Journal of Pharmaceutical and Sciences Electronic ISSN: 2656-3088 DOI: https://doi.
org/10.
36490/journal-jps.
Homepage: https://journal-jps.
ORIGINAL ARTICLE
JPS.
2026, 9 .
, 77-87
Analysis of Pork DNA (Sus scrofa domesticu.
Contamination in Processed Beef and Chicken Meatball Products in Tuntungan.
North Sumatra Analisis Kontaminasi DNA Babi (Sus scrofa domesticu.
Pada Produk Olahan Bakso Sapi Dan Ayam di Tuntungan.
Sumatera Utara Febri Sandika a.
Zahratul Idami a* Muhammad Idris a a Program Studi Biologi.
Fakultas Sains Dan Teknologi.
Universitas Islam Negeri Sumatera Utara.
Medan.
Sumatera Utara.
Indonesia.
*Corresponding Authors: zahratulidami@uinsu.
Abstract Background: Meatballs are a popular processed meat product in Indonesia.
High consumption of meatballs is accompanied by increasing public concern, especially among Muslims, regarding the halal aspect of the The potential contamination of pork DNA (Sus scrofa domesticu.
in beef and chicken meatballs is a critical issue, whether due to unintentional cross-contamination or adulteration.
Tuntungan area.
North Sumatra, with its diverse demographic and trading characteristics, is an important location to assess the level of contamination.
Objective: This study aimed to detect the presence of pork DNA (Sus scrofa domesticu.
contamination in processed beef and chicken meatball products traded in the Tuntungan area.
North Sumatra.
Methods: Four meatball samples .
hree chicken meatballs and one beef meatbal.
were collected from street vendors and meatball stalls at different locations.
DNA detection was performed molecularly using the RealTime Polymerase Chain Reaction .
PCR) method with the *Genechecker UF-300* instrument.
The procedure began with sample preparation.
DNA extraction using the Genolution tool, master mix preparation, and analysis using the PCR Gen Checker chip.
Result validation was based on the Cycle threshold (C.
value in the target channel (FAM for pork DNA) and the internal control channel (ROX).
Results: The analysis results of all four samples showed a FAM Ct value of 0 .
ot detecte.
, indicating no amplification of specific pork target DNA.
Meanwhile, the ROX Ct value .
nternal contro.
in all samples was detected in the range of 19.
41Ae20.
proving that the DNA extraction and amplification process ran optimally without inhibition.
The positive control showed valid amplification signals, and the negative control showed no contamination.
Conclusion:
Based on the molecular detection results, it can be concluded that all tested beef and chicken meatball samples from the Tuntungan area were not contaminated with pork DNA (Sus scrofa domesticu.
This finding indicates that traders in the area have applied good processing practices and separated raw materials, so the meatballs sold meet the halal aspect in terms of ingredient authenticity.
Keywords: Meatball.
Contamination.
Pork DNA.
Abstrak Latar Belakang: Bakso merupakan produk olahan daging yang populer di Indonesia.
Tingginya konsumsi bakso diiringi dengan meningkatnya perhatian masyarakat, terutama umat Muslim, terhadap aspek kehalalan produk.
Potensi kontaminasi DNA babi (Sus scrofa domesticu.
pada bakso sapi dan ayam menjadi isu kritis, baik akibat ketidaksengajaan .
ontaminasi silan.
maupun pemalsuan.
Wilayah Tuntungan.
Sumatera Utara, dengan karakteristik demografi dan perdagangan yang beragam, menjadi lokasi yang penting untuk dikaji tingkat kontaminasinya.
Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi keberadaan kontaminasi DNA babi (Sus scrofa domesticu.
pada produk bakso sapi dan ayam yang diperdagangkan di wilayah Tuntungan.
Sumatera Utara.
Metode: Sebanyak empat sampel bakso .
iga bakso ayam dan satu bakso sap.
diambil dari pedagang kaki lima dan warung bakso di lokasi berbeda.
Deteksi DNA dilakukan secara molekuler dengan metode Real-Time Polymerase Chain Reaction .
PCR) menggunakan alat *Genechecker UF- Journal of Pharmaceutical and Sciences 2026.
, .
- https://doi.
org/10.
36490/journal-jps.
Prosedur diawali dengan preparasi sampel, ekstraksi DNA dengan alat Genolution, preparasi master mix, dan analisis menggunakan chip PCR Gen Checker.
Validasi hasil didasarkan pada nilai Cycle threshold (C.
pada kanal target (FAM untuk DNA bab.
dan kanal kontrol internal (ROX).
Hasil: Hasil analisis keempat sampel menunjukkan nilai Ct FAM sebesar 0 .
idak terdeteks.
, yang mengindikasikan tidak adanya amplifikasi DNA target spesifik babi.
Sementara itu, nilai Ct ROX .
ontrol interna.
pada semua sampel terdeteksi dalam rentang 19,41Ae20,50, membuktikan bahwa proses ekstraksi dan amplifikasi DNA berjalan optimal tanpa Kontrol positif memberikan sinyal amplifikasi yang valid, dan kontrol negatif tidak menunjukkan Kesimpulan: Berdasarkan hasil deteksi molekuler, dapat disimpulkan bahwa semua sampel bakso sapi dan ayam yang diuji dari wilayah Tuntungan tidak terkontaminasi oleh DNA babi (Sus scrofa Temuan ini menunjukkan bahwa pedagang di wilayah tersebut telah menerapkan praktik pengolahan yang baik, memisahkan bahan baku, sehingga produk bakso yang dijual memenuhi aspek kehalalan dari sisi autentikasi bahan.
