Samakia: Jurnal Ilmu Perikanan Volume 14.
No.
April 2023
ISSN:2086-3861
E-ISSN: 2503-2283
Filogeografi Trigonopoma gracile dari Sungai Gedong.
Bangka dan Catatan di Paparan Sunda berdasarkan gen COI Phylogeography of Trigonopoma gracile from Sungai Gedong.
Bangka and Records in Sundaland based on the COI gene Ardiansyah Kurniawan .
Rina Apriyanti .
Alya Maisan Safitri .
Siti Puan NIK Almaghribi .
Ahmad Fahrul Syarif .
Andri Kurniawan .
Jurusan Akuakultur.
Fakultas Pertanian Perikanan dan Biologi.
Universitas Bangka Belitung.
Kampus Teradu Balunijuk.
Merawang.
Bangka.
Korespondensi : email : ardian_turen@yahoo.
(Diterima November 2022 /Disetujui Maret 2.
ABSTRAK Trigonopoma gracile merupakan salah satu speies ikan air tawar yang ditemukan hidup di perairan Pulau Bangka yang terdampak penambangan timah.
Perlu dilakukan kajian terkait hubungan genetik ikan ini dengan wilayah lainnya di paparan Sunda.
Sampel ikan dari Sungai Gedong.
Bangka diidentifikasi karakteristik molekulernya dengan menggunakan gen COI .
itokrom oksidase I) dan dibandingkan dengan temuan di wilayah Sundaland lainnya.
Trigonopoma gracile dari Sungai Gedong.
Bangka memiliki hubungan yang dekat dengan ikan T.
gracile dari Kalimantan Barat.
Serawak.
Belitung, dan Sempan.
Bangka dengan jarak antara 0,93 Ae 1,89 %, namun berbeda kluster dengan Selangor.
Bangka Selatan.
Kemuja-Bangka.
Trengganu,dan Serawak dengan jarak genetik 3,69 Ae 5,44 %.
Hubungan antar pulau pada T.
gracile diprediksi terjadi akibat hubungan sunga purba Sunda Utara dimasa lampau.
Variasi genetik yang muncul di Pulau Bangka dimungkinkan sebagai adaptasi terhadap kondisi lingkungannya.
Kata kunci: trigonopoma gracile.
DNA barcoding, bangka, sundaland
ABSTRACT
Trigonopoma gracile is one of the freshwater fish species found living in the waters of Bangka Island which is affected by tin mining.
It is necessary to study the genetic relationship of this fish with other areas in the Sunda Shelf.
Fish samples from the Gedong River.
Bangka identified DNA barcoding using the COI .
ytochrome oxidase I) gene and compared with findings from other Sundaland areas.
Trigonopoma gracile from the Gedong River.
Bangka has a close relationship with fish from the Kapuas River - West Kalimantan.
Sarawak.
Belitung, and Sempan.
Bangka with a distance between 0.
93 - 1.
89%, but different clusters with Selangor.
South Bangka.
KemujaBangka.
Trengganu, and Sarawak with a genetic distance of 3.
69 Ae 5.
The relationship between islands in T.
gracile is predicted to occur due to the connection of ancient North Sunda rivers in the past.
Genetic variation that appears on Bangka Island is possible as an adaptation to environmental conditions.
Keywords: trigonopoma gracile.
DNA barcoding, bangka, sundaland
PENDAHULUAN
Kepulauan Bangka Belitung merupakan salah satu daerah tambang timah yang mempunyai banyak sekali kolong-kolong pasca tambang timah.
Kolong adalah lubang yang berbentuk cekungan bekas pertambangan timah yang berisi air.
Perairan terdampak penambangan timah umumnya memiliki pH yang cenderung rendah atau asam (Muslih et al.
, 2.
Mentari et al.
memaparkan bahwa sungai yng tercemar penambangan timah dalam kategori sedang To Cite this Paper: Kurniawan A.
Apriyanti R.
Safitri AM.
Almaghribi SPNIK.
Syarif AF.
Kurniawan A.
Filogeografi Trigonopoma gracile dari Sungai Gedong.
Bangka dan Catatan di Paparan Sunda berdasarkan gen COI.
Samakia: Jurnal Ilmu Perikanan, 14 .
: 47-53.
