desember 2025 Pendahuluan Indonesia memiliki zona intertidal dengan daerah berlumpur atau berpasir, seperti muara sungai atau hutan mangrove, yang tersebar pada setiap wilayahnya.
Wilayah tersebut merupakan habitat yang cocok bagi kepiting biola (Gelasimus borealis (Crane, 1.
) (Jones and Morton, 1.
Di dalam habitat tersebut.
borealis memiliki peran vital dalam mengatur siklus nutrisi dan struktur sedimen di habitatnya (Barnwell and Thurman, 1.
memiliki ciri khas berupa dimorfisme seksual pada G.
borealis jantan dengan adanya satu capit besar .
ajor chelipe.
dan satu capit kecil .
inor chelipe.
(Crane, 1.
Namun, belum ada penelitian terkait G.
borealis di Indonesia.
Kepiting biola termasuk dalam famili Ocypodidae yang terbagi dalam 2 subfamili yaitu subfamili Ocypodinae yang terdiri dari 2 genus dan subfamili Gelasiminae yang terdiri dari 9 genus (Shih and Chan, 2.
Kepiting biola umumnya merupakan spesies kriptik dan pemisahannya menggunakan metode molekuler yaitu dengan marka gen mitokondria 16S dan COI serta gen inti 28S (Shih et al.
, 2015.
Shih and Chan, 2.
Di Indonesia, spesies kepiting biola dari genus Gelasimus yang telah diteliti antara lain yaitu G.
jocelynae yang ditemukan di Pulau Kaledupa.
Taman Nasional Wakatobi.
Sulawesi Tenggara oleh Michie et al.
berdasarkan karakter morfologinya.
Selanjutnya Nur dan Kuntjoro .
meneliti kemelimpahan G.
vomeris, dan G.
tetragon yang ditemukan di Pantai Selatan Kabupaten Bangkalan.
Madura.
Berikutnya.
Baksir et al.
meneliti keragaman genetik kepiting biola (Uca spp.
) di Pesisir Pantai Jailolo.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa keragaman genetik kepiting Uca spp.
pada keseluruhan daerah sampling tergolong tinggi yaitu sebesar 0,867 dan keragaman nukleotida sebesar 0,094.
Berdasarkan penelitian yang telah ada menunjukkan bahwa belum ada penelitian terkait keberadaan dan keragaman genetik G.
borealis di Indonesia, khususnya di Kulon Progo.
Padahal, pada daerah tersebut memiliki wilayah yang cocok sebagai habitat G.
borealis, seperti pada Muara Sungai Progo dan Muara Bogowonto.
Oleh karena itu, tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengidentifikasi dan menganalisis keragaman genetik kepiting biola spesies G.
borealis yang terdapat di Kulon Progo.
Daerah Istimewa Yogyakarta.
Analisis keragaman genetik tersebut menggunakan penanda molekuler berupa gen mitokondria 16S.
Gen mitokondria 16S bersifat konservatif .
dengan laju mutasi yang stabil sehingga dapat digunakan untuk mendeteksi keragaman genetik terutama keragaman genetik intraspesifik (Cawthorn et al.
, 2.
Dengan demikian, penelitian terkait keragaman genetik kepiting biola spesies G.
borealis di Kulon Progo.
Daerah Istimewa Yogyakarta, dapat digunakan dalam penyusunan pustaka gen mitokondria 16S yang lebih komprehensif serta menjadi landasan bagi berkelanjutan, dan penelitian lebih lanjut mengenai kepiting biola spesies G.
borealis di Indonesia.
Bahan dan Metode Koleksi dan Penyimpanan Sampel Pada penelitian ini, tiga sampel spesies G.
borealis dikoleksi dari Kulon Progo.
Daerah Istimewa Yogyakarta.
Sampel terdiri atas dua sampel (KPG1_21 dan KPG3_.
dari Muara A 2025 Rokhmat .
This article is open access Rokhmat, dkk.
Berkala Ilmiah Biologi, 16 .
: 148 Ae 158 DOI: 10.