Kata Kunci: Bakso.
Kontaminasi.
DNA Babi.
Copyright A 2020 The author.
You are free to : Share .
opy and redistribute the material in any medium or forma.
and Adapt .
emix, transform, and build upon the materia.
under the following terms: Attribution Ai You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made.
You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use.
NonCommercial Ai You may not use the material for commercial ShareAlike Ai If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original.
Content from this work may be used under the terms of the a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.
0 International (CC BY-NCSA 4.
License Article History:
Received: 20/11/2025.
Revised: 01/14/2026.
Accepted:15/01/2026.
Available Online:15/01/2026.
QR access this Article https://doi.
org/10.
36490/journal-jps.
Pendahuluan Kehalalan produk pangan merupakan aspek fundamental dalam kehidupan masyarakat Indonesia yang mayoritas beragama Islam, dan telah menjadi jaminan yang diatur dalam peraturan perundangundangan .
Fenomena pemalsuan dan kontaminasi bahan pangan, khususnya pada produk olahan daging seperti bakso, menjadi isu kritis yang mengancam aspek keamanan, kehalalan, serta kepercayaan konsumen.
Bakso sebagai produk yang dikonsumsi secara luas berpotensi mengalami pencampuran atau kontaminasi silang dengan daging babi (Sus scrofa domesticu.
, baik disengaja untuk menekan biaya maupun akibat praktik pengolahan yang tidak memadai .
, .
Pelanggaran terhadap prinsip halal ini bukan hanya melanggar norma agama dan hukum, tetapi juga dapat memicu keresahan sosial serta melemahkan sistem keamanan pangan nasional .
Deteksi keaslian bahan pada produk pangan olahan tidak dapat mengandalkan metode konvensional seperti pengamatan organoleptik atau uji kimiawi, karena sifat fisik dan kimia bahan telah mengalami perubahan signifikan selama pemrosesan .
Perkembangan teknik analisis berbasis biologi molekuler menawarkan solusi yang lebih andal.
Deoxyribonucleic Acid (DNA) merupakan penanda genetik yang ideal karena memiliki sekuens basa nitrogen yang unik dan stabil untuk setiap spesies, sehingga dapat diidentifikasi bahkan dalam sampel yang telah terdegradasi atau diolah .
Metode Polymerase Chain Reaction (PCR), khususnya dalam format Real-Time atau Quantitative PCR .
PCR), telah menjadi standar utama dalam autentikasi spesies dan analisis keamanan pangan akibat sensitivitas, spesifisitas, dan kemampuan kuantifikasinya yang tinggi .
, .
Inovasi alat seperti Genechecker UF-300 Real-Time PCR System merepresentasikan kemajuan teknologi dengan menggabungkan prinsip PCR cepat dalam platform microfluidic chip, yang memungkinkan analisis tinggi dengan waktu turn-around singkat dan minimalisasi risiko kontaminasi .
Fleksibilitas alat ini juga terbukti dengan penerapannya di bidang diagnostik klinis, yang mengindikasikan tingkat reliabilitas yang tinggi .
Meskipun berbagai penelitian telah melaporkan temuan kontaminasi babi pada produk daging olahan di Indonesia .
, 5, .
, peta data mengenai autentisitas produk bakso di tingkat lokal, khususnya di daerah Electronic ISSN : 2656-3088 Homepage: https://w.
journal-jps.
Journal of Pharmaceutical and Sciences 2026.
, .
- https://doi.
org/10.
36490/journal-jps.
dengan karakteristik demografi dan pola perdagangan yang spesifik, masih sangat terbatas.
Wilayah Tuntungan di Sumatera Utara merupakan contoh lokasi dengan keragaman penduduk dan aktivitas perdagangan bahan pangan, termasuk produk berbasis babi, yang berpotensi menciptakan titik rawan kontaminasi silang dalam rantai pasok produk halal .
Dominasi usaha bakso skala mikro dan pedagang kaki lima di daerah ini, yang sering kali kurang memiliki sistem kendali mutu dan pelabelan yang memadai, memperbesar risiko tersebut .
, .
Ketiadaan data empiris yang memadai mengenai kondisi riil di lapangan menghambat upaya pengawasan, pembinaan produsen, serta perlindungan konsumen yang efektif.
Oleh karena itu, penelitian yang melakukan pengujian langsung terhadap sampel dari titik penjualan menjadi kebutuhan mendesak.
Berdasarkan pertimbangan tersebut, penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mendeteksi keberadaan kontaminasi DNA babi (Sus scrofa domesticu.
pada produk olahan bakso sapi dan ayam yang diperdagangkan di wilayah Tuntungan.
Sumatera Utara, dengan memanfaatkan metode Real-Time PCR pada alat Genechecker UF-300.
Temuan dari penelitian ini diharapkan dapat menyediakan data dasar ilmiah mengenai status kehalalan produk bakso lokal serta mendukung penguatan sistem jaminan halal dan keamanan pangan di tingkat daerah.
Metode Penelitian Alat dan Bahan Penelitian Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah sampel bakso dari 4 tempat pedagang di tuntungan.