Journal Homepage: https://journal.
id/index.
php/JSAPI http://dx.
org/10.
35316/jsapi.
mengalami peningkatan kandungan Total Dissolved Solid, logam berat Cu dan Zn.
Kondisi perairan asam dengan kandungan logam berat yang tinggi tentunya juga didapati pada kolong belas penambangan timah.
Kondisi ini menandakan bahwa perairan pada kolong pasca tambang timah memiliki kualitas air yang buruk untuk kehidupan organisme akuatik (Asriani dan Kurniawan.
Sukarman et al.
Perairan kolong pasca tambang timah secara umum memiliki pH bersifat asam, yaitu mencapai pH < 3, oksigen terlarut sangat rendah dan memiliki tingkat kontaminasi logam berat yang tinggi (Hashim et al.
Kurniawan dan Mustikasari,.
Pada kondisi perairan kolong tersebut dapat menjadi faktor pemicu tekanan lingkungan ekstrem yang serius bagi kehidupan organisme akuatik (Thompson et al.
Igiri et al.
Namun, ada beberapa ikan yang ditemukan pada perairan pasca tambang timah seperti ikan Kepala Timah (Aplocheilus sp.
Tempala (Betta sp.
Cere (Gambusia sp.
Seluang (Rasbora sp.
Selinca (Belontia sp.
Berenet (Brevibora sp.
Mata Tiga (Oryzias sp.
Kemuring (Puntius sp.
Betok (Anabas sp.
) dan Sepat Rawa (Trichogaster sp.
) (Kurniawan dan Kurniawan, 2012.
Kurniawan et Adanya sejumlah ikan yang dapat beradaptasi dan hidup dilingkungan perairan pasca tambang timah yang termasuk jenis perairan ekstrem dikelompokkan sebagai ikan ekstremofil.
Berdasarkan temuan tersebut, ikan seluang (Trigonopoma garcil.
merupakan salah satu spesies ikan yang termasuk dalam kelompok ikan ekstremofil.
gracile merupakan spesies ikan lokal yang berpotensi untuk dikembangkan sebagai ikan hias lokal dan menjadi salah satu spesies khas utama kepulauan Bangka Belitung (Syarif & Prasetyono, 2.
Keberadaan organisme tersebut mendorong peneliti untuk mengkaji terkait hubungan kekerabatan dari spesies ikan seluang yaitu Trigonopoma gracile asal Pulau Bangka dan hubungan kekerabatannya dengan spesies yang sama dari wilayah lainnya.
Suatu spesies pada umumnya dapat dipelajari secara pendekatan morfologi (Rafsanjani, 2.
Namun, pada pendekatan secara morfologi memiliki tingkat subjektifitas yang sangat tinggi, sehingga tingkat keakuratannya sangat rendah (Lee dan Palci, 2.
Oleh karena itu, perlu dilakukan pendekatan secara genetik.
Pendekatan ini menggunakan metode DNA Barcoding yang memanfaatkan gen COI (Cytochrome Oxidase Subunit I) sebagai penanda genetik yang sering digunakan untuk mengetahui diversitas genetik hingga kekerabatan organisme (Hajibabaei et al.
, 2.
MATERI DAN METODE
Penelitian dilakukan pada bulan Agustus hingga November 2022.
Satu sampel ikan diperoleh dari aliran Sungai Gedong.
Desa Banyu Asin.
Kecamatan Riau Silip.
Kabupaten Bangka (Gambar .
Ekstraksi DNA pada sampel ikan dilakukan di Laboratorium Biologi.
Fakultas Pertanian.
Perikanan dan Biologi Universitas Bangka Belitung.
Sampel ikan Trigonopoma gracile ditangkap menggunakan bubu dengan umpan kelapa sawit.
sampel yang didapatkan dari Sungai Gedong Desa Banyu Asin Kecamatan Riau Silip Kabupaten Bangka selanjutnya dimasukkan ke dalam Alkohol 95% dan disimpan pada suhu dingin untuk analisis DNA.
Gambar 1.
Lokasi sampling Trigonopoma gracile di Sungai Gedong.
Riau Silip.
Bangka To Cite this Paper: Kurniawan A.
Apriyanti R.
Safitri AM.
Almaghribi SPNIK.
Syarif AF.
Kurniawan A.