22146/bib.
Sungai Progo dengan koordinat 7A58'44.
0AyS 110A12'15.
4AyE dan satu sampel (KBG5_.
dari Muara Bogowonto 7A53A56.
0AS 110A01A50.
0AE (Gambar .
Sampel yang diperoleh kemudian dipreservasi dengan etanol 99%, kemudian sampel-sampel G.
borealis tersebut dibawa ke Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada, dan disimpan pada suhu 4EE untuk proses penelitian lebih lanjut.
Gambar 1.
Peta lokasi pengambilan sampel kepiting biola di Kulon Progo Isolasi DNA.
Amplifikasi, dan Sekuensing Gen Mitokondria 16S rRNA DNA sampel G.
borealis dari Kulon Progo diekstraksi dengan menggunakan Qiagen DNEasy Blood and Tissue Kit (Qiagen.
USA).
Hasil isolasi DNA diamplifikasi dengan 16Sar .
AoCGCCTGtATCa ACAT-3A.
dan 16Sbr .
Ao-CCGGTCTGAACTCAGATCACGT-3A.
untuk sekuensing gen mitokondria 16S rRNA (Palumbi, 1.
Selanjutnya amplifikasi DNA dilakukan dengan kit MyTaq HS Red Mix PCR (Biolin.
Pada proses amplifikasi, 25 AAl dari campuran reagen disiapkan, terdiri dari 12,5 AAl campuran PCR, 1 mM MgClCC, 5,5 AAl ddHCCO, 1,5 AAM untuk setiap primer, dan 3 AAl DNA template.
Sampel tersebut kemudian dimasukan pada alat Thermal Cycler (Biorad-T100, 14 USA) untuk menjalankan siklus amplifikasi sesuai dengan pengaturan berupa satu siklus predenaturation pada suhu 95AC selama 1 menit, 35 siklus denaturation pada suhu 95AC selama 15 detik, 35 siklus annealing pada suhu 50AC selama 30 detik, 35 siklus extension pada suhu 72AC selama 30 detik, satu siklus postextention pada suhu 72AC selama 5 menit, serta hold pada suhu 4AC.
Selanjutnya, 2 AAl dari setiap sampel hasil produk PCR dielektroforesis pada gel agarose 1% yang telah ditambahkan 1 AAl FloroSafe sebagai pewarna .
DNA ladder (Biolin.
digunakan untuk marker.
Proses elektroforesis dilakukan pada tegangan 100 volt dan arus 400 mA selama 15 menit.
Slanjutnya visualisasi
DNA
(Daihan.
Kore.
dokumentasi pita-pita DNA dengan Gel-Doc.
Hasil proses amplifikasi PCR berupa amplicon dikirim ke LPPT UGM untuk dilakukan sekuensing lebih lanjut.
A 2025 Rokhmat .
This article is open access Rokhmat, dkk.
Berkala Ilmiah Biologi, 16 .
: 148 Ae 158 DOI: 10.
22146/bib.
Analisis Data Data sekuens gen 16S ketiga sampel G.
borealis yang didapatkan dari hasil sekuensing GeneStudio.
Data sekuens 16S kepiting biola spesies G.
borealis yang diperoleh kemudian dibandingkan dengan data yang ada di GenBank menggunakan Nucleotide BLAST pada NCBI untuk verifikasi spesies.
Selanjutnya sekuens gen mitokondria 16S sampel-sampel tersebut dikonversi ke fasta format dengan program MESQUITE v.
81 (Maddison and Maddison, 2.
dan dilakukan pensejajaran .
menggunakan OPAL pada program MESQUITE 81 (Maddison and Maddison, 2.
dan ClustalW pada program MEGA11 (Tamura et , 2.
Pada proses analisis filogenetik, digunakan tiga data sekuens gen 16S sampel borealis yang diteliti ditambah dengan lima data dari GenBank sebagai pembanding .
ua sampel kepiting biola G.
borealis dari Hong Kong (LC053359 dan AB535.
dan tiga sampel kepiting biola G.
borealis dari Taiwan (AB535403.