Sumatera Utara.
Bahan lain yang digunakan dalam penelitian ini yaitu kit ekstraksi DNA, buffer lisis, proteinase K, wash buffer, elution buffer.
DNA kontrol positif babi dan kontrol negatif.
Alat yang digunakan dalam penelitian ini meliputi alat Genechecker .
nit PCR cepat beserta perangkat lunak pengendaal.
Cartridge / mikrofluidic chip, komputer atau laptop, biological safety cabinet, mikropipet volume variabel (.
5Ae10 AAL, 2Ae20 AAL, 20Ae200 AAL, 200Ae1000 AAL).
vortex mixer, alat pemotong steril untuk pembagi sampel, centrifuge.
Pengambilan Sampel Sampel bakso terdiri dari 3 sampel bakso ayam dan 1 sampel bakso sapi.
Sampel diambil dari penjual warung bakso dan pedagang kaki lima.
Sampel bakso 1 yaitu bakso ayam diperoleh dari penjual warung bakso, sampel bakso 2 yaitu bakso ayam diperoleh dari pedagang kaki lima, sampel bakso 3 yaitu bakso ayam diperoleh dari pedagang kaki lima, dan sampel bakso 4 yaitu bakso sapi diperoleh dari penjual warung bakso.
Sampel bakso dikumpulkan dari lokasi yang berbeda untuk mendapatkan variasi produsen.
Preparasi Sampel Sampel yang akan diuji dipotong dan dipindahkan ke dalam tube sentrifuge 1.
5 ml.
Tambahkan 400 AAL FD Lysis solution.
Lalu tambahkan 20 AAL Proteinase K.
Setelah itu di vortex selama 10 detik agar sampel Inkubasi pada suhu 56AC selama 20 menit 13.
000 A.
Kemudian di sentrifuse dengan kecepatan maksimal pada suhu ruang selama 3 menit.
Masukkan 200 AAL sampel ke dalam well lysis.
Masukkan well plate ke dalam Nextractor untuk memulai proses ekstraksi.
Ekstraksi Sampel Sampel di ekstraksi dengan menggunakan alat yaitu Genolution.
Alat ini dirancang khusus menyediakan ekstraksi DNA dan RNA secara otomatis menggunakan teknologi magnetic bead-based Alat ini sering digunakan untuk uji biologis salah satunya deteksi halal pada sampel makanan.
Preparasi Reagen dan Sampel DNA Setelah proses ekstraksi sampel selesai, kemudian dilanjutkan dengan preparasi reagen dan sampel DNA.
Cairkan Positif Control (PC).
Negatif Control (NC).
Primer Probe Mix (PPM), dan Premix pada suhu Setelah mencair, letakkan reagen tube di atas PCR Cooler.
Vortex dan spindown semua reagen sebelum Preparasi Master Mix Electronic ISSN : 2656-3088 Homepage: https://w.
journal-jps.
Journal of Pharmaceutical and Sciences 2026.
, .
- https://doi.
org/10.
36490/journal-jps.
Siapkan 10 microcentrifuge tubes Masukkan 2.
2 AAL PPM ke dalam setiap microcentrifuge tubes.
Tambahkan 5.
5 AAL.
premix ke dalam setiap microcentrifuge tubes.
Untuk preparasi NC, tambahkan 3.
3 AAL NC
ke salah satu microcentrifuges tubes yang berisi premix dan PPM.
Kemudian vortex dan spindown tube.
Untuk preparasi PC, tambahkan 3.
3 AAL PC ke salah satu microcentrifuges tubes yang berisi premix dan PPM.
Kemudian vortex dan spindown tube.
Untuk preparasi sampel, tambahkan 3.
3 AAL DNA sampel ke microcentrifuge tubes untuk sampel yang sudah berisi premix dan PPM.
Kemudian vortex dan spindown Preparasi Chip PCR Ambil chip baru menggunakan pinset dan tempatkan pada plate loader.
Ambil 10 AAl dari campuran reaksi dan masukan ke dalam well pada chip PCR.
Pastikan bahwa chip well sudah terisi penuh dengan sampel dan kontrol, untuk menghindari gelembung udara.
Rekatkan sealing tape yang baru pada permukaan atas chip secara perlahan menggunakan pinset dan pastikan tidak ada celah lubang well yang tidak tertutup.
Masukkan chip ke dalam alat Genechecker UF-300 Real-Time PCR System untuk dilanjutkan ke proses PCR.
Analisis data Analisis data berfokus pada keberhasilan amplifikasi deteksi DNA target menggunakan alat Genechecker UF-300 Real-Time PCR System dengan melibatkan beberapa tahapan penting.
Penyajian data dalam bentuk tabel Cycle treshold Value (Ct.
Valu.
Hasil Dan Pembahasan Uji Menggunakan Alat Genechecker Pengujian ini merupakan tahap akhir yang akan menentukan ada atau tidaknya DNA target didalam Tahap ini dilakukan dengan meenggunakan alat yang bernama Genechecker UF-300 Real-Time PCR System.
Keunggulan dari alat ini yaitu mampu melakukan running hingga 8 sampel sekaligus, sehingga kita bisa langsung mengetahui hasil semua sampel dalam sekali cek.
Setelah running sudah selesai, kemudian akan muncul popup notifikasi hasil pada layar.