Filogeografi Trigonopoma gracile dari Sungai Gedong.
Bangka dan Catatan di Paparan Sunda berdasarkan gen COI.
Samakia: Jurnal Ilmu Perikanan, 14 .
: 47-53.
Journal Homepage: https://journal.
id/index.
php/JSAPI http://dx.
org/10.
35316/jsapi.
Ekstraksi DNA menggunakan Nexpro DNA Kit.
Hasil ekstraksi diamplifikasi di lokus COI .
ytochrome C oxidase I) menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR).
Proses amplifikasi melalui tahapan pre-denaturasi 95o selama 2 menit, denaturasi pada suhu 94oC selama 30 detik, anneling pada suhu 54oC selama 30 detik, ekstensi pada suhu 72oC selama 60 detik dan post ekstensi 72oC selama 10 menit, proses PCR diulang sebanyak 35 siklus.
Pada metode ini FISH
TCAACCAACCACaGACATTGGACAC
FISH
TAGACTTCTgTGGCCaGAATCA (Ward et al.
, 2.
PCR produk disekuensing di 1st Base.
Sekuens nukleotida yang diperoleh dilakukan penjajaran kemudian di masukan ke GenBank di NCBI (National Center for Biotechnology Informatio.
dan dilakukan pembandingan untuk meningkatkan akurasi data melalui metode BLAST (Basic Local Alignment Search Toolnucleotid.
Hasil penyejajaran sekuens yang diperoleh dianalisis menggunakan aplikasi MEGA 11 (Molecular Evolutionary Genetic Analysi.
Konstruksi filogenetik menggunakan metode Maximum Likelihood model evolusi Temura Nei model dengan boots trap sebanyak 1000x.
Terdapat 14 skuens yang di unduh sebagai pembanding termasuk .
outgroup (Tabel .
Tabel 1.
Sekuen Pembanding Untuk Kontruksi Filogenetik
Accession number
Sumber
Asal ADY4282
BoldSystem
ADO0069
BoldSystem MN869096.
NCBI
MN869347.
NCBI
Sempan.
Bangka.
Indonesia Sungai Kapuas.
Semitau.
Kalimantan Barat.
Indonesia Sungai Kapuas.
Semitau.
Kalimantan Barat.
Indonesia Badau.
Belitung.
Indonesia MN86707.
NCBI
Malaysia.
Sarawak MN869649.
NCBI
Putussibau.
Kalimantan Barat.
Indonesia MW232488.
NCBI
Malaysia.
Johor
MN869327
NCBI
Trengganu.
Malaysia
MN869833
NCBI
Trengganu.
Malaysia
MN869585
NCBI
Selangor.
Malaysia
MN869371
NCBI
Bangka.
Selatan MN869495
NCBI
Kemuja_Bangka MN869193
NCBI
Kemuja_Bangka MN869015.
NCBI
Rasbora_pauciperforata_Jambi HASIL DAN PEMBAHASAN Hasil elektroforesis pada produk PCR menunjukan DNA T.
gracile dari Sungai Gedong.
Bangka tervisualisasi dengan pita yang tebal (Gambar.
Hasil sekuensing dibandingkan dengan data genbank melalui proses BLAST pada NCBI menunjukkan T.
gracile memiliki persentase tingkat kemiripan tertinggi dengan query cover 99% dan nilai per ident 97,35%.
Hasil BLAST sampel T.
gracile dapat dilihat pada Tabel 2.
Tabel 2.
Hasil Blast Trigonopoma gracile Spesies Trigonopoma gracile Trigonopoma gracile Trigonopoma gracile Trigonopoma gracile Trigonopoma gracile Query Cover E Value Per.
98,17%
97,71%
Accession NC_063898.
MN869831.
MN869096.
MN869137.
MN869347.
To Cite this Paper: Kurniawan A.
Apriyanti R.
Safitri AM.
Almaghribi SPNIK.
Syarif AF.
Kurniawan A.
Filogeografi Trigonopoma gracile dari Sungai Gedong.
Bangka dan Catatan di Paparan Sunda berdasarkan gen COI.
Samakia: Jurnal Ilmu Perikanan, 14 .
: 47-53.
Journal Homepage: https://journal.
id/index.
php/JSAPI http://dx.
org/10.
35316/jsapi.
Gambar 2.
