Samakia: Jurnal Ilmu Perikanan Volume 12.
No.
April 2021
ISSN:2086-3861
E-ISSN: 2503-2283
DNA Barcoding Ikan Kepala Timah Dan Betok Berdasarkan Gen COI sebagai Ikan Pioneer di Kolong Pascatambang Timah.
Pulau Bangka DNA Barcoding Based on Gene COI of Kepala Timah and Betok as Pioneer Fishes in Ex-Tin Mining Pit.
Bangka Island Diah Mustikasari.
Rina Dwi Agustiani.
Jurusan Biologi.
Universitas Wanita Internasional.
Bandung.
*Penulis korespondensi : email : diah.
mustikasari83@gmail.
(Diterima Desember 2020/Disetujui Apri 2.
ABSTRAK Aktivitas pertambangan timah di Provinsi Kepulauan Bangka Belitung menyebabkan terbentuknya kolong yang memiliki kualitas perairan yang tidak ideal bagi organisme perairan pada umumnya.
Nilai pH yang asam dan cemaran logam yang tinggi pada umur kolong tertentu menyebabkan hanya sedikit spesies yang mampu hidup dengan baik di ekosistem tersebut.
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui identitas ikan pioneer di kolong pascatambang timah yang berumur < 1 tahun di Pulau Bangka melalui barcoding gen COI.
Ikan yang ditemukan di kolong tersebut adalah Ikan Kepala Timah dan Ikan Betok.
Determinasi spesies didasarkan pada kesamaan sekuens di NCBI dan BOLD System menunjukkan bahwa Ikan Kepala Timah memiliki similaritas dengan Aplocheilus panchax dan morfologinya juga menggambarkan Ikan Kepala Timah adalah Aplocheilus panchax.
Similaritas sekuens Ikan Betok di NCBI dan BOLD System menunjukkan bahwa Ikan Betok memiliki kemiripan dengan Anabas testudineusi dan morfologinya juga menggambarkan Ikan Betok adalah Anabas testudineusi.
The Kimua 2 Parameters (K-2P) Neighbour-Joining (NJ) mengkonfirmasi dengan jelas bahwa Ikan Kepala Timah yang ditemukan di kolong pascatambang timah berumur < 1 tahun adalah Aplocheilus panchax, sedangkan Ikan Betok justru berada di luar clade.
Hal ini menandakan bahwa Ikan Betok yang ditemukan di kolong pascatambang timah berumur < 1 tahun dapat diduga sebagai morfotipe Anabas testudineusi yang perlu dikonfirmasi lebih lanjut pada penelitian lainnya, baik secara molekuler maupun morfologi.
Data sekuens dari gen COI Ikan Betok yang ditemukan di kolong pascatambang timah berumur < 1 tahun diharapkan dapat mendukung ketersediaan data sekuens Anabas testudineusi di NCBI dan BOLD System.
Kata kunci: DNA barcoding.
kolong timah.
Ikan Kepala Timah.
Ikan Betok.
Pulau Bangka.
ABSTRACT
Tin mining activities in the Bangka Belitung Archipelago Province have led to the formation of pits that have not ideal water quality for aquatic organisms in general.
Acidic pH and high metal contamination at certain age under certain causes only a few species are able to live well in these This study aimed to determine the identity of the pioneer fishes in ex-tin mining pit <1 year of Bangka Island through DNA barcoding based on COI gene.
The pioneer fish in ex-tin mining pit <1 year were Kepala Timah fish dan Betok fish.
Species determination was based on sequences similarity in NCBI and BOLD System showed that Ikan Kepala Timah had similarity with Aplocheilus panchax and its morphology indicated Ikan Kepala Timah was Aplocheilus panchax.
The sequences similarity of Betok fish in NCBI and BOLD System showed that Betok fish had similarity with Anabas testudineusi and its morphology showed that Betok fish was Anabas The Kimua 2 Parameters (K-2P) Neighbour-Joining (NJ) clearly confirmed that Kepala Timah fish found in ex-tin mining pit <1 year was Aplocheilus panchax, whereas Betok fish was To Cite this Paper: Mustikasari.