AB535402.
AB491.
Penggunaan data pembanding dari database GenBank adalah untuk menguatkan validitas identifikasi spesies dan analisis keragaman Selanjutnya tiga data dari GenBank digunakan sebagai outgroup meliputi Tubuca coarctata .
ccession number LC150.
Tubuca .
ccession LC150.
dan Gelasimus jocelynae .
ccession AB535.
Pohon direkonstruksi menggunakan metode Neighbor Joining (NJ) dan Maximum Likelihood (ML) menggunakan model substitusi Kimura-2 Parameter (K2P) dengan bootstrap 1000 menggunakan program MEGA11 (Tamura et al.
Analisis filogenetik lainnya menggunakan metode Bayesian Inference dengan program BEAST (Suchard et al.
, 2.
Model substitusi optimal ditentukan dengan Akaike Information Criterion (AIC) pada program jModelTest 2.
(Darriba et al.
, 2.
Model terbaik yang diperoleh pada penelitian ini yaitu GTR I.
(General time Reversible with Invariant Site.
Selanjutnya untuk analisis MCMC (Markov Chain Monte Carl.
, dibutuhkan 10 juta generasi dan sampling dilakukan setiap 1000 generasi untuk memperkirakan distribusi probabilitas Sampel yang diperoleh dari 25% pertama dari pohon sampel diabaikan sebagai burn-in dan pohon konsensus mayoritas menggunakan sampel yang tersisa.
Selanjutnya, menggunakan FigTree 1.
4 (Rambaut, 2.
Berikutnya, dalam analisis variasi genetik intrapopulasi dan interpopulasi, digunakan berbagai program terkait.
Komposisi nukleotida dan jarak genetik dianalisis dengan MEGA11.
Analisis jarak genetik menggunakan metode Kimura 2-Parameter dengan dukungan bootstrap 1000 kali.
Hasil visualisasi jarak genetik dilakukan menggunakan analisis Principal Coordinate Analysis (PCoA) dengan program GenAIEx 6 (Peakall and Smouse.
Keragaman genetik seperti jumlah haplotype .
, haplotype diversity (H.
, nucleotide diversity (A), jumlah polymorphic sites yang terdiri dari parsimony informative sites dan singleton sites dianalisis menggunakan program DnaSP versi 6 (Rozas et al.
, 2.
Selanjutnya pembuatan jejaring haplotype dilakukan menggunakan NETWORK versi 10 .
ttps://w.
com/sharenet.
untuk memperoleh gambaran ada atau tidak ada sharing haplotype antar populasi yang A 2025 Rokhmat .
This article is open access Rokhmat, dkk.
Berkala Ilmiah Biologi, 16 .
: 148 Ae 158 DOI: 10.
22146/bib.
Hasil dan Pembahasan Hasil Hasil Amplifikasi dan Similaritas Hasil amplikasi diperoleh panjang fragmen amplikon 500-600 bp dan setelah dilakukan analisis dengan program GeneStudio dan pensejajaran .
antar sampel menggunakan program Mesquite diperoleh panjang fragmen 495 bp.
Selanjutnya analisis Nucleotide BLAST dari NCBI menunjukkan bahwa ketiga sampel (KPG1_21.
KPG3_25, dan KBG5_.
yang diteliti terverifikasi sebagai spesies Gelasimus borealis dengan accession number NC_038177 dengan nilai persentase identity tertinggi yaitu 99,61%.
Gambar 2.
Hasil amplifikasi gen mitokondria 16S kepiting biola (G.
dari Kulon Progo (Muara Sungai Progo dan Muara Bogowont.
dengan menggunakan marker DNA ladder (Bioline-2k.
M adalah Analisis Filogenetik Rekonstruksi pohon filogenetik berdasarkan topologi Neighbor Joining (NJ).
Maximum Likelihood (ML), dan Bayesian Inference (BI) dari ketiga sampel penelitian, 5 sampel kepiting biola G.
borealis dari GenBank, dan 3 sampel outgroup menunjukkan ada 2 clade.