Tampilan hasil elektroforesis DNA Trigonopoma gracile dari Sungai Gedong.
Bangka Sampel ikan seluang dari Sungai Gedong memiliki kemiripan dengan T.
gracile yang ditemukan di Sempan dengan daratan yang sama yaitu Pulau Bangka senilai 98,17%.
Similaritas yang tinggi hingga 98,1% juga ditemukan pada perbandingan terhadap T.
gracile dari Kalimantan Barat.
Kondisi ini menunjukan bahwa T.
gracile di Bangka dan Kalimantan Barat memiliki kemiripan genetik yang sangat dekat.
Hal ini sesuai dengan Maduppa et al.
yang menyatakan bahwa semakin tinggi nilai presentase identity antarspesies maka menunjukkan kesamaan genetik yang sangat dekat.
Nilai identity yang lebih besar dari 95% dan mendekati 100% menunjukkan tingkat kesamaan genetik antar spesies yang tinggi.
gracile yang ditemukan di Perairan Pulau Bangka memiliki kesamaan dengan T.
gracile yang ditemukan di Perairan Kalimantan Barat.
Hal itu dikarenakan Kepulauan Bangka Belitung dan Kalimantan pernah terhubung dimasa lampau dalam daratan yang sama yaitu paparan Sunda.
Voris .
menyatakan bahwa daerah Sumatra.
Jawa dan Kalimantan merupakan Sundaland.
Gambar 3.
Pohon filogenetik Trigonopoma gracile dari Sungai Gedong.
Bangka dan catatan lainnya di Paparan Sunda.
To Cite this Paper: Kurniawan A.
Apriyanti R.
Safitri AM.
Almaghribi SPNIK.
Syarif AF.
Kurniawan A.
Filogeografi Trigonopoma gracile dari Sungai Gedong.
Bangka dan Catatan di Paparan Sunda berdasarkan gen COI.
Samakia: Jurnal Ilmu Perikanan, 14 .
: 47-53.
Journal Homepage: https://journal.
id/index.
php/JSAPI http://dx.
org/10.
35316/jsapi.
Tabel 3.
Jarak Genetik T.
gracile di Paparan Sunda
Sungai_Gedong Sempan_Bangka Kapuas_Kalbar Kapuas_Kalbar Belitung
Serawak_Malaysia Putussibau_Kalbar Trengganu_Malaysia Trengganu_Malaysia Selangor_Malaysia Bangka_Selatan Kemuja_Bangka Kemuja_Bangka 0,0093 0,0103 0,0113 0,0124 0,0189 0,0369 0,0509 0,0521 0,0533 0,0533 0,0544 0,0544 0,0110 0,0120 0,0110 0,0182 0,0364 0,0570 0,0581 0,0616 0,0616 0,0604 0,0604 0,0010 0,0120 0,0172 0,0329 0,0503 0,0514 0,0548
0,0548
0,0537
0,0537
0,0131
0,0173
0,0330
0,0515
0,0527
0,0561
0,0561
0,0550
0,0550
0,0193
0,0365
0,0546
0,0558
0,0568
0,0568
0,0557
0,0557
0,0343
0,0561
0,0584
0,0630
0,0630
0,0618
0,0618
0,0729
0,0741
0,0728
0,0728
0,0740
0,0740
0,0020
0,0110
0,0110
0,0120
0,0120
0,0110
0,0110 0,0000
0,0120 0,0010 0,0010
0,0120 0,0010 0,0010 0,0000
Rekontruksi pohon filogenetik merupakan salah satu cara menentukan hubungan genetik antar spesies dalam satu populasi dan antar populasi (Pramono et al.
, 2017.
Saleky et al.
, 2.
gracile dari Sungai Gedong.
Bangka berada pada cabang yang sama dengan ikan dari Sungai Kapuas - Kalimantan Barat.
Serawak.
Belitung, dan Sempan.
Bangka dengan jarak genetik antara 0,93 Ae 1,89 %.
Namun T.
gracile dari Selangor.
Bangka Selatan.
Kemuja-Bangka.
Trengganu,dan Serawak berada pada cabang berbeda dengan jarak genetik 3,69 Ae 5,44 %.
Perbedaan ini menunjukkan adanya variasi genetik pada spesies ini.