Agustiani.
, 2021.
DNA Barcoding Ikan Kepala Timah Dan Betok Berdasarkan Gen COI sebagai Ikan Pioneer di Kolong Pascatambang Timah.
Pulau Bangka.
Samakia: Jurnal Ilmu Perikanan, 12 .
: 86-95.
Journal Homepage: https://journal.
id/index.
php/JSAPI located outside clade of the group.
It indicated that Betok fish was found in ex-tin mining pit <1 year can be expected as a morphotype of Anabas testudineusi that needed further confirmation in other studies, both molecularly and morphologically.
The sequence data of COI gene of Betok fish found in ex-tin mining pit <1 year was expected can supported available sequence data of Anabas testudineusi in NCBI and BOLD System.
Keywords: DNA barcoding.
ex-tin mining pit.
Kepala Timah fish.
Betok fish.
Bangka Island.
PENDAHULUAN
Aktivitas pertambangan timah di Provinsi Kepulauan Bangka Belitung telah dilakukan sejak tahun 1668 (Irawan et al.
, 2.
Konsekuensi ekologis yang ditimbulkan adalah terbentuknya suatu perairan tertutup berupa danau buatan yang dikenal dalam bahasa lokalnya sebagai kolong (Kurniawan, 2.
Perairan kolong pascatambang timah memiliki potensi sebagai ekosistem bagi organisme perairan, meskipun kondisi perairan di awal pembentukannya dapat dikategorikan Karakteristik perairan di daerah tambang adalah acid mine drainage yang memiliki pH asam tinggi sebagai hasil proses oksidasi mineral sulfida (Celebi dan Oncel, 2.
Mineral-mineral tersebut mengalami oksidasi sehingga menghasilkan ion H (Gonzalez-Toril et al.
, 2006.
Mejia et al.
, 2009.
Heidel dan Tichomirowa, 2011.
Dopson dan Johnson, 2.
Keberadaan ion H yang banyak di perairan berdampak pada pembentukan kondisi pH asam di lingkungan tersebut (Gaikwad dan Gupta, 2008.
Hatar et al.
, 2.
Kondisi perairan kolong pascatambang timah juga teridentifikasi mengandung sejumlah mineral berupa logam berat seperti Sn.
Pb.
Zn.
Fe.
Cr.
Cu.
Co.
Mn.
Ni.
As.
Ga.
Hf.
Ta.
Te.
Th, dan V dapat berbahaya bagi organisme (Ashraf et al.
, 2011.
Ashraf et al.
, 2012a.
Ashraf et al.
, 2012b.
Daniel et , 2014.
Kurniawan, 2017.
Kurniawan et al.
, 2.
pada struktur kimia yang toksik (Templeton.
Kondisi ekstrem perairan pascatambang timah menyebabkan tidak banyak organisme yang mampu hidup di perairan tersebut.
Sejumlah ikan seperti kepala timah dan sepat (Kurniawan dan Kurniawan, 2012.
Kurniawan, 2.
ataupun ikan dari genus Rasbora.
Betta.
Puntius.
Channa.
Oreochromis.
Belontia.
Anabas, dan Trichopodus (Kurniawan, 2.
ditemukan mampu hidup di perairan tersebut.
Hal ini menggambarkan bahwa sejumlah ikan dapat beradaptasi di perairan ekstrem, meskipun belum ada penelitian yang menjelaskan tentang karakteristik molekuler ikanikan pioner di kolong tersebut.
Barcoding DNA ikan-ikan pioner tersebut perlu dilakukan untuk mengetahui diversitas genetik ikan.
Analisis DNA barcoding dilakukan dengan menggunakan gen COI (Cytochrome Oxidase subunit I) sebagai penanda genetik yang sering digunakan untuk mengetahui diversitas genetik hingga kekerabatan organisme (Hajibabaei et al.
, 2.
Kemampuan dan keberhasilan amplifikasi pada gen COI adalah tahapan penting untuk studi mengenai hubungan kekerabatan, evolusi, dan identifikasi spesies (Aprilia et al.