Lalu close pada bagian notofikasi kemudian grafik hasil reaksi PCR akan ditampilkan.
Kita bisa mengetahui dari layar selagi proses running sedang berjalan .
Analisis Hasil Akhir Pembacaan hasil deteksi DNA babi menggunakan perangkat Genechecker UF-300 dilakukan melalui evaluasi nilai Ct dan profil amplifikasi yang dihasilkan setelah proses PCR selesai.
Validitas analisis terlebih dahulu ditentukan melalui pemeriksaan kontrol, di mana kontrol positif wajib menunjukkan amplifikasi dengan nilai Ct yang berada dalam kisaran yang direkomendasikan kit, sehingga mengonfirmasi keberhasilan reaksi PCR sesuai prinsip validasi metode deteksi DNA spesies.
Rentang nilai pada pemeriksaan target Porcine DNA dengan nilai Ct O 35 dikategorikan sebagai amplifikasi yang valid dan spesifik, sehingga apabila sampel menunjukkan Ct dalam rentang tersebut maka sampel dinyatakan positif mengandung DNA babi.
Sementara itu.
Positive Control (PC) harus teramplifikasi dengan Ct O 45 sebagai indikator bahwa seluruh komponen reaksi PCR, termasuk enzim, primer, dan sistem deteksi, berfungsi dengan optimal.
Negative Control (NC) menjadi parameter utama dalam penentuan kontaminasi.
kontrol ini tidak boleh menunjukkan amplifikasi sama sekali.
Kemunculan sinyal pada Negative Control (NC), bahkan pada Ct tinggi mendekati batas deteksi, mengindikasikan adanya kontaminasi silang atau amplifikasi non-spesifik sehingga seluruh rangkaian pengujian dinyatakan tidak valid .
Internal Control (IC) yang harus terdeteksi pada Ct O 45 berfungsi memastikan bahwa DNA sampel dapat diamplifikasi dengan baik dan tidak mengalami hambatan Jika kontrol tidak memenuhi kriteria atau sampel menunjukkan nilai Ct yang berada di zona ambigu mendekati batas deteksi, maka pengujian perlu diulang untuk memastikan akurasi dan reliabilitas hasil .
Dengan demikian, rentang nilai Ct tersebut berperan dalam memastikan bahwa hasil yang diperoleh bebas dari kontaminasi dan dapat diinterpretasikan secara ilmiah sesuai prosedur standar analisis PCR.
Dengan demikian, rentang nilai Ct serta hasil kontrol-kontrol tersebut tidak hanya menunjukkan ada atau tidaknya target (DNA bab.
, tetapi juga berfungsi sebagai indikator bahwa prosedur PCR berjalan dengan baik, bebas dari kontaminasi.
Electronic ISSN : 2656-3088 Homepage: https://w.
journal-jps.
Journal of Pharmaceutical and Sciences 2026.
, .
- https://doi.
org/10.
36490/journal-jps.
Hasil akhir dari uji halal menggunakan alat Genechecker akan berbentuk nilai Cycle threshold Value (Ct.
Valu.
Hasil ini memudahkan untuk mengidentifikasi ada atau tidaknya DNA babi (Sus scrofa domesticu.
yang terdapat dalam sampel.
Hasil proses dapat langsung dilihat pada layar yaitu berupa tampilan detail view Seperti pada gambar dibawah ini.
Gambar 1.
Hasil detail view setelah Running Pada gambar 1.
menunjukkan hasil detail view jumlah copy saat kurva datar dihasilkan.
Ct FAM pada well sampel akan menunjukkan nilai Ct untuk mendeteksi keberadaan gen target.
Pada sampel 1 keberadaan Ct.
FAM tidak terbaca hal itu menandakan bahwa sampel tersebut tidak terkontaminasi DNA babi.
Begitu juga pada sampel 2, 3, dan sampel 4.
Hasil keempat sampel tidak mengandung DNA babi dilihat dari nilai Ct.
FAM yaitu 0.
Ct.
ROX pada well sampel menunjukkan nilai internal control (IC) untuk sampel.
Ct.
ROX
pada sampel 1 = 20.
07, pada sampel 2 = 20.
33, sampel 3 = 20.
50, dan sampel 4 = 19.
Nilai Ct.
ROX pada keempat sampel menandakan hasil amplifikasi berjalan dengan baik.
Untuk nilai NC dan PC dapat dilihat bahwa nilai Ct.
FAM pada NC 0, dan Ct ROX 18.
81 menandakan tidak adanya DNA babi.
Pada PC nilai Ct.
FAM yaitu 23.
60 dan nilai Ct.
ROX yaitu 24.
49, ini berarti didalam PC terdapat DNA babi.
Penggunaan Genechecker UF-300 Real-Time PCR System sebagai platform ultrafast PCR disesuaikan dengan panduan pabrikan termasuk pemaknaan kanal FAM sebagai detektor target spesifik dan ROX sebagai kontrol internal reaksi .
Tabel 1.
Consolidated Test Report pada produk olahan bakso sapi dan ayam Electronic ISSN : 2656-3088 Homepage: https://w.
journal-jps.
Journal of Pharmaceutical and Sciences 2026.
, .
- https://doi.
org/10.
36490/journal-jps.