Sampelsampel kepiting biola (G.
yang diteliti pada penelitian ini berada pada clade yang sama yaitu pada clade B, sedangkan sampelsampel kepiting biola (G.
dari Hong Kong (LC053359 dan AB535.
dan Taiwan (AB535403.
AB535402, dan AB491.
terpisah pada clade lainnya yaitu clade A (Gambar .
Berdasarkan analisis yang dilakukan, jarak genetik antara clade A dan clade B adalah 0,45%.
A 2025 Rokhmat .
This article is open access Rokhmat, dkk.
Berkala Ilmiah Biologi, 16 .
: 148 Ae 158 DOI: 10.
22146/bib.
Gambar 3.
Rekonstruksi pohon filogenetik berdasarkan topologi NJ.
ML.
BI kepiting biola G.
berdasarkan sekuen gen mitokondria 16S.
Angka bootstrap secara berurutan dari paling kiri adalah NJ.
ML, dan BI Analisis Intrapopulasi Hasil analisis intrapopulasi pada sampel KBG5_5.
KPG1_21, dan KPG3_25 yang berasal dari Kulon Progo dengan panjang fragmen 516 bp menunjukkan nilai Haplotype Diversity (H.
dan Nucleotide Diversity (A) adalah 0.
Selain itu, ada kesamaan komposisi persentase basa nukleotida setiap sampel yaitu T(U)=35,08%.
C=11,24%.
A=34,88%.
G=18,80%.
A T=69,96%, dan G C=30,04%.
Jarak genetik antar sampel juga 0,00%.
Hal ini menunjukkan tidak ada variasi genetik intrapopulasi.
Analisis Interpopulasi Komposisi Nukleotida Hasil analisis komposisi nukleotida sekuens gen mitokondria 16S antara sampel G.
borealis dari Kulon Progo dengan sampel G.
borealis dari GenBank dengan panjang fragmen 495 bp dapat dilihat pada Tabel 1.
A 2025 Rokhmat .
This article is open access Rokhmat, dkk.
Berkala Ilmiah Biologi, 16 .
: 148 Ae 158 DOI: 10.
22146/bib.
Tabel 1.
Persentase (%) komposisi nukleotida sekuen gen mitokondria 16S G.
borealis yang didapatkan dari Kulon Progo .
enelitian in.
dan dari GenBank dengan panjang fragmen 495 bp
Sampel
T(U)
A T
G C
KBG5_5*
35,15
10,71
34,95
19,19
70,10
29,90
KPG1_21*
35,15
10,71
34,95
19,19
70,10
29,90
KPG3_25*
35,15
10,71
34,95
19,19
70,10
29,90
LC053359**
34,95
10,91
34,75
19,39
69,70
30,30
AB535403***
34,95
10,91
34,75
19,39
69,70
30,30
AB535402***
34,95
10,91
34,55
19,60
69,49
30,51
AB491162***
35,35
10,51
34,75
19,39
70,10
29,90
AB535404**
34,95
10,71
34,95
19,39
69,90
30,10
Keterangan :
Dari Kulon Progo .
enelitian in.
Dari Hong Kong (GenBan.
*** Dari Taiwan (GenBan.
Jarak Genetik Hasil analisis jarak genetik interpopulasi kepiting biola G.
borealis yang didapatkan dari Kulon Progo.
Hong Kong, dan Taiwan didapatkan hasil bahwa jarak genetik antar sampel berkisar antara 0,00% sampai 0,61% (Tabel .
Tabel 2.
Persentase (%) jarak genetik sekuen gen mitokondria 16S G.
borealis yang didapatkan dari Kulon Progo .
enelitian in.
dan dari GenBank dengan panjang fragmen 495 bp
KBG5_5*
KPG1_21*
KPG3_25*
LC053359**
AB535403***
AB535402***
AB491162***
AB535404**
0,00
0,00
0,41
0,41
0,61
0,41
0,41
0,00
0,41
0,41
0,61
0,41
0,41
0,41
0,41
0,61
0,41
0,41
0,00
0,20
0,41
0,41
0,20
0,41
0,41
0,61
0,61
0,41
Keterangan :
Dari Kulon Progo .
enelitian in.