, 2.
Pemanfaatan gen COI diharapkan dapat mendukung hasil analisis morfologi ikan-ikan pioner yang diperoleh dari perairan kolong pascatambang timah.
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui identitas ikan pioneer di kolong pascatambang timah di Pulau Bangka melalui barcoding gen COI.
MATERI DAN METODE
Lokasi Penelitian dan Koleksi Sampel Pengambilan sampel ikan dilakukan di kolong pascatambang timah yang berlokasi di Desa Riding Panjang.
Kecamatan Merawang.
Kabupaten Bangka.
Provinsi Kepulauan Bangka Belitung .
oordinat S 01o 58.
140Ao-212Ao.
E 106o06.
407Ao-432A.
Kolong tersebut memiliki umur < 1 tahun dan berdekatan dengan kolong lain yang masih ditambang (Gambar .
To Cite this Paper: Mustikasari.
Agustiani.
, 2021.
DNA Barcoding Ikan Kepala Timah Dan Betok Berdasarkan Gen COI sebagai Ikan Pioneer di Kolong Pascatambang Timah.
Pulau Bangka.
Samakia: Jurnal Ilmu Perikanan, 12 .
: 86-95.
Journal Homepage: https://journal.
id/index.
php/JSAPI Gambar 1.
Peta lokasi penelitian Materi Penelitian Sampel ikan pioneer yang ditemukan di kolong tersebut diidentifikasi secara molekuler dengan penanda gen COI.
Proses identifikasi molekuler terdiri atas tiga tahapan, yaitu isolasi DNA.
Polymerase Chain Reaction (PCR), dan sequencing.
Bahan dan alat yang digunakan di dalam penelitian berkenaan dengan ketiga proses tersebut antara lain sampel jaringan ikan (< 50 m.
, kits isolasi DNA ZR Tissue & Insect DNA MiniPrep (Zymo Research.
D6.
untuk isolasi DNA yang terdiri atas larutan lysis solution, genomic lysis buffer.
DNA pre-wash buffer, g-DNA wash buffer, dan DNA elution buffer, bahan untuk amplifikasi PCR, yaitu ddH2O.
MyTaq Red Mix (Biolin.
BIO-25047, agarose 0.
8%, 1 kb DNA marker.
Primer VF2_t1 (TGTaCGACG GCCAGTCAACCAACCACaGACATTGGCAC).
Primer FR1d_t1 (CAGGaCA GCTATGACACCTCAgTGTCCGAARAAYCARAA).
Primer FishF2_t1 (TGTa ACGACGGCCAGTCGACTAATCATaGATATCGGCAC).
Primer FishR2_t1 (CAG GaCAGCTATGACACTTCAgTGACCGAAGAATCAGAA), template DNA (Ivanova et al.
Peralatan yang digunakan antara lain centrifuge, vortex, seperangkat alat elektroforesis.
UV transluminator, serta seperangkat alat PCR .
gilent surecycler 8.
Metode Penelitian Isolasi DNA Metode yang digunakan dalam proses isolasi DNA adalah genomic DNA extraction dengan ZR tissue & insect DNA miniprep kit (Zymo Research.
D6.
Amplifikasi DNA Metode yang digunakan untuk amplifikasi DNA adalah metode MyTaq HS Red Mix (Bioline.
BIO25.
dengan tiga tahapan utama.
Tahapan proses PCR yang dilakukan yaitu tahap initial denaturation pada suhu 96 oC selama 3 menit sebanyak 1 cycle.
tahap denaturation pada suhu 94 oC selama 10 detik sebanyak 35 cycles.
tahap annealing pada suhu 50oC selama 30 detik sebanyak 35 cycles.
tahap extension pada suhu 72 oC selama 45 detik sebanyak 35 cycles.
tahap hold pada suhu 4 oC.
To Cite this Paper: Mustikasari.
Agustiani.
, 2021.
DNA Barcoding Ikan Kepala Timah Dan Betok Berdasarkan Gen COI sebagai Ikan Pioneer di Kolong Pascatambang Timah.