Setelah proses PCR selesai dijalankan, hasil pengujian ditampilkan dalam bentuk Consolidated Test Report sebagaimana terlihat pada tabel 1.
Laporan ini memuat informasi berupa nilai Ct dari kontrol positif, kontrol negatif, internal kontrol.
Nilai Ct of Pork (FAM) menunjukkan keberadaan atau ketiadaan DNA babi, sedangkan Ct of IC (ROX) digunakan sebagai indikator keberhasilan proses amplifikasi.
Pada laporan tersebut, sampel B1 hingga B4 memiliki nilai Ct of Pork sebesar 00.
00 dan nilai Ct of IC berada pada rentang 19Ae21, sehingga dinyatakan AuNot DetectedAy.
Hal ini menunjukkan bahwa tidak ditemukan DNA babi dalam keempat sampel tersebut dan proses amplifikasi berjalan normal.
Sementara itu, beberapa sampel lain seperti E.
G, dan H tidak menunjukkan nilai Ct IC .
, sehingga hasilnya dinyatakan AuTest invalidAy dan memerlukan pengujian ulang.
Laporan ini berfungsi sebagai bukti objektif bahwa analisis PCR telah dilakukan sesuai prosedur dan memungkinkan peneliti menilai keandalan hasil setiap sampel sejalan dengan prinsip evaluasi kualitas qPCR yang menekankan pentingnya kontrol internal untuk menentukan validitas hasil .
Tabel 2.
Interpretasi Hasil Running PCR produk olahan bakso sapi dan ayam.
No.
Sampel Interpretasi Negatif Negatif Negatif Negatif Kriteria interpretasi hasil running PCR dapat dikategorikan positif apabila Positive Control (PC) menunjukkan sinyal positif.
Negative Control (NC) negatif, dan sampel menghasilkan amplifikasi target.
Sampel dikategorikan negatif apabila Positive Control (PC) positif.
Negative Control (NC) negatif, namun sampel tidak menunjukkan amplifikasi target meskipun Internal Control (IC) terdeteksi.
Apabila Positive Control (PC) tidak teramplifikasi.
Negative Control (NC) menunjukkan sinyal positif, atau Internal Control (IC) tidak teramplifikasi pada kondisi yang seharusnya, maka hasil dinyatakan invalid dan uji harus diulang.
Dengan demikian, interpretasi akhir mengacu pada konsistensi hasil kontrol serta keberhasilan amplifikasi target pada sampel uji.
Interpretasi hasil pengujian yang ditampilkan pada tabel 2.
menunjukkan seluruh sampel memberikan tanda AuAeAy pada kolom hasil, yang mengindikasikan tidak adanya sinyal amplifikasi gen target yang spesifik terhadap DNA babi.
Kondisi ini menandakan bahwa tidak terdapat fragmen DNA babi yang terdeteksi di dalam bahan baku maupun produk akhir yang diuji sesuai prinsip bahwa amplifikasi hanya terjadi apabila sekuens target benar-benar hadir dalam sampel .
Keberadaan tanda Au Ay pada PC menegaskan bahwa reaksi PCR berjalan dengan baik dan metode mampu mendeteksi DNA babi yang memang ada pada PC.
Sebaliknya.
NC yang konsisten bernilai AuAeAy menunjukkan bahwa tidak terjadi kontaminasi silang selama persiapan reagen maupun proses amplifikasi.
Selain itu.
IC pada seluruh sampel berada pada kondisi Au Ay, yang berarti proses ekstraksi DNA dan amplifikasi PCR berlangsung optimal tanpa adanya hambatan seperti degradasi DNA, keberadaan inhibitor PCR, ataupun kegagalan reaksi.
IC yang positif memastikan bahwa hasil negatif bukan disebabkan oleh kesalahan teknis, melainkan benar-benar menunjukkan tidak adanya DNA babi pada sampel tersebut.
Dengan terpenuhinya seluruh parameter kontrol (PC .
NC Ae.
IC ), maka interpretasi akhir dapat dinyatakan valid secara analitis.
Konsistensi hasil negatif pada seluruh sampel memperkuat kesimpulan bahwa produk bakso yang diuji tidak mengandung kontaminasi DNA babi dan memenuhi aspek kehalalan dari sisi deteksi molekuler, sejalan dengan laporan penelitian mengenai validitas qPCR dalam identifikasi spesies babi pada produk pangan olahan .
Hasil Amplifikasi Kurva (Grafik Fluoresens.
Sampel dikategorikan positif apabila menghasilkan kurva amplifikasi dengan nilai Ct yang berada di bawah batas deteksi metode.
Nilai Ct digunakan sebagai indikator kuantitatif untuk menentukan ada atau tidaknya materi genetik target spesifik babi.
Grafik yang mengalami kenaikan kurva adalah NC-IC (Negative ControlAeInternal Contro.
Sampel-IC .
ampel Ae Internal Contro.
PC-Halal (Positive Contro.
, dan PC-IC (Positive ControlAeInternal Contro.
Kenaikan kurva pada grafik-grafik tersebut menunjukkan bahwa reagen/kit bekerja dengan baik, mesin berfungsi normal, serta proses PCR berlangsung dengan optimal sehingga hasil pengujian dapat dinyatakan valid dan dapat dipercaya.
Sebaliknya, sampel tanpa kurva amplifikasi atau menunjukkan Ct di luar rentang valid diklasifikasikan sebagai negatif.