Dari Hong Kong (GenBan.
*** Dari Taiwan (GenBan.
A 2025 Rokhmat .
This article is open access Rokhmat, dkk.
Berkala Ilmiah Biologi, 16 .
: 148 Ae 158 DOI: 10.
22146/bib.
Keragaman Genetik Interpopulasi Berdasarkan analisis keragaman genetik interpopulasi kepiting biola G.
borealis yang didapatkan dari Kulon Progo.
Hong Kong, dan Taiwan didapatkan hasil bahwa nilai Haplotype Diversity (H.
sebesar 0,857 A 0,108 dan nilai Nucleotide Diversity (A) yaitu 0,00368 A 0,00055.
Selanjutnya terdapat 5 haplotype serta 5 polymorphic sites dengan 2 parsimony sites .
ekuens 129 dan .
dan 3 singleton sites .
ekuens 271, 318, .
yang dapat dilihat pada Tabel 3.
Lima polymorphic sites tersebut terjadi transisi pada sekuens 129, 234, 271, dan 365, serta transversi pada sekuens 318.
Tabel 3.
Situs polimorfisme interpopulasi G.
borealis yang didapatkan dari Kulon Progo .
enelitian in.
dan dari GenBank dengan panjang fragmen 495 bp.
Kode Sampel Haplotipe KBG5_5* KPG1_21* KPG3_25* LC053359** AB535403*** AB535402*** AB491162*** AB535404** Polymorphic Sites Keterangan :
Dari Kulon Progo .
enelitian in.
Dari Hong Kong (GenBan.
*** Dari Taiwan (GenBan.
Haplotype Network dan Principal Coordinates Analysis (PCoA) Jejaring haplotype dan PCoA (Gambar 4 & .
menunjukkan bahwa terdapat 5 haplotype yang menunjukkan terbentuknya kelompokkelompok nukleotida dan jarak genetik pada setiap anggota kelompok haplotype.
A 2025 Rokhmat .
This article is open access Rokhmat, dkk.
Berkala Ilmiah Biologi, 16 .
: 148 Ae 158 DOI: 10.
22146/bib.
Gambar 4.
Haplotype network G.
borealis berdasarkan gen mitokondria 16S Gambar 5.
PCoA G.
borealis berdasarkan gen mitokondria 16S .
arna merah : berasal dari Kulon Progo, warna biru : berasal dari Hong Kong, warna kuning : berasal dari Taiwa.
Pembahasan Dari hasil ini menunjukkan adanya 2 clade yang berbeda .
lade A dan B) antara sampelsampel G.
borealis yang diteliti pada penelitian ini dengan sampel G.
borealis dari Hong Kong dan Taiwan dari data GenBank.
Jarak genetik antara clade A dan clade B sebesar 0,45%.
Ambang batas untuk menentukan spesies yang berbeda yaitu Ou 3,5% (Zemlak et al.
, 2.
Hal tersebut menunjukkan bahwa anggota clade A dan clade B adalah conspecific atau merupakan spesies yang sama.
Hasil analisis keragaman genetik intrapopulasi pada sampel G.
borealis dari Kulon Progo menunjukkan bahwa tidak adanya variasi genetik di dalamnya.
Hal tersebut diakibatkan karena ukuran populasi yang kecil sehingga mengurangi keragaman alel dalam populasi, isolasi geografis, dan rendahnya tingkat migrasi sehingga aliran gen antar populasi menjadi terbatas (Hartl and Clark, 2.
Faktor-faktor tersebut secara keseluruhan mengakibatkan berkurangnya peluang terjadinya perkawinan silang dan percampuran gen sehingga terjadi homogenisasi genetik pada suatu populasi.
Gen mitokondria 16S bersifat stabil .
, yang berarti gen ini cenderung serupa atau identik di antara berbagai individu dalam satu spesies.