Pulau Bangka.
Samakia: Jurnal Ilmu Perikanan, 12 .
: 86-95.
Journal Homepage: https://journal.
id/index.
php/JSAPI Sekuensing Proses analisis sequencing dilakukan by 1st BASE .
dengan metode Bidirectional sequencing untuk mengetahui urutan basa nukleotidanya.
Sequences editing dan data analisis Sequences alignment dilakukan Program Bioedit dan diedit secara manual.
Multiple sequences alignments dikerjakan menggunakan ClustalW yang diimplementasikan di Bioedit.
Status taksonomi dari sekuens dilakukan melalui pembandingan dengan sekuens yang terdapat di National Center for Biotechnology Information (NCBI) menggunakan Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) .
ttps://blast.
gov/Blast.
dan juga di BOLD System .
Pohon filogenetik dikonstruksi menggunakan Kimua 2 Parameters (K-2P) tipe pohon NeighbourJoining (NJ) menggunakan cladistic algorithm dengan bantuan Program MEGA dan pola cabang didukung oleh 1000 non-parametric bootstraps replicates.
HASIL DAN PEMBAHASAN
Visualisasi Morfologi Ikan Pioneer Ikan pioneer yang ditemukan di lokasi penelitian, yaitu kolong berumur < 1 tahun berjumlah dua spesies yang secara umum dikenal di Pulau Bangka sebagai Ikan Kepala Timah dan Ikan Betok (Gambar .
Gambar 2.
Spesies ikan pioneer yang ditemukan di kolong pascatambang timah umur < 1 tahun, yaitu .
Ikan Kepala Timah dan .
Ikan Betok Ikan Kepala Timah yang ditemukan di kolong pascatambang timah berumur < 1 tahun memiliki ciri morfologi yang khas, yaitu bintik putih keperakan di bagian kepala, sirip ekor berberntuk bulat dan tidak bercagak, dan bentuk kepala picak .
dari arah punggung ke mulut, sedangkan tubuh berbentuk pipih .
Ikan Betok yang ditemukan di kolong pascatambang timah berumur < 1 tahun memiliki ciri morfologi bertubuh pipih, terdapat titik hitam di pangkal ekor dan di depan sirip pectoral .
irip dad.
atau di bagian belakang overkulumnya, dan ekor berujung datar yang tidak bercagak.
Karakteristik ini mirip dengan spesies Aplocheilus panchax yang memiliki nama umum Ikan Kepala Timah (Trijoko et al.
, 2016.
Katwate et al.
, 2.
(Gambar .
Aplocheilus panchax merupakan spesies dari Genus Aplocheilus.
Familia Aplocheilidae.
Subordo Aplocheiloidei.
Ordo Cyprinodontiformes, dan Kelas Actinopterygii (Parenti and Hartel, 2011.
Zhang, 2011.
Sedlacek et , 2014.
Furness et al.
, 2.
To Cite this Paper: Mustikasari.
Agustiani.
, 2021.
DNA Barcoding Ikan Kepala Timah Dan Betok Berdasarkan Gen COI sebagai Ikan Pioneer di Kolong Pascatambang Timah.
Pulau Bangka.
Samakia: Jurnal Ilmu Perikanan, 12 .
: 86-95.
Journal Homepage: https://journal.
id/index.
php/JSAPI Gambar 3.
Aplocheilus panchax (Trijoko et al.
, 2016.
Katwate et al.
, 2.
Ikan Betok yang ditemukan di kolong pascatambang timah berumur < 1 tahun memiliki kemiripan secara morfologi dengan Anabas testudineusi (Septiyan et al.
, 2.
(Gambar .
Ikan Betok memiliki morfologi yang mirip dengan Anabas testudineusi yang dikenal sebagai Ikan Betok (Prianto et al.
, 2014.
Trijoko et al.
, 2.
atau Papuyu (Slamat, et al.
, 2.
Anabas testudineusi merupakan spesies dari Genus Aplocheilus.
Familia Anabantidae.
Ordo Perciformes, dan Kelas Actinopterygii (Behera et al.