Kontrol negatif tidak Electronic ISSN : 2656-3088 Homepage: https://w.
journal-jps.
Journal of Pharmaceutical and Sciences 2026.
, .
- https://doi.
org/10.
36490/journal-jps.
boleh menunjukkan sinyal amplifikasi, kemunculan kurva pada kontrol negatif mengindikasikan kontaminasi atau reaksi non-spesifik, kondisi yang menurut Rahayu et al.
harus menyebabkan seluruh pengujian dinyatakan tidak valid dan perlu dilakukan pengulangan.
Setelah kontrol dinyatakan valid, penentuan hasil sampel dilakukan dengan menilai keberadaan amplifikasi pada kanal target spesifik DNA Tabel 3.
Interpretasi nilai Ct.
pada amplifikasi kurva produk olahan bakso sapi dan ayam.
Sample Name
Ct of Pork
(IC)
Ct Positive Control (Pork/IC) 60 / 24.
60 / 24.
60 / 24.
60 / 24.
Ct Negative Control (Pork/IC) 00 / 18.
00 / 18.
00 / 18.
00 / 18.
Result Pork Not Detected Pork Not Detected Pork Not Detected Pork Not Detected Berdasarkan hasil analisis nilai cycle threshold (C.
pada tabel 3.
seluruh sampel bakso (B1AeB.
menunjukkan nilai Ct sebesar 00.
00 untuk target DNA babi .
, yang mengindikasikan tidak adanya amplifikasi gen spesifik babi selama proses real-time PCR berlangsung.
Kondisi ini menegaskan bahwa DNA babi tidak terdeteksi pada keempat sampel yang diuji.
Nilai Ct untuk internal control (IC) berada dalam 41Ae20.
50, menunjukkan bahwa proses amplifikasi berjalan optimal dan tidak terdapat inhibisi PCR.
Stabilitas nilai IC pada semua sampel mengindikasikan bahwa kualitas DNA yang diekstraksi memadai dan reaksi PCR berfungsi sebagaimana mestinya.
Selain itu, keberhasilan amplifikasi pada kontrol positif (Ct pork 60.
Ct IC 24.
memastikan bahwa metode mampu mendeteksi DNA babi ketika hadir, sementara kontrol negatif yang tidak menunjukkan amplifikasi DNA babi (Ct 00.
mengonfirmasi tidak adanya kontaminasi Temuan ini konsisten dengan laporan studi sebelumnya yang menunjukkan bahwa metode real-time PCR merupakan teknik yang sensitif dan spesifik untuk autentikasi produk daging, termasuk dalam deteksi kontaminasi silang pada produk olahan .
Sampel Bakso 1 Gambar 2.
Hasil Kurva Test Report pada sampel bakso 1.
Kurva amplifikasi pada gambar 2.
menunjukkan bahwa reaksi PCR berjalan valid, ditandai oleh munculnya sinyal pada internal control (IC) dan kontrol positif, sementara kontrol negatif tidak menunjukkan amplifikasi pada kanal target.
Validitas ini sejalan dengan prinsip dasar qPCR yang dijelaskan oleh Kubista et al.
, bahwa keberadaan amplifikasi kontrol internal merupakan indikator bahwa reaksi PCR berlangsung optimal dan bebas hambatan teknis.
Pada sampel B1, tidak terlihat kurva amplifikasi pada kanal FAM yang merupakan detektor spesifik untuk DNA babi, sehingga nilai Ct tercatat 0,00.
Namun, kanal ROX yang berfungsi sebagai internal control menunjukkan amplifikasi yang konsisten pada Ct sekitar 20,07.
Kehadiran amplifikasi IC ini menegaskan bahwa proses amplifikasi berlangsung normal tanpa adanya hambatan reaksi seperti inhibitor enzimatis.
Kurva kontrol positif memperlihatkan amplifikasi jelas pada dua Electronic ISSN : 2656-3088 Homepage: https://w.
journal-jps.
Journal of Pharmaceutical and Sciences 2026.
, .
- https://doi.
org/10.
36490/journal-jps.
kanal (Pork dan IC) dengan Ct masing-masing berada di kisaran 23Ae24, yang memastikan bahwa reagen dan instrumen berfungsi sesuai spesifikasi.
Sementara itu, kontrol negatif tidak menunjukkan amplifikasi pada kanal target Pork, tetapi tetap menunjukkan sinyal IC yang stabil, menandakan bebas kontaminasi.
Secara keseluruhan, pola kurva dan nilai Ct tersebut mendukung interpretasi bahwa DNA babi tidak terdeteksi dalam sampel B1, dan kesimpulan AuPork Not DetectedAy dapat dinyatakan valid secara analitis sesuai standar evaluasi PCR cepat berbasis platform Genechecker sebagaimana dijelaskan dalam .
Sampel Bakso 2 Gambar 3.
Hasil Kurva Test Report pada sampel bakso 2.
Kurva amplifikasi pada gambar 3.
menunjukkan bahwa reaksi PCR berlangsung dengan baik dan memenuhi seluruh parameter validitas internal.
Kanal FAM, yang merupakan kanal deteksi spesifik untuk DNA babi, tidak menampilkan kurva amplifikasi hingga akhir siklus sehingga nilai Ct tercatat 0,00.