Namun, ketika terdapat variasi nukleotida antara sampel-sampel dalam suatu populasi, maka hal ini menunjukkan adanya indikasi variasi genetik di dalam kelompok tersebut (Yang et al.
, 2.
Komposisi nukleotida dan jarak genetik interpopulasi antara sampel G.
borealis yang diteliti pada penelitian ini dari Kulon Progo dengan sampel G.
borealis dari Hong Kong dan Taiwan dari data GenBank menunjukkan adanya variasi genetik.
Hal tersebut didukung dengan nilai Haplotype Diversity (H.
yaitu 0,857 A 0,108 dan nilai Nucleotide Diversity (A) yaitu 0,00368 A 0,00055.
Penggolongan nilai Hd mencakup nilai keragaman haplotype tinggi .
,5 < Hd O.
dan nilai keragaman haplotype rendah .
O Hd < 0,.
, serta penggolongan nilai A mencakup nilai keragaman nukleotida tinggi (Ou 1% atau Ou 0.
dan nilai keragaman nukleotida rendah (< 0,5% atau < 0.
(Grant and Bowen.
Hasil tersebut menunjukkan bahwa nilai Hd tergolong tinggi, sedangkan nilai A tergolong Nilai Hd tinggi dan nilai A rendah menggambarkan bahwa populasi mengalami bottleneck diikuti oleh ekspansi cepat (Grant and Bowen, 1.
Terjadinya bottleneck populasi, yaitu populasi mengalami penurunan drastis sehingga hanya beberapa individu yang bertahan, menyebabkan pengurangan variasi genetik.
Namun, setelah bottleneck, populasi berkembang pesat dan mutasi baru mulai terakumulasi A 2025 Rokhmat .
This article is open access Rokhmat, dkk.
Berkala Ilmiah Biologi, 16 .
: 148 Ae 158 DOI: 10.
22146/bib.
sehingga mutasi ini dapat muncul sebagai haplotype baru.
Oleh karena itu, populasi memiliki banyak variasi haplotype yang menunjukkan hubungan genetik antar sampel dari populasi berbeda, yaitu Kulon Progo (H.
Taiwan (H2.
H3.
Hong Kong (H2.
Dominasi H1 di Kulon Progo menunjukkan populasi yang homogen secara genetik, sedangkan haplotype lainnya dari Taiwan dan Hong Kong mencerminkan sejarah genetik yang lebih dinamis pada populasi tersebut.
Secara keseluruhan, jejaring haplotype yang terbentuk menggambarkan gene flow yang rendah.
Selain itu jarak genetik yang rendah antara haplotype menunjukkan rendahnya variasi genetik yang mungkin diakibatkan karena rendahnya migrasi genetik antara populasi Kulon Progo.
Taiwan, dan Hong Kong.
Hubungan variasi genetik antarindividu atau populasi berdasarkan jarak genetik juga direpresentasikan oleh PCoA.
memiliki perbedaan yang lebih jauh dengan H3 dibandingkan dengan H2.
H4, dan H5.
memiliki perbedaan yang lebih jauh dengan H3 dibandingkan dengan H1.
H2, dan H5.
memiliki perbedaan yang lebih jauh dengan H3 dibandingkan dengan H1.
H2, dan H4.
serta H3 paling dekat dengan H2 sehingga menunjukkan bahwa H3 memiliki perbedaan yang lebih jauh dengan H1.
H4, dan H5.
Kesimpulan Hasil analisis dari gen mitokondria 16S menunjukkan bahwa tidak ada variasi genetik intrapopulasi pada kepiting biola (G.
dari Kulon Progo.
Seluruh sampel yang dianalisis termasuk dalam satu haplotype spesifik yang dapat dijadikan penanda molekuler untuk kepiting biola di Kulon Progo.
Ucapan terima kasih Penulis mengucapkan terima kasih kepada Kepala Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Fakultas Biologi UGM yang telah membantu menyediakan fasilitas bagi terlaksananya penelitian ini.
Referensi