, 2015.
Ahmad et al.
, 2.
Gambar 4.
Anabas testudineusi (Septiyan et al.
, 2.
Kualitas DNA dan Identifikasi Molekuler Hasil sekuensing Kedua spesies ikan tersebut dianalisis secara molekuler berdasarkan gen COI untuk mengetahui identitas molekulernya sebagai dasar mempertegas status taksonomi.
Tahapan isolasi DNA merupakan tahapan awal untuk mengetahui kualitas DNA sehingga dapat dijadikan DNA template untuk proses PCR dan sekuensing.
Hasil analisis kualitas DNA menunjukkan nilai absorbansi A260/280 sebesar 1.
88 pada Ikan Kepala Timah dan 1.
81 pada Ikan Betok (Tabel .
Table 1.
Kualitas DNA dari proses isolasi DNA Sampel Ikan Kepala Timah Ikan Betok Konsentrasi DNA .
A260/280 A260/230 Identitas Molekuler Ikan Pioneer Hasil sekuensing menunjukkan panjang gen COI dari sampel Ikan Kepala Timah adalah 672 bp dan gen COI dari sampel Ikan Betok adalah 675 bp.
Sekuens yang diperoleh dari sampel tersebut dianalisis kemiripan atau similaritasnya terhadap gen ikan yang tersedia di NCBI atau BOLD System.
Hasil analisis similaritas di NCBI menunjukkan bahwa Ikan Kepala Timah memiliki similaritas dengan Aplocheilus panchax dan Ikan Betok dengan Anabas testudineus, sedangkan di BOLD System menunjukkan bahwa Ikan Kepala Timah memiliki kemiripan dengan Aplocheilus panchax dan Ikan Betok tidak tersedia data similaritasnya (Tabel .
To Cite this Paper: Mustikasari.
Agustiani.
, 2021.
DNA Barcoding Ikan Kepala Timah Dan Betok Berdasarkan Gen COI sebagai Ikan Pioneer di Kolong Pascatambang Timah.
Pulau Bangka.
Samakia: Jurnal Ilmu Perikanan, 12 .
: 86-95.
Journal Homepage: https://journal.
id/index.
php/JSAPI Table 2.
Similaritas sekuens dari DNA sampel di NCBI dan BOLD System
Sampel
NCBI
Identification (Per.
Ide.
Ikan Kepala Timah (AKT.
Aplocheilus Aplocheilus Ikan Betok (BTK.
69-100% Anabas Spesies BOLD System Identification .
(%) Spesies NA = Not Available Nilai absorbansi A260/280 tersebut menggambarkan bahwa DNA yang dihasilkan dari isolasi DNA berkualitas baik karena lebih besar dari 1.
8 sehingga DNA dapat digunakan sebagai template untuk proses PCR.
Salah satu indikator untuk mengukur kualitas DNA adalah rasio DNA yang diamati pada absorbansi A260/A280.
Nilai absorbansi A260/A280 digunakan untuk menilai tingkat kemurnian DNA.
Nilai rasio O1.
8 umumnya diterima sebagai DNA yang murni.
Rasio absorbansi A260/A280 yang < 1.
8 menandakan adanya kontaminasi protein, fenol, atau kontaminan lainnya yang mengabsorbsi dengan kuat pada 280 nm dan nilai rasio > 2,0 mengindikasikan terkontaminasi RNA (Kolosova et al.
, 2004.
Lucena-Aguilar et al.
, 2.
Hasil kualitas DNA tersebut menjadi dasar untuk dilakukannya sekuensing.
Hasil sekuensing mengindikasikan kedekatan atau kemiripan genetik .
Ikan Kepala Timah dan Ikan Betok dengan sejumlah spesies Aplocheilus panchax dan Anabas testudineus (Tabel .
Hasil blasting yang dimanifestasikan pada pohon filogeni menggambarkan bahwa Ikan Kepala Timah yang ditemukan di kolong pascatambang timah berumur < 1 tahun adalah Aplocheilus panchax sebagaimana juga telah terkonfirmasi melalui blasting di NCBI maupun BOLD System dengan nilai similaritas > 97%.