Ketiadaan sinyal pada kanal target ini menunjukkan bahwa tidak terdapat materi genetik babi yang terdeteksi dalam sampel B2.
Sebaliknya, kanal ROX yang berfungsi sebagai internal control memperlihatkan amplifikasi stabil dengan nilai Ct sekitar 20,33, yang mengonfirmasi bahwa proses ekstraksi, efisiensi enzim polimerase, serta kondisi reaksi berada dalam keadaan optimal tanpa pengaruh inhibitor yang merupakan standar verifikasi kualitas reaksi menurut pedoman qPCR internasional .
Kurva ini memastikan bahwa proses ekstraksi DNA, performa polimerase, serta kondisi kimia reaksi berada dalam keadaan optimal tanpa adanya inhibitor yang mengganggu amplifikasi.
Kontrol positif memberikan kurva yang khas dan konsisten pada kedua kanal target dan IC, dengan Ct masing-masing sekitar 23,60 dan 24,49, yang menegaskan keandalan reagen serta kinerja instrumen.
Kontrol negatif tidak menunjukkan amplifikasi pada kanal FAM, namun tetap menghasilkan sinyal IC (Ct 18,.
, sehingga memastikan bahwa tidak terjadi kontaminasi silang selama proses Secara keseluruhan, profil kurva ini mendukung kesimpulan analitis bahwa sampel B2 bebas dari DNA babi, dan hasil AuPork Not DetectedAy dapat dianggap valid serta dapat dipertanggungjawabkan secara teknis, sejalan dengan prinsip autentikasi spesies berbasis real-time PCR dalam analisis pangan .
Sampel Bakso 3 Kurva amplifikasi pada gambar 4.
menunjukkan bahwa target spesifik DNA babi tidak mengalami peningkatan fluoresensi yang membentuk pola eksponensial selama 45 siklus, sebagaimana ditunjukkan oleh nilai Ct target babi yang tercatat 0.
Ketiadaan kurva ini menandakan bahwa tidak ada molekul DNA babi yang terdeteksi pada sampel, atau konsentrasinya berada di bawah batas deteksi metode qPCR, yang memang hanya menghasilkan sinyal eksponensial apabila jumlah template berada pada kisaran terdeteksi .
Sebaliknya, kontrol internal (IC) pada sampel B3 memperlihatkan amplifikasi yang konsisten, dengan nilai Ct berada di kisaran 20.
50, mengindikasikan bahwa proses ekstraksi DNA, efisiensi enzim polimerase, serta Electronic ISSN : 2656-3088 Homepage: https://w.
journal-jps.
Journal of Pharmaceutical and Sciences 2026.
, .
- https://doi.
org/10.
36490/journal-jps.
kestabilan sistem deteksi berada dalam kondisi optimal.
Kurva amplifikasi pada kontrol positif muncul dengan Ct 23.
60Ae24.
49, yang memastikan bahwa reagen, mesin, dan parameter reaksi bekerja sebagaimana mestinya dan tanpa hambatan.
Sementara itu, kontrol negatif tidak menunjukkan amplifikasi target, menandakan tidak adanya kontaminasi silang selama prosedur pengujian.
Secara keseluruhan, pola kurva B3 memberikan dasar analitis yang kuat bahwa sampel tidak mengandung DNA babi, sehingga kesimpulan Aupork not detectedAy dapat dinyatakan valid berdasarkan prinsip dan dinamika reaksi PCR real-time dan berdasarkan parameter analitis qPCR modern yang banyak digunakan dalam halal authentication .
Gambar 4.
Hasil Kurva Test Report pada sampel bakso 3.
Sampel Bakso 4 Gambar 5.
Hasil Kurva Test Report pada sampel bakso 4.
Hasil pembacaan kurva amplifikasi PCR pada gambar 5.
menunjukkan bahwa seluruh parameter kontrol berada dalam kondisi yang valid sehingga interpretasi hasil dapat dinyatakan reliabel.
Kurva kontrol positif memperlihatkan pola amplifikasi sigmoid yang jelas pada kanal FAM dengan nilai Ct sekitar 23, yang menandakan keberadaan target spesifik terdeteksi dengan efisiensi reaksi yang memadai sesuai dengan hasil penelitian metode qPCR untuk deteksi DNA babi dalam makanan olahan .
Sebaliknya, kontrol negatif tidak menunjukkan kenaikan sinyal pada kanal FAM, sehingga mengonfirmasi tidak adanya kontaminasi silang dalam proses amplifikasi .
Pada seluruh sampel uji, tidak ditemukan sinyal amplifikasi pada kanal FAM, yang tercermin dari nilai Ct nol, sementara kontrol internal .
anal ROX) memperlihatkan amplifikasi Electronic ISSN : 2656-3088 Homepage: https://w.
journal-jps.
Journal of Pharmaceutical and Sciences 2026.
, .
- https://doi.
org/10.
36490/journal-jps.
konsisten pada rentang Ct sekitar 19Ae20.
Hal ini menegaskan bahwa reaksi PCR pada sampel berjalan normal dan tidak terhambat oleh inhibitor maupun kesalahan teknis sejalan dengan temuan dari studi tentang pemblokiran inhibitor dan pentingnya kontrol internal dalam qPCR .