Semakin tinggi nilai matriks antarspesies menunjukkan bahwa kekerabatan genetik tersebut semakin jauh, begitupun sebaliknya (Juliantari Jarak genetik antarspesies yang terpisahkan pulau berbeda menunjukan variasi genetik juga terjadi pada sesama famili Cyprinidae.
Osteochilus spilurus, yang jarak genetiknya mencapai 8% (Kurniawan et al.
, 2.
Terdapat hubungan intraspesifik antara populasi Sungai Gedong dan Sempan Bangka dengan Badau-Belitung dan Kapuas-Kalimantan Barat.
Aminan et al.
menyatakan hubungan intraspesifik terjadi pada jarak genetik dibawah 3%.
Penyebaran T.
gracile diprediksi terjadi akibat hubungan sungai purba Sunda Utara di masa Hal ini dibuktikan dengan tidak ditemukannya temuan spesies ikan ini di Jawa.
Bali dan Kalimantan bagian selatan dan timur.
Sungai purba Sunda Utara memiliki jangkauan di Kalimantan Barat.
Bangka.
Belitung.
Jambi, dan Riau (Hutama et al.
, 2.
Temuan di Selangor dan Trengganu dimungkinkan juga akibat hubungan dengan sungai purba tersebut.
Berdasarkan pendapat Harrison et al.
, terdapat anak sungai purba Sunda Utara yang mengarah ke Semenanjung Malaya (Gambar .
Luasnya sebaran T.
gracile juga disebabkan kemampuan spesies ini beradaptasi pada lingkungan dengan keasaman tinggi (Inocencia et al.
, 2.
Gambar 4.
Jangkauan wilayah Sungai Purba Sunda Utara (Harrison et al.
, 2.
To Cite this Paper: Kurniawan A.
Apriyanti R.
Safitri AM.
Almaghribi SPNIK.
Syarif AF.
Kurniawan A.
Filogeografi Trigonopoma gracile dari Sungai Gedong.
Bangka dan Catatan di Paparan Sunda berdasarkan gen COI.
Samakia: Jurnal Ilmu Perikanan, 14 .
: 47-53.
Journal Homepage: https://journal.
id/index.
php/JSAPI http://dx.
org/10.
35316/jsapi.
Variasi genetik yang muncul antara T.
gracile dari Sungai Gedong dan Sempan dengan T.
dari Kemuja dan Bangka Selatan dimungkinkan adanya kriptik spesies.
Penamaan spesies berdasarkan morfologi yang belum dideskripskan secara akurat diprediksi menyebabkan adanya perbedaan klaster dari pulau yang sama ini.
Bangka termasuk dalam paparan Sunda yang menurut Ng dan Tan .
memiliki jumlah temuan kriptik spesies tinggi akibat deskripsi holotipe spesies yang kurang kritis berdasarkan catatan lama.
Identifikasi molekuler yang berkembang lebih akurat menunjukkan gap taksonomi yang lebar sebagai kriptik diversitas (Hubert et al.
, 2.
Beberapa genus Cyprinidae masuk dalam wilayah abu-abu atau meragukan dalam penentuan spesies akibat kriptik (Kottelat dan Lim, 2.
gracile merupakan salah satu diantara Cyprinidae yang memiliki perbedaan genetik yang besar hingga 13% dan memunculkan kriptik spesies (Sholihah et al.
, 2.
KESIMPULAN DAN SARAN
Trigonopoma gracile dari Sungai Gedong.
Bangka memiliki hubungan kekerabatan yang dekat dengan ikan dari Sungai Kapuas - Kalimantan Barat.
Serawak.
Belitung, dan Sempan.
Bangka dengan jarak antara 0,93 Ae 1,89 %, namun berbeda kluster dengan Selangor.
Bangka Selatan.
Kemuja-Bangka.
Trengganu,dan Serawak dengan jarak genetik 3,69 Ae 5,44 %.
Hubungan antarpulau pada T.
gracile diprediksi terjadi akibat hubungan sungai purba Sunda Utara dimasa Variasi genetik yang muncul di Pulau Bangka dimungkinkan sebagai adaptasi terhadap kondisi lingkungannya.
Perlu penambahan wilayah sampling genetik spesies ini untuk memberikan gambaran filogeografinya lebih lengkap.
REFERENSI