Nilai similaritas > 97% dapat memperkuat status taksonomi sehingga tidak terdapat keraguan di dalam menjustifikasi kedekatan suatu spesies dengan hasil blasting (Nuryanto et al.
, 2.
Pohon filogeni memposisikan Ikan Kepala Timah berada pada clade yang sama dengan spesies Aplocheilus panchax yang ditemukan di beberapa wilayah distribusi seperti Bogor .
solate Bo.
Banjarmasin .
solate Ba.
Sulawesi (Su.
, dan Surabaya .
solate SR) (Beck et , 2.
Similaritas sekuens kedua spesies ikan menjadi dasar untuk melakukan konstruksi pohon filogeni dengan menggunakan sejumlah sampel metadata dari gene bank (NCBI) baik ingroup maupun Spesies ikan yang dijadikan sampel ingroup adalah Aplocheilus panchax dan Anabas testudineus yang terkonfimrasi melalui hasil blasting, sedangkan sampel outgrup yang digunakan adalah spesies Channa striata BLF-OS3 .
ccession MG407362.
Konstruksi pohon filogeni dari Ikan Kepala Timah.
Ikan Betok, dan sekuens pembandingnya ditampilkan dengan topologi pohon Neighbour-Joining pada Kimua 2 Parameters (K-2P) dan bootstrap analysis dengan 1000 replikasi (Gambar .
yang mendukung hasil DNA barcoding.
Pohon filogeni juga menggambarkan bahwa Ikan Betok yang ditemukan di kolong pascatambang timah berumur < 1 tahun berada pada clade yang berbeda dengan Anabas testudineus, meskipun hasil blasting di NCBI menunjukkan similaritas hingga 100%.
Hal tersebut dapat menjelaskan suatu dugaan bahwa ikan yang ditemukan diduga suatu morfotipe dari Anabas testudineus.
Hal ini didukung oleh adanya perbedaan morfologi yang ditunjukkan oleh Ikan Betok dengan Anabas testudineus berupa titik hitam di pangkal ekor dan di bagian belakang overkulumnya atau di depan sirip pectoral .
irip dad.
Gen COI merupakan marka gentik umum yang digunakan di dalam barcoding DNA karena sekuens COI mampu memisahkan spesies yang berkerabat dekat dari hampir semua filum secara regular, fragmen gen COI memiliki kisaran filogenetik dengan spektrum luas, memiliki laju perubahan sekuens tinggi, dan memperlihatkan adanya divergensi sekuens intraspesies (Nuryanto and Solihin, 2.
Namun demikian, analisis morfologi juga tetap menjadi pembanding yang mendukung suatu justifikasi untuk menunjukkan kemiripan atau similaritas ikan.
To Cite this Paper: Mustikasari.
Agustiani.
, 2021.
DNA Barcoding Ikan Kepala Timah Dan Betok Berdasarkan Gen COI sebagai Ikan Pioneer di Kolong Pascatambang Timah.
Pulau Bangka.
Samakia: Jurnal Ilmu Perikanan, 12 .
: 86-95.
Journal Homepage: https://journal.
id/index.
php/JSAPI KJ957559.