Dengan terpenuhinya seluruh kriteria kontrol kualitas tersebut, kurva amplifikasi dapat diinterpretasikan secara sahih sebagai hasil negatif terhadap deteksi DNA babi, sehingga target tidak terdeteksi dalam sampel pada tingkat sensitivitas yang dimiliki metode uji ini.
Penelitian ini menunjukkan bahwa hasil seluruh sampel bakso sapi dan ayam yang diuji dari wilayah Tuntungan.
Sumatera Utara, tidak terdeteksi mengandung DNA babi (Sus scrofa domesticu.
Hal ini dibuktikan dari nilai Ct FAM pada keempat sampel yang tidak muncul sama sekali, menandakan tidak adanya amplifikasi terhadap gen target spesifik babi.
Dalam uji PCR, fluorofor FAM digunakan sebagai indikator keberadaan DNA babi sehingga apabila nilai Ct tidak terbaca, dapat disimpulkan bahwa sampel benar-benar tidak mengandung DNA babi.
Sensitivitas FAM sebagai reporter telah banyak digunakan dalam deteksi spesies berbasis qPCR karena stabilitas fluoresensinya yang tinggi dan kemampuan mendeteksi konsentrasi DNA sangat rendah .
Sebaliknya, nilai Ct ROX yang muncul pada rentang 19Ae21 pada semua sampel menunjukkan bahwa internal control bekerja dengan baik.
Fungsi ROX sebagai passive reference dye penting untuk menilai konsistensi reaksi, mendeteksi keberadaan inhibitor, serta memastikan bahwa kegagalan amplifikasi bukan disebabkan oleh kualitas DNA yang buruk, sebagaimana dijelaskan dalam penelitian Mustaqimah.
Septiani, & Roswiem .
Keberhasilan internal control ini membuktikan bahwa proses amplifikasi berjalan normal, reagen berfungsi baik, dan DNA sampel berkualitas sehingga hasil negatif bukan disebabkan oleh kegagalan alat ataupun reaksi PCR.
Validitas hasil juga didukung oleh kontrol negatif (NC) dan kontrol positif (PC).
Pada kontrol negatif tidak terdapat sinyal FAM, sedangkan pada kontrol positif muncul Ct FAM yang jelas, menandakan bahwa alat dan sistem deteksi bekerja sesuai tujuan.
Keberhasilan deteksi ini juga tidak lepas dari tahapan preparasi sampel, ekstraksi DNA, penyusunan master mix, serta penggunaan alat Genechecker UF-300 yang dikenal cepat dan sensitif dalam mendeteksi DNA meski sampel telah mengalami proses pengolahan seperti perebusan dan pencampuran bahan baku.
Temuan bahwa seluruh sampel tidak terkontaminasi DNA babi memiliki arti penting bagi masyarakat Tuntungan yang mayoritas penduduknya non muslim.
Hasil ini memberikan kepastian bahwa bakso yang diuji aman dari bahan non-halal dan masih sesuai dengan standar kehalalan pangan.
Di tengah meningkatnya isu pemalsuan bahan baku pada produk daging olahan, terutama pencampuran daging babi pada bakso, hasil penelitian ini mampu meningkatkan rasa percaya masyarakat terhadap produk pangan yang beredar di daerah tersebut .
Kesimpulan Hasil penelitian mengonfirmasi bahwa keempat sampel bakso sapi dan ayam yang diambil dari pedagang di wilayah Tuntungan.
Sumatera Utara, tidak menunjukkan adanya kontaminasi DNA babi (Sus scrofa domesticu.
Hasil analisis Real-Time PCR mencatat nilai cycle threshold (C.
pada kanal target (FAM) sebesar nol, sementara kontrol internal (ROX) memberikan amplifikasi yang valid.
Temuan ini mengindikasikan bahwa dalam lingkup sampel yang diuji, proses produksi bakso telah menerapkan pemisahan bahan baku yang sesuai dengan standar kehalalan.
Interpretasi hasil penelitian ini perlu mempertimbangkan keterbatasan pada jumlah sampel yang relatif terbatas .
serta lingkup geografis pengambilan sampel yang belum mencakup variasi lokasi secara menyeluruh.
Untuk penelitian selanjutnya, disarankan melakukan ekspansi skala sampling, pelacakan kontaminasi hingga ke bahan baku mentah, serta pengintegrasian aspek sosio-teknis melalui survei praktik penanganan bahan oleh pedagang.
Pendekatan tersebut diharapkan dapat memberikan peta kontaminasi yang lebih komprehensif dan mendukung penguatan sistem jaminan halal produk olahan daging di tingkat lokal.
Conflict of Interest Penulis menyatakan tidak terdapat konflik kepentingan finansial maupun non-finansial dalam pelaksanaan dan pelaporan penelitian ini.
Seluruh proses penelitian dilakukan secara independen tanpa adanya intervensi atau pengaruh dari pihak eksternal manapun.
Electronic ISSN : 2656-3088 Homepage: https://w.
journal-jps.
Journal of Pharmaceutical and Sciences 2026.
, .
- https://doi.
org/10.
36490/journal-jps.
Acknowledgment Penulis mengucapkan terima kasih kepada kepala dan staf di Laboratorium Biologi FMIPA Universitas Syiah Kuala.
Provinsi Aceh.
Serta semua pihak yang terlibat dalam penelitian ini sehingga dapat terselesaikan dengan baik.
Referensi