1 Aplocheilus panchax isolate Sul3 KJ957560.
1 Aplocheilus panchax isolate Sul4 KJ957558.
1 Aplocheilus panchax isolate Sul5 KJ957557.
1 Aplocheilus panchax isolate Sul2 KJ957556.
1 Aplocheilus panchax isolate Sul1 KJ957555.
1 Aplocheilus panchax isolate Sur3 KJ957554.
1 Aplocheilus panchax isolate Sur2 KJ957548.
1 Aplocheilus panchax isolate Bog3 KJ957546.
1 Aplocheilus panchax isolate Bog1 KJ957547.
1 Aplocheilus panchax isolate Bog2 KJ957540.
1 Aplocheilus panchax isolate Ban1 KJ957542.
1 Aplocheilus panchax isolate Ban3 KJ957544.
1 Aplocheilus panchax isolate Ban5 KJ957545.
1 Aplocheilus panchax isolate Ban6 KJ957549.
1 Aplocheilus panchax isolate Bog4 KJ957550.
1 Aplocheilus panchax isolate Bog6 KJ957551.
1 Aplocheilus panchax isolate Bog7 KJ957552.
1 Aplocheilus panchax isolate Bog8 KJ957553.
1 Aplocheilus panchax isolate Bog9 KJ957591.
1 Aplocheilus panchax isolate SR08 KJ957592.
1 Aplocheilus panchax isolate SR10 KJ957607.
1 Aplocheilus panchax isolate Bog5 KJ957541.
1 Aplocheilus panchax isolate Ban2 KJ957543.
1 Aplocheilus panchax isolate Ban4
AKT1
MG407362.
1 Channa striata voucher BLF-OS3 KU692242.
1 Anabas testudineus voucher BIF3720 KM213038.
1 Anabas testudineus voucher Buring BRG1 HQ682664.
1 Anabas testudineus voucher Ates2-LdB JN021211.
1 Anabas testudineus voucher Ates1 KC774637.
1 Anabas testudineus haplotype AnteH1 KU692243.
1 Anabas testudineus voucher BIF2107 KU692244.
1 Anabas testudineus voucher BIF3719 MG407349.
1 Anabas testudineus voucher BLF-AT3 MG407350.
1 Anabas testudineus voucher BLF-AT4 MG407351.
1 Anabas testudineus voucher BLF-AT5 MG407352.
1 Anabas testudineus voucher BLF-AT1 MG407353.
1 Anabas testudineus voucher BLF-AT2 KU692240.
1 Anabas testudineus voucher BIF3541 KU692241.
1 Anabas testudineus voucher BIF3540
BTK1
Gambar 5.
Pohon filogeni berdasarkan gen COI dari Ikan Kepala Timah (AKT.
dan Ikan Betok (BTK.
menggunakan genetic distances Kimura 2-parameter.
bootstrap analysis with 1000 replicates To Cite this Paper: Mustikasari.
Agustiani.
, 2021.
DNA Barcoding Ikan Kepala Timah Dan Betok Berdasarkan Gen COI sebagai Ikan Pioneer di Kolong Pascatambang Timah.
Pulau Bangka.
Samakia: Jurnal Ilmu Perikanan, 12 .
: 86-95.
Journal Homepage: https://journal.
id/index.
php/JSAPI Pohon filogeni menggambarkan dengan jelas bahwa Ikan Kepala Timah tanpa keraguan dijustifikasi sebagai Aplocheilus panchax dan Ikan Betok perlu dilakukan penelitian lebih lanjut untuk menjustifikasi sebagai Anabas testudineus yang memiliki morfologi berbeda dengan Ikan Betok lainnya.
Analisis sekuens Ikan Betok tersebut dapat menambah ketersediaan sekuens di bank gen sebagai sekuens pembanding terhadap nilai similaritas pada penelitian lainnya.
KESIMPULAN
Penelitian ini telah berhasil mengungkapkan identitas molekuler ikan pioneer yang ditemukan di kolong pascatambang timah berumur < 1 tahun, yaitu Ikan Kepala Timah dan Ikan Betok berdasarkan gen COI.
Barcoding DNA ikan Kepala Timah menunjukkan kesamaan dengan spesies Aplocheilus panchax dan dipertegas juga dengan kemiripan morfologinya.
Barcoding ikan Betok menunjukkan kemiripan dengan spesies Anabas testudineusi yang juga ditunjukkan dengan kemiripan morfologi, meskipun berada tidak satu clade dengan Anabas testudineusi.
UCAPAN TERIMA KASIH
Penulis sampaikan terima kasih kepada Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan yang telah memberikan hibah Penelitian Dosen Pemula dan Universitas Wanita Internasional, (International Women Universit.
Bandung yang telah memfasilitasi penelitian ini melalui Kotrak Penelitian Nomor 1508/SR/EKTOR/UWI/IV/2020.
DAFTAR PUSTAKA